永樂皇帝朱棣建造的大報恩寺塔曾在秦淮河畔雄踞了四百餘年，是明代南京呈獻給世界的「天下奇觀」。但這座「中國之大古董」也讓後人質疑朱棣建塔的目的，並不是他說的要報答朱元璋和馬皇后的養育之恩，而是一些有識之士所說的「懺惡」。
　　朱棣之殘暴勝過朱元璋
　　歷史上，朱元璋以殘暴著稱，他的殘暴很大程度上是嚴懲腐敗的一種手段，而朱棣的殘暴則完全是「順我者昌，逆我者亡」。當他率「靖難」之師從北京打進南京城後，隨之而來的是一場極其恐怖的殺戮。其殘暴之烈、用刑之酷超過其父。
　　清初著名思想家、文學家戴名世說：「明成祖之惡，極矣。創為刳、剔、割、剝之刑，施於忠臣義士。」（《憂庵集》）「刳」指剖膛挖心，「剔」為削肉刮骨，「割」指斷舌抉齒，「剝」為剝皮楦草。如此種種，皆令人髮指。
　　人稱「天下讀書種子」的方孝孺，因為不肯為朱棣撰寫即位詔書，被滅「十族」。追隨建文帝的忠臣義士沒有一個能逃出朱棣的魔掌，甚至他的一些兄弟和皇親國戚也難以倖免。朱棣還製造了「瓜蔓抄」這一歷史奇冤。
　　景清是洪武十八年（1385）的榜眼。不少文章都說他的被殺是因為他身藏利刃上朝刺殺朱棣。但正德朝的宰相王鏊在《震澤紀聞》中記載不同：「文皇（指朱棣）渡江，駐金川門，百官出迎皆拜伏，獨清植（直）立，罵不已……乃命左右抉其齒，且抉且罵。頃之，近前若有所啟，則含血直沁上衣。遂醢之。」
　　醢，是將人剁成肉醬的酷刑。但朱棣仍未解恨，「命籍其鄉，轉相攀染，至數百千人。謂之『瓜蔓抄』，其村，今為墟焉。」因為景清不歸順，就將他剁成肉醬；又因為一個景清，便殺了全村人。說朱棣是惡魔不為過。

　　朱棣還將那些忠臣義士的妻妾女媳，押送軍營供士兵輪姦；或發配到教坊（妓院），或賞給象奴（飼養大象的蠻人），任人蹂躪。明沈德符《萬曆野獲編》卷十八就記載：「永樂初，發教坊及浣衣局，配象奴，送軍營奸宿者，多黃子澄、練子寧、方孝孺、齊泰、卓敬（均為建文帝的忠臣）親屬。」

　　《告天文書》的內心流露
　　朱棣由於殺戮慘烈，負罪深重，常夢見景清等人追逐索命，因此驚恐而醒，寢不安席。明末張岱有這樣的詩句：「文皇踐祚數十年，未得一日安穩臥。」
　　清乾隆四十二年（1777），有樵夫在紫霞湖附近的山頂挖出兩塊石碑，某中一塊是明代朝天宮道士劉淵然（道教長春派的創始人）奉朱棣的聖旨，為其登基舉行「祭天」大禮時，禱告天神祈求保佑的文書刻石，稱「告天文書」。這兩塊石碑後被官府送到朝天宮，藏在玉皇大帝像座中。清道光年間重修朝天宮時又被發現，時任兩江總督的陶澍還為兩碑寫了跋文。
　　朱棣的《告天文書》中有這樣的話：「手足且傷於前後，情懷有慟於死生。骨肉相殘，幾致屏翰之傾替；腹心構訟，幸茲家國之安全。」這段告白可說是他對殺戮忠良、「骨肉相殘」內心懺悔的流露。所以金陵鄉賢甘熙說：「觀其文詞，知文皇當日亦深有負疚於心矣。」（《白下瑣言》）
　　朱棣的「負疚於心」還有一事可說。永樂二十二年（1424）的殿試，照例由皇帝親自決定狀元、榜眼、探花。考官們把推薦的三份試卷先後念給朱棣聽，朱棣覺得寫得都很好，點頭同意。考官們拆去試卷上的封條露出考生姓名，呈給朱棣過目，以便填榜，佈告天下。第一名狀元名叫孫曰恭，第二名榜眼名叫邢寬。
　　古時書寫是從上到下直書。孫曰恭三字中的曰、恭兩字寫得靠近，加上朱棣老眼昏花，看成了「暴」字，孫曰恭成了「孫暴」；而邢寬的邢字又與刑字同音，聽起來就是「刑寬」，其意即寬大用刑。這觸動了朱棣的內心痛處，他大聲說道：「本朝只許『邢寬』豈宜『孫暴』！」儘管大學士楊士奇及其他大臣一再解釋，朱棣仍然認為「孫暴」不如「邢寬」名字好聽，用硃筆點邢寬為第一名。（事見明江盈科《雪濤諧史》）
　　藉佛力以懺除惡業
　　朱棣通過殘暴的殺戮攫取最高權力後的第二年，便下令建大報恩寺；永樂十年，又建大報恩寺塔。一些有識之士認為朱棣建塔名為「報恩」，實為「懺惡」，也就是欲借佛力消弭心中殺伐過重的罪惡感。
　　「寺名報恩，報何恩歟？昔人詩云：『九級浮屠篡逆燈。』噫！難逃一字也。」（《金陵待】征錄》）金陵鄉賢金鰲說的這「一字」就是「篡」，而篡權、篡位必帶來血腥的殺戮。
　　比甘熙、金鰲說得更直白的，是清中期的兩位著名詩人程晉芳和陳文述。程晉芳有一首《報恩寺》詩，其中有兩句：「殺運乍終宜忏悔，慈恩難報托虛無」。陳也有《登報恩寺浮屠》詩：「靖難師來孰閉門，孝陵雲樹黯消魂。忠臣已盡神孫死，卻建浮屠說報恩」。
　　陳文述還在詩序中說：「永樂之為此，殆自知殺戮過重，藉佛力以懺除惡業耶。」先賢們的共識，應是對朱棣建大報恩寺塔的深層解讀。