東林黨人因東林書院而得名。萬曆三十二年(1604年)，顧憲成等修復宋代講學的東林書院，與高攀龍、錢一本等講學其中。顧憲成、高攀龍等在書院講學的八人，被稱為「東林八君子」。東林講學之際，正值明末社會矛盾日趨激化之時。東林人士為匡正時弊諷議朝政、評論官吏，既有鮮明的學術思想見解，又有積極的政治主張。他們要求廉正奉公，振興吏治，開放言路，革除朝野積弊，反對權貴貪縱枉法。這些針砭時政的主張得到當時社會的廣泛同情與支持，同時也遭到宦官及其依附勢力的激烈反對。兩者之間因政見分歧發展演變形成明末激烈的競爭局面。反對派將東林書院講學及與之有關係或支持同情講學的朝野人士籠統稱之為「東林黨」而加以無端攻擊詆毀。這就是「東林黨」的來歷。

　　天啟年間，東林黨由於扶持熹宗即位有功而命運出現了轉機，當時的首輔劉一景、葉向高，吏部尚書趙南星、禮部尚書孫慎行，兵部尚書熊廷弼，都是東林黨人或東林的支持者，可以說明朝的軍事、政治、文化、監察和人事大權全都被東林掌握，他們從在野的清流成為了主持朝政的主要力量，《明史》記述此時：「東林勢盛，眾正盈朝。」按理說，這是他們治理國政的最佳時機。然而此時，東林黨人與閹黨集團之間因朝政爭論相互攻擊達到公開不可調和地步。

　　天啟五年(公元一六二五年)魏忠賢對東林黨採取了殘酷的鎮壓行動，他借熊廷弼事件，誣東林黨的左光斗、楊漣、周起元、周順昌、繆昌期等人(後來這5人加上自殺的顧大章被稱為 「前6君子」)有貪贓之罪，大肆搜捕東林黨人，許多著名的東林黨人冤死獄中，天啟六年，魏忠賢又殺害了高攀龍、周起元、周順昌、繆昌期、周宗建、黃尊素、李應升7人，(史稱「後七君子」)東林書院被限期全部拆毀，講學亦告中止。 明崇禎帝朱由檢即位後，懲處了魏忠賢為首的閹黨集團。同時昭雪平反東林黨人冤案。並下旨修復東林書院。東林黨人雖然又一度入閣，但不久，到袁崇煥被捕治罪以後，東林黨人又被迫退出內閣。