小說敘雲南大理國武林世家鎮南王之子段譽，為逃避習武，來至無量山中，因種種機遇，學得一身古怪奇妙的武功，並先後結識少女鍾靈、木婉清，互相悅慕，豈料此二人是父親段正淳四處留情的私生女。吐蕃國大輪明法王鳩摩智為搶大理國天龍寺武功絕學六脈神劍圖譜，與天龍寺眾高僧比武。段譽適逢其會，為救伯父保定帝，以深厚的內力為基礎，一人使出六脈神劍，大敗鳩摩智，後被鳩摩智用計擒住，帶至姑蘇武林世家、以「以彼之道，還施彼身」享譽中原武林的慕容氏家中，在阿朱、阿碧幫助下逃脫。在蘇州，他遇見苦戀表哥慕容復的王語嫣，對她一見鍾情，苦苦追隨;後又在無錫松鶴樓與丐幫幫主、有中原武林「北喬峰」之譽的喬峰結為異姓兄弟。

　　喬峰來姑蘇，本是找慕容複查清丐幫副幫主馬大元被他自己的成名絕技所殺一事，誰知幫內突生大變，他被指證為契丹人。為解開自己的身世之謎，他北上少室山，找自己的養父喬三槐和恩師玄苦，可二人已遇害身亡，目擊之人皆認為是喬峰所為。他悲憤異常，百口莫辯，為救少女阿朱之命，大戰聚賢莊，與天下英雄為敵，後見殺戮太多，想自刎以求解脫，卻被一神秘的武林高手救走。在雁門關，他為自己的身世所苦惱、自卑，因見宋兵屠殺契丹百姓，如醍醐灌頂，立即頓悟，不再以契丹人自恥。為尋找仇人，他和阿朱往返千里，苦苦求索，途中情意互生，彼此愛戀。後其被馬大元之妻所騙，以致失手打死假扮父親段正淳的阿朱，悔恨終生。並答應阿朱，照料她的妹妹阿紫。 阿紫是星宿老怪丁春秋的徒弟，滿身邪氣，不以他人之是非為是非。喬峰帶她至東北，從金人手中救出遼國皇帝耶律洪基，結為兄弟，幫助消除叛亂，被封為南院大王。

　　逍遙派掌門人無崖子為尋找一個色藝雙全、聰明伶俐的徒弟，設下珍瓏棋局，為少林寺虛字輩弟子虛竹誤撞解開。相貌不佳為人愚直的小和尚成為逍遙派的掌門人後，又被靈鷲宮主天山童姥帶至西夏皇宮中，盡得逍遙派真傳。天山童姥與西夏王妃李秋水同歸於盡後，虛竹成為靈鷲宮主人，並與跟隨王語嫣而來的段譽結為兄弟。為向方丈懺悔自己的罪行，虛竹回到少林寺，適逢天下各路英雄齊至少林寺，有丐幫、星宿派、姑蘇慕容、鳩摩智、大理段氏、四大惡人等等。

　　段譽回大理的途中，誤入王語嫣的母親、段正淳的另一情人李青蘿設計捉拿段正淳的莊園之中;段延慶擒住段正淳和他的夫人、情人們，也趕來這裡，以殺死段譽要脅段正淳以皇位相讓。經過一番搏鬥，段正淳、刀白鳳自殺殉情;段延慶飄然遠逝;段譽回大理繼承皇位。這一年，遼國發兵進攻宋朝，蕭峰不願生靈塗炭，脅迫遼國皇皇帝答應有生之年不向宋朝發兵、後感到愧對族人，自殺身亡;阿紫抱著心愛之人的屍體，挖出眼珠還給遊坦之，跳下萬丈懸崖;遊坦之也高呼「阿紫」的名字，緊跟跳下;慕容復一心想做皇帝，最後發了瘋，王語嫣阿碧將他帶到大理。無量玉洞，段譽最終堪破心魔，與木婉清、鍾靈終成眷屬，小說故事到此結束。