孔廟中供奉著一百多位神靈，有孔子、四配、十二哲、歷代先賢先儒、孔子的先祖等，是一個龐大的祭祀體系。其中主祀者為孔子，其他人員都屬於從祀行列，所有榮損也都繫於孔子一人之榮損。

正祀——孔子

歷代尊奉孔子，其隆重程度直接反映在孔子的謚號封爵上。據史料記載，封建統治者授予孔子「封號」的制度始於漢代，止於1935年，其間共有十餘個不同的「封號」。比如：漢平帝元始元年（公元元年），孔子被封為「褒成宣尼公」，這是孔子的第一個封號。東漢和帝永元四年（公元92年）「褒成侯」。北魏孝文帝太和十六年（公元492年）「文聖尼父」。隋文帝開皇元年（公元581年）稱其為「先師尼父」「宣尼」。武則天天授元年(公元690年)授為「隆道公」。唐玄宗開元二十七年（公元739元）稱為「文宣王」。「文宣」為謚號，「王」是爵位。此「王」並非後世的王侯的王，而是周天子「武王」「成王」的「王」。宋真宗大中祥符五年（1012年），「至聖文宣王」。清世祖順治二年（1645年）封號：「大成至聖文宣先師」。中華民國二十四年（1935年）封號：「大成至聖先師」。

配享——四配

孔廟威儀，除了彰顯於建築氣勢與孔夫子盛容外，還體現在一個具有強大陣容的隨祀團體上，這個團體可稱之為從祀。從祀有尊有卑，就位置來看，享配、十哲在大成殿中，其他從祀在兩廡。

四配按地位排列依次是：顏子、曾子、子思、孟子。按配享時間排列依次是：顏子、孟子、曾子、子思。

顏淵在漢明帝首祀七十二弟子時，就已經位列第一，後被稱為「復聖」。曾子，因以孝行卓著而成名，後世稱為「宗聖」。子思，祖父孔子曾直接教過他，為曾參弟子，獨能傳授孔門心法。因述聖祖之業，後世稱為「述聖」。孟子，孟子比孔子晚生一百年，其一生遭遇和孔子極為相似，是孔子之後儒家第一人，將儒學盡力宣揚並予光大，後世儒家每以孔孟並稱，尊他為「亞聖」，僅次於至聖孔子，亦為千古的聖人。

從祀——十哲（十二哲）

孔子弟子三千，賢者七十有二。「十哲」是指孔門七十二弟子中的代表人物。在春秋時期，一是指隨孔子周遊於陳、蔡中的主要弟子；二是指孔門「四科」中的代表人物。這兩項合在一起，就是孔子最初鎖定的十哲。用孔子的話來說：「從我於陳、蔡者皆不及門也。德行：顏淵(回)、閔子騫（損)、冉怕牛（耕）、仲弓(冉雍)。言語：宰我(予)、子貢(端木賜)。政事：冉有、季路(仲由、子路)。文學：子遊(言偃)、子夏(卜商)(《論語·先進》」。以上就是春秋時代，孔子界定的十哲。

到了唐代，「十哲」又有了新的變更。唐開元八年(72O年)，所定十哲為閔損、冉雍、端木賜、仲由、卜商(字子夏)、冉耕、宰予、冉求、言偃(字子遊)、曾參（子輿)。由以上可以看出，春秋時的「十哲」與唐代的「十哲」不同。三國魏至唐代，顏淵已升為配享，故不在十哲之列。春秋時曾參不在十哲之列，在唐代卻被列入十哲，正好補了顏回之缺。

由於顏回進入「四配」，故唐代所定「十哲」逐風行於後世。可是唐代所定「十哲」中的曾參，南宋時也進人「四配」行列，故十哲又出現了空缺。到了南宋成淳三年(1267年)，孔門弟子顓孫師(字子長)升為十哲，從而填補了這一空缺。所以南宋至清乾隆二年(1737年)，十哲是閔損、冉雍、端木賜、仲由、卜商、冉耕、宰予、冉求、言偃和顓孫師。這是十哲的最後定位，也是被後世所公認的十哲。乾隆三年（1738年）再增加孔門弟子有若(字子有)和宋儒朱熹,從而構成了「十二哲」。

從祀——先賢先儒

先賢先儒都是中國歷史上被推崇的著名人物，是當時社會道德規範的楷模。孔廟從祀先賢先儒，始於唐代。以後經歷代帝王增添，改換，到了清末，先賢先儒達到156人。這些先賢先儒上自春秋，下至清末，其中，先賢大多為春秋時期孔子的弟子，另有宋代五位哲人入先賢列。先儒為歷代先儒，時間跨度長達二千五百多年。

中國各地孔廟從祀先賢先儒，位置都在大成殿前的東西兩廡內。一般只豎牌位書寫名字供奉，其中先賢79人，座位排列為：

東廡：(同)公孫僑、林放、原憲、南宮適、商瞿、漆雕開、司馬耕、梁鱣、冉儒、伯虔、冉季、漆雕徒父、漆雕哆、公西赤、任不齊、公良儒、公肩定、鄔單、罕父黑、榮旗、左人郢、鄭國、原亢、廉潔、叔仲會、公西輿如、邦巽、陳亢、琴張、步叔乘、秦非、顏吟、顏何、縣宣、牧皮、樂正克、萬章。(宋)周敦頤、程顥、邵雍。

西廡：(周)蘧瑗、澹台滅明、宓不齊、公冶長、公皙哀、高柴、樊須、商澤、巫馬施、顏辛、曹血9、公孫龍、秦商、顏高、壤駟赤、石作蜀、公夏首、後處、奚容箴、顏祖、句井強、秦祖、縣成、公祖句茲、燕伋、樂欬、狄黑、孔忠、公西箴、顏之僕、施之常。申棖、左丘明、秦冉、公明儀、公都之、公孫丑。(宋)張載、程頤。