孝陵如此恢弘的建築，對於朱元璋這種將死後看得重如生前的人，地宮一定是非常可觀的。但是，限於目前的科技手段和法律，孝陵是不能發掘的，那麼孝陵的地宮情況能否知道呢?最近，傳來一個令人興奮的消息——孝陵的地宮狀況和結構基本探察清楚了。江蘇省地震工程研究院精密磁測(GPM)研究室主任、物探專家叫張治天，他率領一個工作組，採用精密磁測技術對明孝陵陵區2萬平方米的區域進行了大規模的探測，終於揭開了一個隱藏達600餘年的謎團—一—明孝陵確係明開國皇帝朱元璋的陵寢，並弄清了地宮的形制、地下埋藏物的基本分佈情況等。

　　張治天等人依據的理論是地磁理論。這個理論認為空間的一切物質都有各自的磁場，金屬帶有磁性，就是非金屬如磚瓦等其實也會帶有磁性。況且，自然界中不同年代的土壤、磚石等，都有各自固定的磁場，因此，「精密磁測技術」就是利用物體磁場發佈這種原理，來尋找地下分佈物的一種探測方法。這種方法不僅可以探測到50 、 60米以下地下分佈物，甚至可以用這種方法探測出經人為擾動的不同時期埋土的磁場異常。就是在信號極弱、強干擾的情況下探測也有效。後來，我才知道，這次對明孝陵的探測就有一定的難度，其一、探測的範圍與規模大，且史料上對朱元璋墓地的記載不確;其二、墓地周邊區域具有強大磁場的干擾。但他們依然獲得令人信服的探測結果。據瞭解，江蘇省地震工程研究院的物探專家們採用精密磁測技術曾經先後在尋找蘇州吳王墓、南京寧河王鄧愈墓、鎮江地下城、丹陽景陵梁武帝墓以及對陝西咸陽沙河西漢木橋年代的確認上，都做出了貢獻。

　　相傳明太祖朱元璋死後，為了防止後人盜墓，曾於同一天從南京十三個城門同時出殯，而且車馬儀仗完全相同，使人難辨真偽。所以，有傳說孝陵的地宮中是空的，朱元璋並沒有真的在這裡安葬。民間還有朱元璋真身葬於南京朝天宮或北京萬歲山的說法。他們的成果融合進了南京大學與中山陵園「世界遺產明孝陵綜合研究科研合作協議」之中，得出的成果是：

　　排除地宮被盜之說

　　據有關文獻記載，位於獨龍阜下的明孝陵玄宮內埋葬著朱元璋本人及馬皇后和成穆貴妃孫氏。關於朱元璋的地下宮殿建築，由於史書失載，又缺乏必要的工程檔案資料，加之在民間還有朱元璋葬於南京朝天宮或北京萬歲山以及下葬時13個城門出殯等歷史記載和傳說，所以，幾百年來，一直成為人們心目中的一個謎。長久以來，民間還流傳著一個說法，明孝陵的地下玄宮被盜了。一時間，各種猜測紛紜。探測工作是從1998年12月開始的，採用的就是無破壞性的精密磁測技術，並配合地面調查研究，查明了明孝陵地下玄宮的位置，確認朱元璋就葬在獨龍阜下數十米處，而且這座地下宮殿保存完好，排除了過去流傳的地宮被盜之說。

　　神宮監可能有兩個

　　古代帝王生前居住的地方叫皇宮，而死後安息的地方叫陵宮，也叫神宮。神宮監，明朝管理神宮的中央專設機構，規定必須靠近神宮但又不能在神宮內。600多年的風雨飄搖，神宮監早已被塵土湮沒。在洪武皇帝的玄宮昭然於世以後，探尋神宮監的具體方位成了又一重頭戲。據透露，在近幾年對神宮監的鑽探研究中，文物工作者們發現了兩處疑似神宮監的遺址。

　　1999年，研究人員在神宮前金水橋內神道東側鑽探時，發現了磚結構和石構件遺址，附近還有一口磚頭砌成的水井，水井四周有大型柱礎暴露於地表。通過跟已經確定的孝陵別處的磚、石進行對比和比較，研究人員確定該處遺跡與孝陵屬於同時期的建築。由於該處遺跡是當時發現的靠近神宮的惟一建築，所以文物工作者猜測該建築很有可能就是神宮監的所在。然而，到了2000年春，研究人員又在神宮的西南角發現一片建築遺跡，邊寬一米左右的石柱礎和少量的綠琉璃構件，這些綠琉璃跟孝陵裡發現的一樣。距這片遺跡20米左右處，他們也發現了一口明代的水井。都有生活設施水井，而且靠近神宮，兩處神宮監，到底誰是誰非?由於沒有文獻對神宮監的具體方位和數量作過記載，所以只有經過鑽探、清理發掘以後才能對此作出正確判斷。