祭告典禮只是一個必要儀式，大家齊集北平，主要還是為了開善後會議，而善後會議的議程之一，乃是會商東北問題。

蔣介石的幕僚、國民黨元老李石曾在一年前提出過一個「分治合作」理論，主張在特定情況下，允許分立的地方政府在政治、軍事、財政上保有自主地位。蔣介石又考慮到北伐軍若出兵東北，日軍必然又要像濟案那樣加以阻撓，於是便傾向於將「分治合作」理論運用於東北，這就有了改旗易幟。

改旗易幟簡單說來就是將東北政府的五色旗改成國民政府的青天白日旗，以表示歸順中央，但實際仍處於半獨立狀態。在召開善後會議之前，蔣介石特派吳鐵城等人到東北進行了改旗易幟的遊說。

張作霖被暗殺後，張學良子繼父業，出任東北保安總司令，從此開啟了東北的張學良時代。張學良自知憑實力難以與北伐軍抗衡，同時也認識到僅憑東北一隅無法抵抗日本人的入侵，只有通過中央政府才能有效地牽制日本，因此很快就接受了改旗易幟，並派代表到北平作進一步接洽。

有人認為，東北易幟乃中央與地方勢力妥協的產物，是一種不成熟的國家統一。北伐軍高層在對此展開討論時，大家的意見也不一致。馮、閻和奉系之間有夙怨，同時又都有分割東北之心，兩人便力主在東北輒失領導中心，士氣渙散的情況下，繼續向關外發動進攻。

與他們相反，新桂系的根據地位於南方，桂軍也主要都是南方人，不耐嚴寒。李宗仁估計即使順利拿下東北，他也沾不得多少光，那裡必然是馮閻的天下，所以主張對東北停止用兵。

蔣介石早就打定主意要實行東北易幟，不過因為要在會上聽取方方面面的意見，結果導致東北代表在北平呆了十幾天還沒能得到接見。其間這些代表不但常收到恐嚇信，還被人用言辭進行羞辱，感覺自己好像亡國奴一樣，十分難堪。為了以退為進，他們放出風聲，稱如果再無說法，就將離開北平。

李宗仁聽到後，即告之蔣介石，蔣介石於是順勢派員前去與東北代表晤談。這樣東北易幟的方案終於得以確定下來，以後奉軍也就被改稱為東北軍。

東北問題雖然費了周折，但還不算過於棘手，最難的其實是善後會議的另一個議程，那就是裁兵。

至第二次北伐取得勝利，屬於國民革命軍方面的部隊計有四個集團軍和李濟深的第八路軍，約三百個師，合計兵額二百二十萬以上。每年軍費需八點七億元，可是中央財政只能撥付二點一億元，其中有將近六億多的缺額。

浩繁的軍費開支，足以令中央財政瀕於崩潰。此前在上海召開的全國財政經濟會議上，便有代表提交裁兵案，認為應先削減超過五分之一的軍費，在壓縮軍費的基礎上，達到減少兵額的目的。

諸侯們雖然都無法公開對裁兵表示反對，但他們的牴觸情緒顯而易見。時任第十一軍軍長的陳銘樞有意在投蔣後棄武從政，為此極力以裁兵主張遊說各方。他跟李宗仁談，李宗仁笑他是傻子，並且鄭重地對他說：「當今治天下，非我們軍人不可，『長衫客』（指文官）是不行的。」

之後，陳銘樞又到北平見白崇禧。白崇禧與李宗仁一個鼻孔出氣，而且其氣焰之盛，甚至讓陳銘樞都不敢當著他的面說出裁兵兩個字。

蔣介石很清楚裁兵之難。早在舉行祭告典禮的那一天，他就在即席講話中強調「今日非裁兵無以救國」，先給眾人打了一劑預防針。