所謂「九族」，一般指的是「父族四、母族三、妻族二」。其中「父族四」指：父母、兄弟、姊妹、兒子;出嫁的姑母及其兒子;出嫁的姐妹及外甥;出嫁的女兒及外孫。「母族三」指：外祖父一家;外祖母的娘家;姨母及其兒子。「妻族二」指：岳父的一家;岳母的娘家。「株連九族」，已經是相當恐怖了，然而，方孝孺卻遭到了歷史上絕無僅有的「十族」之誅。即在宗親九族之外加上門生故舊，牽連者不計其數!方孝孺到底犯了什麼罪，竟至於要遭此「十族」之誅呢?

　　朱棣佔領南京後，方孝孺果然不肯歸附。因姚廣孝事先囑托過，朱棣沒有殺他，而是將他投入獄中。其實，朱棣也有意借用方孝孺的威望來收攬人心，所以燕軍攻破南京後，朱棣屢次派人到獄中向方孝孺招降，希望由他撰寫新皇帝即位的詔書，方孝孺堅決不從。朱棣又派孝孺的學生廖鏞、廖銘二人前去勸說，反被孝孺痛斥一頓。最後朱棣強行派人押解方孝孺上殿，方孝孺披麻戴孝而入，悲慟而極，哭聲響徹大殿。朱棣親自從御榻上走下來勸他說：「方先生不必自苦，我不過是想傚法周公輔佐成王罷了。」這裡說的「成王」，指的是建文帝。

　　「那麼成王呢?」方孝孺問。「他自己自焚而死了。」「何不立成王之子?」「國賴長君。」朱棣有些窘了。方孝孺反駁道：「何不立成王之弟?」駁得朱棣啞口無言，只好說：「這是我的家事。」接著，他叫左右拿筆墨來，堅決地說：「詔告天下，非先生來寫不可!」孝孺接過筆，寫上「燕賊篡位」幾個字後，隨即擲筆於地，且哭且罵：「死就死!詔書絕不能寫。」朱棣勃然變色，提出警告：「你難道不怕滅九族?」「滅十族又如何?」「好!」朱棣惡狠狠地說，「我就滅你的十族。」於是，朱棣一面命人繼續將方孝孺關押獄中，一面搜捕其親戚家屬等人，以及他的學生，算作十族，押解至京。

　　在當年的六月二十五日，也就是朱棣登上皇帝寶座的第八天，就在南京的聚寶門，當著方孝孺的面，朱棣將「十族」一個一個地殺戮。每殺一個追問一聲方孝孺，是否回心轉意。當方孝孺看到他的弟弟方孝友受自己的牽連，就要被砍頭時，深感痛心，淚流滿面。誅方孝孺十族，死者達八百七十三人，行刑七日方止。臨到最後殺方孝孺時，方孝孺謾罵不止。朱棣先是命人將方孝孺的嘴割裂至兩耳，並割下舌頭，隨後處以凌遲之刑。死前，年僅四十六歲的方孝孺器宇軒昂，作《絕命詞》一首。

　　天降亂離兮孰知其由?

　　奸臣得計兮謀國用猶;

　　忠臣發憤兮血淚交流!

　　以此殉君兮抑又何求?

　　嗚呼哀哉兮庶不我尤!