毛文龍與袁崇煥一直是史學界焦點，二人誰忠誰奸一直沒有定論，下面就摘抄《滿文老檔》中努爾哈赤時代關於毛文龍的部分，事實勝於雄辯。

        當天，新城城主趙遊擊得到準確信息，派人報告給努爾哈赤：「鎮守山海關的袁軍門讓遊擊毛文龍領兵二百去朝鮮送信。毛文龍在海上和從朝鮮返回的使臣相遇，他們一起向朝鮮去。消息傳到鎮江，鎮江城中軍官陳良策就和毛文龍私通。二十日晚上，鎮江城外有數百名村民吶喊，陳良策在城中響應，大喊：「明軍來了！」城主佟養元登城視察，被陳良策抓起來。佟養元的兒子、侍從等六十多人被殺。二十一日，陳良策把佟養元帶到馬頭山去見毛文龍。湯站堡、險山堡的堡主都被手下人抓住獻給毛文龍。永甸堡主被抓、長甸堡主自願投降。這些地方都已經歸了明朝。
　　毛文龍曾經派人勸趙遊擊投降，趙遊擊把他派來的人殺掉，首級獻給努爾哈赤。努爾哈赤賞趙遊擊一百兩銀子。
初五日，努爾哈赤去信詢問鳳凰城的李遊擊：「毛文龍是在海島上，還是在朝鮮城內？或者是不在城內而野外？鎮江漢人渡河而去的，是不是被毛文龍收留了？現在他在什麼地方？你去探聽消息，報給我知。」
當天，派人給朝鮮送去書信，書信內容如下：毛文龍、陳良策、趙成功、李應龍、趙俊這些人，駐紮在你們朝鮮的彌山，經常派兵進犯我河西一帶，我如果帶兵去征剿，又怕連累到你們朝鮮，所以一直沒去。如果你想要我們兩國真誠和好，就把毛文龍、陳良策抓來給我，這樣我們兩國可以共享太平、相安無事。如果不把毛文龍、陳良策抓來給我，那就是你們口稱和好而心懷虛偽了。如果你們情願，就馬上把他們送過來，不然，毛文龍、陳良策等人知道我要抓他們，恐怕會服毒自盡，或者逃到別的地方去。到那時，你們就算說朝鮮大金和好，我也無法再相信你們了。

　十四晚上，我軍為了尋找毛文龍而渡江，十五日到達朝鮮的龍川，毛文龍沒在龍川，而是去了九十里外的樹林邊。我軍得到消息，前往追擊，毛文龍只帶領幾個從人逃走。我軍斬殺陳良策，俘虜陳良策的家小，斬殺了呂遊擊，還有千總、把總、軍士等一共五百多人，後來又剿滅當地男丁一千餘人。叛逃之人，全數被抓回來。每個牛錄留下八人在當地駐守。
　 努爾哈赤給朝鮮國王去信說：「明朝集結十三省之兵來攻打我，尚不能勝，你朝鮮國王收留一個毛文龍，想怎麼樣？我向來遵守天道，絕對不首先侵犯別人。可是應該我得的，我也絕對不會隨便丟棄給別人。如果你把毛文龍還給我，我就把你的元帥放回去，這樣也可以表示你們和明朝斷絕關係。如果你不把毛文龍還給我，明年春天必定還有比毛文龍職位高的官員來到，到那時候，我不怨恨來的官員，只怨恨你朝鮮國王。我和明朝交戰四年以來，多次派人給你去信，你朝鮮國王沒有一句好言回報，卻把明朝當成父母之國，不肯與之斷絕。你們這樣做，運氣好了，能躲得一時之禍，如果一時不慎，定會招來難以估量之大難。據說，從我這裡渡河到你們那裡的漢人，你們供給衣物飲食，多所周濟，現在命你把屬於我的逃人，全數送還給我。」
　 努爾哈赤傳諭鳳凰城的軍士：「派人去把守朝鮮來路，朝鮮使臣如果過來，守路的人就問他們是否歸還毛文龍，不管朝鮮使臣怎麼回答，都要把他留在當地，然後馬上把情況稟告給我。」
