江戶時代，以儒教為媒介所進行的思考是留給日本人的精神遺產，雖說不是全部，但首先是或基本上是使他們自覺地認識到人們在現實社會中應遵循的倫理道德。——(日)相良亨

隨著幕藩體制的確立，德川政權得以鞏固，和平的時代為文化的發展提供了寬廣的空間。此時的日本如同一個成長中需要營養的孩子，不斷地從先進的中國文明中吸取各種營養元素，其中影響最大的是朱子學。

朱子學在鐮倉時代隨禪宗傳入日本。1600年，禪僧籐原惺窩還俗，並致力於儒學的研究。其門徒林羅山，專心研究朱子學，並成為日本朱子學的創立者。林羅山主張:「世界萬物均有上下名分，人間社會也是如此，君臣父子尊卑貴賤各有其位，不得混淆。」其學說肯定了封建制的身份等級論，受到德川家康的信任，被任命為幕府的政治顧問，得以參與幕府的法制制定。

第三代將軍德川家光時期，林家世襲儒官並建立學塾，教育幕府士族子弟。第五代將軍德川綱吉在江戶的湯島修築大型孔廟，供奉孔子和朱熹等儒學聖賢.並作為幕府的最高學府.研討和宣揚儒學，鼓勵傳播朱子學。林家第三代傳人孫鳳岡被任命為大學頭主持學府工作。朱子學成為幕府和各藩的官學.在日本取得了獨稱的地位.

各藩的武士都努力學習儒學，許多下級武士也成為朱子學派的名儒。而不懂朱子學的武士則仕途黯淡，各地還設立了許多教授朱子學的藩校.如名古屋的學問所，岡山莎校、米澤藩興館等。

根據朱子學的三綱五常和大義名分的思想.在社會中人人要遵從主人的安排，忠於主人，反抗主人的意願被視為不可饒恕的罪行。在家庭中.子女要對長者盡「孝道「，絕對的家長制不僅表現在家中，家長對外也要為家人的行為負責。女性沒有社會地位.繼承權不考慮女性。武士家系實行長子繼承製，沒有兒子只有女兒，就需要領養養子.否武士的領地將被幕府收回，成為失去主君的浪人。

這一時期。民間出現了陽明學和古學兩大學派.提倡創立日本獨特的思想文化體系。陽明學派的代表人物是中江籐樹及其學生熊澤蕃山。受中國明朝跳王陽明(王守仁)學說的影響，他們借用陽明「知行合一」的觀點.批判朱子學的「知先於行」思想.反對不加批判地直接在日本運用儒教道德思想，其改革現實的主張與幕府相左.熊澤蕃山後來被幕府軟禁。古學派的代表人物是山鹿素行.主張孔孟之道。批判朱子學.反對中國中心論，視日本為「中朝」。

朱子學在日本的傳播一方面強化了德川幕府的封建統治.另一方面也促進了日木學術研究的發展。在史學方面，水戶潘德川光國主編的《大日本史》和林羅山的《本朝編年錄》(《本朝通鑒》).都貫穿了朱子學大義名分的思想.研究朱子學的儒官新井白石.借鑒了清朝考證學的治學精神，對日本原始史和古代史方面的史書。進行了嚴格考證，消除傳說色彩，予以合理解釋。

17世紀，日本畫壇興起了「浮世繪」版畫。被視為日本獨特的民族藝術奇葩，其實也是受中國明末的十竹齋水印木刻的影響發展而成的。

在自然科學鋇域，天文曆法學走在其他學科的前面。江戶時代，日本天文學家倍心研究和解說元代《授時歷》，之後清朝學者梅文鼎的《歷算全書》、康熙年間官修的《歷象考成》等科學著作陸續傳入日本，成為日本歷書《天保歷》的根基。宮崎安貞的《農業全書》.也參考了明朝的《農政全書》。而1656年在日本出版的《馬經大全》〔四卷).則是中國獸醫馬師問所編。在元朝朱世傑的《算學啟蒙》、明朝程大信的《算法統宗》、南宋楊輝的《楊輝算法》的基礎上，日本數學家同過發現了行列式、數字係數方程解法、不定方程解法。

江戶時代對中國文化的吸收和消化.為日本後來西學和國學的興起奠定了基礎。