三藩之亂後，僅在台灣、澎湖還有殘存的反清勢力，即為依舊奉明朝正朔的鄭氏政權。此時鄭成功之子鄭經承襲延平郡王的爵位，他積極參與三藩之亂，曾一度佔領福建、廣東的一些地區，失敗後退守台灣、澎湖，並丟失了根據地金門、廈門。

　　清朝曾與鄭經進行過9次和談，但均未成功。鄭經的首要目標是保持台灣的獨立地位，因此他不斷宣稱台灣不是中國領土，但他又面臨著清朝嚴重的軍事威脅，因此做出妥協，欲向清朝臣服，但要依據清朝的藩屬國朝鮮的例子，不剃髮，不登岸，不易衣冠，仍由鄭氏世代統治台灣。在康熙六年(1667年)的和談中，鄭經聲稱台灣「非屬(中國)版圖之中」;在康熙八年(1669年)的和談中，鄭經又強調台灣「於版圖疆域之外，別立乾坤」，又說台灣「遠在海外，與版圖渺不相涉」。康熙帝曾一度做出重大讓步，允許鄭氏封藩，世守台灣。鄭經卻仍然強調：「苟能照朝鮮事例，不削髮，稱臣納貢，尊事大之意，則可矣」，這一點觸及了康熙帝的底線，他答覆：「若鄭經留戀台灣，不思拋棄，亦可任從其便。至於比朝鮮不剃髮，願進貢投誠之說，不便允從。朝鮮系從未所有之外國，鄭經乃中國之人」，談判因此最終破裂。

　　台灣鄭氏集團的存在令清政府如芒刺在背，在一時無法消滅鄭氏的情況下，清朝實行了長達幾十年的禁海令。順治十三年(1656年)六月，順治帝敕諭浙江、福建、廣東、江南、山東、天津地方官：「海逆鄭成功等竄伏海隅，至今尚未剿滅，必有奸人暗通線索，貪圖厚利，貿易往來，資以糧物。若不立法嚴禁，海氛何由廓清?自今以後，各該督撫鎮，著申飭沿海一帶文武各官，嚴禁商民船隻私自出海，有將一切糧食貨物等項與逆賊貿易者，或地方官察出，或被人告發，即將貿易之人，不論官民，俱行奏聞正法，貨物入官，本犯家產盡給告發之人」，此即清朝的「禁海令」，目的是為了封鎖鄭成功集團，而不是為了斷絕中外貿易。禁海令實行五年後，效果並不明顯，鄭成功集團仍然可以從沿海地區獲得各種物資，於是清政府採納了原鄭成功的部下、降將黃梧的建議，實行了更為嚴厲的「遷海令」，將江蘇、浙江、福建、廣東、山東、直隸(今河北)六省的沿海居民遷離海邊30至50里，「寸板不許入海」，界外房屋村舍一律拆毀焚燒，製造出寬達幾十里的無人區作為隔離帶，「至是上自遼東下至廣東皆遷徙，築短牆，立界碑，撥兵戍守，出界者死」。「禁海令」與「遷海令」給沿海居民帶來了深重的災難，背井離鄉，家庭破產，原來繁榮的沿海地區變成了無人區，經濟損失更是難以估量，沿海的漁業、鹽業、海運貿易等完全廢棄。對清朝來說，台灣問題一天不解決，海禁一天不能開放，沿海地區一天不能恢復，太平盛世無從談起。

　　康熙二十年，平定三藩之亂後，清朝政權終於統一、穩定，解決台灣才有可能，而正在此時，台灣鄭氏集團發生了嚴重的內訌。鄭經去世，鄭氏集團的實力派人物馮錫范、劉國軒聯合發動政變，殺死掌握軍政大權鄭經的長子鄭克臧，而立他年僅12歲的弟弟鄭克爽，實際權力掌握到了馮、劉二人手中，他們藉機迫害異己勢力，鄭氏集團內部矛盾激化，人心渙散。在和談過程中，清朝並沒有放鬆招降，再加上經濟封鎖，鄭經的部下紛紛投降清朝，前後達20多萬人，嚴重削弱了鄭氏集團的實力。

　　在平定三藩過程中，清朝恢復福建水師建制，並訓練成了一支勁旅。康熙十九年，福建水師與陸軍聯合夾擊，將東南沿海地區的鄭氏集團軍隊全部驅逐。福建水師在收復東南沿海地區的作戰中顯示出來的實力和作用，增強了清朝統治者實施海上軍事行動和武力統一台灣的信心。此後，清政府改變了以往放棄沿海、守衛內陸的消極防禦方針，將水師部隊分別部署在金門、廈門、銅山、海壇(今福建龍海縣)，隨時準備對台灣鄭氏集團採取軍事行動。