朝鮮三名總兵駐紮在邊界，他們從毛文龍那裡得到消息，說是女真兵已經進駐新城。朝鮮總兵就派人到新城察看消息。十二名察看消息的朝鮮人在返回的路上，被我軍擒獲。這些人被帶到努爾哈赤這裡來，努爾哈赤讓學者達海審問他們的來意，為首的人說：「朝鮮國王讓我們前來探聽消息，看看你們是否已經得到了廣寧和山海關，如果你們已經攻取了廣寧和山海關。我國就與你們和好。」達海問：「朝鮮國王為什麼不把毛文龍抓住獻來？」。為首的人說：「明朝是父親、朝鮮是兒子，父親家裡的人，兒子怎麼敢抓呢？」達海告訴了努爾哈赤，努爾哈赤讓把這些人扣押下。
扎克丹城的千總李恭寅去新城一帶尋找殘留百姓，總共得到五十四個人。他又俘獲了毛文龍派來的四名甲士。努爾哈赤賞賜李恭寅四十兩銀子。
二十三日，接到稟報：有五名朝鮮使者前來。努爾哈赤說：「將前來的朝鮮使者抓住，分別詢問他們有什麼話要說。」將五名朝鮮使者抓住，五個人說：「我國去年來過的官員，今年還要再來，現在住在龍川城，先派我們五個人來送信。」看那官員帶來的書信，信中說：「我朝鮮國和貴國想要真誠修好，哪能因為一個毛文龍受到阻礙呢？上次貴國來信對我國說『兩國若和好以後，沒有尊卑、平等相處』，現在依形勢看，不是真的。違背天道的人做不出善行，恃強凌弱的人不講良心。」努爾哈赤看到書信內容，大怒：「朝鮮國言不及意，純屬廢話。你們五個人來此什麼目的？是不是探聽消息？」把這五個朝鮮人全都扣留。
二十九日，都堂發佈命令：「聽說毛文龍派遣五十人到我國來離間挑撥。誰如果把毛文龍派來的人抓住，立功；如果知情不報，被他人首告，則治以滅門之罪，首告者立功。岫巖以南，讓愛塔副將負責；孤山一帶，讓趙義和遊擊負責。」
　　三十日，負責煉鐵的把總張秉儀，在鐵匠的配合下，把毛文龍派來的一名挑撥離間者抓住。張秉儀升為千總，那名鐵匠被賞銀十兩。
　　當天，努爾哈赤說：「據悉，毛文龍派人到我國各處張貼告示挑撥離間，沿岸戍守的統兵大臣，要密切注意兩個駐防點之間的疏漏，嚴加搜尋蹤跡。」
初四日，煉鐵的石城地方，備御王子登追趕二百里，抓住毛文龍派來挑撥離間的人。王子登被升職為遊擊。都堂官給青苔峪的堡主去信說：「有人向我報告，你那裡有三個人，同毛文龍派遣的奸細相互勾結，準備叛亂。一人叫景天彥，住在萌磐驛；一人叫王百求，信在達塔峪；一人叫曹留全，住在樺皮峪。你要帶人，把這三個人，還有毛文龍派去的人，全都抓住送來。」

　十四晚上，我軍為了尋找毛文龍而渡江，十五日到達朝鮮的龍川，毛文龍沒在龍川，而是去了九十里外的樹林邊。我軍得到消息，前往追擊，毛文龍只帶領幾個從人逃走。我軍斬殺陳良策，俘虜陳良策的家小，斬殺了呂遊擊，還有千總、把總、軍士等一共五百多人，後來又剿滅當地男丁一千餘人。叛逃之人，全數被抓回來。每個牛錄留下八人在當地駐守。
　 努爾哈赤給朝鮮國王去信說：「明朝集結十三省之兵來攻打我，尚不能勝，你朝鮮國王收留一個毛文龍，想怎麼樣？我向來遵守天道，絕對不首先侵犯別人。可是應該我得的，我也絕對不會隨便丟棄給別人。如果你把毛文龍還給我，我就把你的元帥放回去，這樣也可以表示你們和明朝斷絕關係。如果你不把毛文龍還給我，明年春天必定還有比毛文龍職位高的官員來到，到那時候，我不怨恨來的官員，只怨恨你朝鮮國王。我和明朝交戰四年以來，多次派人給你去信，你朝鮮國王沒有一句好言回報，卻把明朝當成父母之國，不肯與之斷絕。你們這樣做，運氣好了，能躲得一時之禍，如果一時不慎，定會招來難以估量之大難。據說，從我這裡渡河到你們那裡的漢人，你們供給衣物飲食，多所周濟，現在命你把屬於我的逃人，全數送還給我。」
