民族英雄鄭成功在收復台灣的當年病逝，葬於台南洲仔尾。他的兒子鄭經、孫子鄭克塽先後繼任延平郡王，在台島繼續與滿清王朝對峙。康熙帝曾數次派員招撫談判，謀求和平統一，但均遭拒絕。康熙二十二年(一六八三年)六月，清軍跨海東征，鄭軍戰敗，鄭克塽終於作了明智的抉擇──歸順。康熙帝以寬大為懷，不計前仇而外，原鄭氏君臣一律量才錄用，封官加爵。康熙三十八年(一六九九年)春，鄭克塽奏請，以台灣遼海，祭掃不便，乞將祖父鄭成功遷葬內地。康熙帝欣然准允，降旨「遣官護送成功及子經兩柩，歸葬南安，置守塚建祠祀之」。同年五月下旬，鄭成功靈櫬橫渡海峽，以禮安葬在福建南安縣水頭康店村鄭氏祖塋。康熙皇帝還曾親書了輓聯一副：

　　四鎮多二心，兩島屯師，敢向東南爭半壁;諸王無寸土，一隅抗志，方知海外有孤忠。上聯的意思是：清軍南下，明朝軍政大員各各臨難心變，鄭成功不屈不撓，囤兵廈門、金門堅持抗清，還曾率軍北伐，所向披靡，一舉包圍江寧(今南京)，江南震動。

　　下聯的意思是：隨著清軍推進，南明的幾個小朝廷，如福王朱由崧、唐王朱聿鍵、魯王朱以海、桂王朱由榔相繼覆滅。鄭成功以台灣為反清復明的基地，在狹小地域高尚其志，忠貞自持。於滿清王朝而言，鄭成功是仇寇勁敵。康熙皇帝不愧英明之主，襟懷寬大，諒解鄭成功的各為其主，曾說過「鄭成功系明室遺臣，非朕之亂臣賊子」的話，在輓聯中盛讚其「孤忠」與業績，敬佩之心溢於言表。