明成祖永樂元年(1403年)，明朝派人至奴兒干地區招撫，次年各部歸附，朝廷任命各首領為指揮同知等職，其後數年，明朝即以此為基礎，逐漸在黑龍江、烏蘇里江流域成立了一百三十一個衛，永樂七年(1409年)，在當地官員忽剌修奴的建議下，在黑龍江入海口一帶成立都指揮使司以統轄各衛，以康旺為都指擇同知，王肇舟為指揮僉事。

　　奴兒干，亦稱「耦兒干」、「努而哥」，或作「納爾干」。據《黑龍江古代簡史》載，清人稱為尼嚕罕(滿語「國畫」之意)，表示這裡山川如畫，風景秀麗。奴兒干都司，是明朝在黑龍江下遊設置的管轄黑龍江、烏蘇里江流域等地區的最高地方軍政合一建制。明朝建立後，公元1375年(明洪武八年)，在東北地區南部設置遼東都指揮司使。1395年(明洪武二十八年)，明總兵官周興等進軍到腦溫江(今嫩江)、忽刺溫河(今呼蘭河)和斡朵憐(今依蘭縣城西馬大屯)一帶，派官招撫，始建衛所制，設指揮使和千戶。1409年(明永樂七年)，明廷決定，升奴兒干衛為奴兒干都指揮使司，簡稱「奴兒干都司」，駐奴兒干城(今黑龍江下遊黑龍江與亨滾河匯合處右岸的特林地方，即元朝征東元帥府的故地)。奴兒干都司為地方最高一級的軍政合一建制，直隸於明朝中央政府。明廷經常派遣欽差大臣到奴兒干地區巡視。太監亦失哈從1411—1433年(明永樂九年至宣德八年)的22年中，曾10次前往視察，對都司、衛、所官員授予官職、印信，賞賜衣物錢鈔。並在奴兒干都司的山頂上，修建了永寧寺，先後留有「敕建永寧寺記」和「宣德八年重建永寧寺記」兩塊石碑(現藏於俄羅斯海參崴博物館)。