　 努爾哈赤傳諭鳳凰城的軍士：「派人去把守朝鮮來路，朝鮮使臣如果過來，守路的人就問他們是否歸還毛文龍，不管朝鮮使臣怎麼回答，都要把他留在當地，然後馬上把情況稟告給我。」
朝鮮三名總兵駐紮在邊界，他們從毛文龍那裡得到消息，說是女真兵已經進駐新城。朝鮮總兵就派人到新城察看消息。十二名察看消息的朝鮮人在返回的路上，被我軍擒獲。這些人被帶到努爾哈赤這裡來，努爾哈赤讓學者達海審問他們的來意，為首的人說：「朝鮮國王讓我們前來探聽消息，看看你們是否已經得到了廣寧和山海關，如果你們已經攻取了廣寧和山海關。我國就與你們和好。」達海問：「朝鮮國王為什麼不把毛文龍抓住獻來？」。為首的人說：「明朝是父親、朝鮮是兒子，父親家裡的人，兒子怎麼敢抓呢？」達海告訴了努爾哈赤，努爾哈赤讓把這些人扣押下。
扎克丹城的千總李恭寅去新城一帶尋找殘留百姓，總共得到五十四個人。他又俘獲了毛文龍派來的四名甲士。努爾哈赤賞賜李恭寅四十兩銀子。
二十三日，接到稟報：有五名朝鮮使者前來。努爾哈赤說：「將前來的朝鮮使者抓住，分別詢問他們有什麼話要說。」將五名朝鮮使者抓住，五個人說：「我國去年來過的官員，今年還要再來，現在住在龍川城，先派我們五個人來送信。」看那官員帶來的書信，信中說：「我朝鮮國和貴國想要真誠修好，哪能因為一個毛文龍受到阻礙呢？上次貴國來信對我國說『兩國若和好以後，沒有尊卑、平等相處』，現在依形勢看，不是真的。違背天道的人做不出善行，恃強凌弱的人不講良心。」努爾哈赤看到書信內容，大怒：「朝鮮國言不及意，純屬廢話。你們五個人來此什麼目的？是不是探聽消息？」把這五個朝鮮人全都扣留。
二十九日，都堂發佈命令：「聽說毛文龍派遣五十人到我國來離間挑撥。誰如果把毛文龍派來的人抓住，立功；如果知情不報，被他人首告，則治以滅門之罪，首告者立功。岫巖以南，讓愛塔副將負責；孤山一帶，讓趙義和遊擊負責。」
　　三十日，負責煉鐵的把總張秉儀，在鐵匠的配合下，把毛文龍派來的一名挑撥離間者抓住。張秉儀升為千總，那名鐵匠被賞銀十兩。
　　當天，努爾哈赤說：「據悉，毛文龍派人到我國各處張貼告示挑撥離間，沿岸戍守的統兵大臣，要密切注意兩個駐防點之間的疏漏，嚴加搜尋蹤跡。」
初四日，煉鐵的石城地方，備御王子登追趕二百里，抓住毛文龍派來挑撥離間的人。王子登被升職為遊擊。都堂官給青苔峪的堡主去信說：「有人向我報告，你那裡有三個人，同毛文龍派遣的奸細相互勾結，準備叛亂。一人叫景天彥，住在萌磐驛；一人叫王百求，信在達塔峪；一人叫曹留全，住在樺皮峪。你要帶人，把這三個人，還有毛文龍派去的人，全都抓住送來。」

　　二十四日，李世功因為擒拿奸細，升職為備御。
　　張德玉因為檢舉奸細，升職為遊擊。
　　王元皎因為擒拿奸細，升如何為備御。
　　劉吉寬告發雙山備御苗宜莊私通毛文龍。苗宜莊被革職，劉吉寬升職為德御。
　　沙廠備御王子登查獲毛文龍派來離間的奸細，被升職為遊擊。
　　岫巖備御喬邦魁同毛文龍私通密謀，被家人發現告發，命把喬邦魁宗族全部殺死，把喬邦魁的妻子和家產都給了告發的家人。
努爾哈赤說：「外地的普通百姓，可以經常擒拿奸細送來，難道我遼陽城裡，就沒有奸細嗎？眾們官員，你們有些人是明朝皇帝判處死罪投在大牢中的，有些人是在明朝遭到貶黜壯志難酬的，有些人是我在戰場上擒獲得來的。我讓爾等為官，如果念及我的恩養之情，為什麼不把毛文龍派來的奸細抓住一個呢？為什麼查不出叛逃暴亂的呢？如果不為我效力，我養爾等有何用處？凡是發現叛逃即來告發，知道奸細馬上擒獲的，仍然照舊當官，記功領賞。如果見叛逃而不報，見奸細而不擒拿，被我發現的話，喬邦魁就是榜樣。」
二十七日，努爾哈赤給總兵官布山去信道：「讓佟遊擊回到岫巖城，督察百姓是否耕田，並認真調查毛文龍所派來的奸細。五處女真馬兵，每處出兩人，保護佟遊擊。
戍守新城的副將巴都虎前來報告：「毛文龍兵，渡過江河，在夜間由遠處放砲吶喊，攻擊我方去長甸運糧的十三個人。十三個運糧人聽到砲聲，騎馬躲避了。毛文龍兵當天撤退。」
初十日，戍守千山的素肯，抓到毛文龍方面的六個人，殺死其中五個，剩下一個送到努爾哈赤這裡來。這個人說：「朝鮮新王即位，原來的國王自縊身死。毛文龍想去會見新王，新王沒見。朝鮮新王以毛文龍幫助明朝與金國為敵的理由，把和毛文龍交往的愛州、安州黃州、平壤等地官員盡皆梟首，並且禁止朝鮮百姓賣給毛文龍糧食，毛文龍那邊現在全都飢餓缺糧。」努爾哈赤命令把這個人暫時留下。

         王備御奏稱：「據報，托蘭山有一百多人準備謀叛，我派人前去核實，果然如此，並且探聽到毛文龍已經派賈大、賈三兩個人同當地百姓聯絡，準備在下月初一行動。」
        「至於毛文龍，他從去年八月駐紮在鐵山以後，所有戰船都在島上，軍兵不過七八千人，又都是烏合之眾，內地前來的商人很多，財貨堆積如山。人數雖多，攻取容易，況且從義州出發，只一個晚上，就能到達毛文龍處。
　　「安州城現有兵民四五千人，也都是烏合之眾，如果聽到義州失守，安州登時便會土崩瓦解。就算他們守城，只用幾句話也是可以使之投降的。
　　「朝鮮京城南面二十里處，有從北邊遷來的一百多名瓦爾喀人，其餘地方也分散居住一些瓦爾喀人，他們原來都是金國百姓，可以向朝鮮索要回來。
　　「毛文龍派遣的人，一般都在黃海道，京城之內也有一部分。
　　「先王願意和金國講和，因此兩國使者不斷，新王倚仗毛文龍，不向金國派遣使者，現在大汗可以先發出一封議和信給朝鮮新王，然後直接發兵攻打平壤，逼新王前來議和。新王自從繼位以來，人多不服，心向故主。我的父親韓明廉和李迿只帶了三千兵就大獲全勝、奪其京城，人心所向以此可見。那時候新王離開京城、向南逃跑，軍民沒有想跟著他一起走的。不幸的是，我父親他們的起事因為內亂而失敗。現在聽說大金國汗軍兵與朝鮮原來的官員一同前來，誰能不降？
　　「我們韓潤、韓義兄弟兩個，情願歸順大汗，看待大汗如同天地父母，以上所言絕無一句假話，所有建議均屬一勞永逸、千載難逢之時機也。」
二月初一日，努爾哈赤派遣劉維國、金盛晉持書給毛文龍，書中說：
　　「你所派遣的奸細、哨探等都已為我所擒，經審問供述知道，你把明朝皇帝派來的兩名大員殺死了，得罪了明朝皇帝。又據從山海關處逃來的人報告，因為你得罪了明朝皇帝。他已經給朝鮮國王送信，讓朝鮮國王抓你。現在我已經取下了旅順口，那裡的人也是這麼說。
　　「據說朝鮮國王給明朝皇帝的回信上說，毛文龍寸步不前、隱身而居，自稱有兵欺瞞皇帝、騙取錢糧，實際上是禍害我朝鮮國的鼠盜之輩。我會用計把毛文龍抓住，或者是唆使毛文龍手下的人抓他。
　　「毛文龍，你現在為明朝皇帝效力，可是現在君幼臣昧，對你並不信任，就算你積攢下了朝鮮八道的財帛，就算現在皇帝給你撥再多的錢糧，又有誰羨慕你呢？你能讓京城的大臣都稱讚你嗎？我的意思是：讓你去取朝鮮的義州城，然後和我成犄角之勢，那樣誰敢把你怎麼樣呢，接下來我們可以逼朝鮮投降，你的前途將不可限量。
　　「現在明朝皇帝要治你的罪，朝鮮國王將不能容你，你將何去何從，請仔細考慮考慮吧。不用擔心你和我對抗，且派遣奸細來我處，而我會責罰你。彼時各為其主耳，你當時為明朝皇帝效力，投靠我以後又怎能不為我效力呢？古代的韓信，離開楚霸王而歸漢劉邦，胡敬德離開劉武周而降唐，皆因其降而成大功，留美名於後世。又有誰說他們是不忠於故主之人呢？」
毛文龍的三百兵夜間來襲擊海州的葉克舒堡，當時堡內只有無甲之人與之相戰，殺了四人，敵兵就撤退。後援軍起來，追殺敵兵，殺了一百七十人。堡內有原明朝男丁一百多，這些人曾經與毛文龍約為內應，因此將此堡內原明朝人都殺死。
　五月二十日，努爾哈赤給毛文龍去信：自古以來，各國之興壞都是天輪時運，將亡之時大現異兆，最終遍地烽煙、直到滅亡。將興之時上天默佑、氣勢昌盛。這你難道不知道嗎？當初伊尹知道桀王之運，爾後去商湯王那裡為臣；姜太公知道紂王之運，爾後去周武王那裡為臣。聽說你毛文龍不知道我為什麼殺人，如果不殺人，誰不願意降我，遼陽、廣寧之人都是明朝皇帝的百姓，是天將其授我，因此我國土增、兵士增、錢糧增，從旅順口以北到達開原，從鎮江以下到達廣寧，我皆養育之，然而我雖欲養爾其不從，竟然殺我所任之官、所遣之使，奸細往來，叛逃而去，對此豈能不殺而平？我所殺者，是有理的。從我這裡逃走的人，你收容後不加豢養，卻蠱惑將其組建成軍，反戈而戰，因此各處被殺的人，實際上是死於你手，這才是沒有理的。我國恩養昭明，因此遠至東海，眾國願歸，至於哈達、葉赫、烏拉、輝發之人，雖然曾經鏖戰不降，然其敗後我仍然聚而養之。那時我出兵蒙古所得百姓還不如自動來歸的人多，如今歸順者更是絡繹不絕，這都是仰慕我的恩育之聲譽而來的。如果我一味屠殺，他們為什麼還要來呢？毛將軍，我原以為你是明智的人，今爾不知天時，是愚昧也，明朝氣運已終，劫數未盡，到處殺掠漢人，安邦彥把山陰、安南、貴州、四川、廣西、雲南等處，所殺者還少嗎？現在正是明朝滅亡之時啊。天之所滅，爾能救嗎？當初周國運終，聖如孔孟尚不能救，你難道不知道嗎？俗言道：良禽擇木而棲，賢人擇主而事，韓信棄霸王而歸漢高祖、劉整棄宋國而歸蒙古忽必烈汗，這都是觀天時擇主而事，且留芳名於後世，誰會說他們是壞人呢？凡應天命而生的帝王，都不念仇敵、視其功德而養育之。古代的桓公，養射自己的管仲為社稷之臣，唐太宗養仇敵胡敬德，他們都是有用之人。毛將軍，無論你如何為明朝皇帝效力，然則明國亡時已至，君臣昏聵，你反易遭致禍殃，有什麼用呢？各處現已刀兵紛起，丙辰年北京城大風、戊午年城內河中流血，這都是上天示警啊？古鑒天時，將軍難道不知道嗎？希望你深思，若錯失時機、悔之何及？佟附馬、劉副將都是隻身投奔於我，李附馬及遼東、廣寧之官員，都是我從陣前獲得，他們都被我提拔任用，將軍難道不知道嗎？你如果能夠誠心歸附，我定不慢待於你。
閏六月二十日，給毛文龍書信：此戰是我引起的嗎？是你明朝萬曆皇帝引起的。現在明朝皇帝如果願意承擔興兵之錯而講和，則派遣官員持蓋玉璽之書，經山海關前來，則可以與你相議。