軍統一番忙碌之後，漢奸紛紛落網，或被押進監獄，或被軟禁，等待著司法審判。從1945年9月至12月，軍統在南北各地共捕獲漢奸嫌疑者4291人。這與實際漢奸數額相差甚多，但是一些著名漢奸基本都被逮捕。

　　在抗日戰爭期間，我國漢奸之多，令人瞠目。漢奸得到了應有的懲罰，那麼，如何剷除產生漢奸的溫床呢？

　　抗日戰爭期間，漢奸輩出，給中國的對日作戰帶來了極大的困難。抗戰勝利後，國民政府為順應民意，維持有效統治，著手準備對漢奸的審判工作。而逮捕漢奸則是此項工作的開幕曲。由於漢奸數量龐大，存在範圍廣泛，使得逮捕方式也多種多樣。

　　逮捕漢奸是一份肥差事，不僅可以使主管部門掌握大權，耀武揚威；還可以趁機敲詐漢奸，發筆橫財。當時，對於由誰主管頗有一番爭執。初期由陸軍總司令部負責辦理，但是，其他機關人員紛紛插手此事，事權難以統一。為了調解內部矛盾，更好地執行漢奸逮捕之任務，蔣介石發佈手令，內云：「逮捕漢奸，各方權限不清，責任不負，以致糾紛多端，以後關於逮捕漢奸之案件，准令戴副局長負責主持，另派有關人員會同檢查辦理，以歸統一，而免糾紛。」這樣，國民政府就將逮捕漢奸之權完全交給了戴笠領導的軍統。隨之，軍統局成立了處理漢奸的最高機關——肅奸委員會，並在全國25個大城市設立了分會。將逮捕漢奸重任交給戴笠領導的軍統，蔣介石之所以做出如此決定，內部權責分工明確是其考慮之一，此外還有兩方面的原因：一方面是軍統人員曾大量留在淪陷區，他們對於漢奸的所作所為比較熟悉，有利於逮捕行動的執行；另一方面是蔣介石與漢奸之間進行了許多見不得人的勾當，而執行這些行動的主力是軍統人員，為了掩蓋這些被人唾棄的行為，他必須再次依靠軍統。

　　怎樣逮捕這些狡猾的漢奸，軍統進行了細密的策劃，他們主要採取了以下幾種方式：

　　第一，緊急逮捕。抗戰結束後，收復區出現了一種奇怪現象，昔日的漢奸搖身一變又成了國民政府的官員，「地下工作者」、「抗戰英雄」、「有功之臣」紛紛像從地下冒出來一樣。在上海、南京、北平等大中城市裡，流傳著這樣一首民謠：河裡漂來的，不如地裡滾來的；地裡滾來的，不如天上飛來的；天上飛來的，不如地下鑽出來的；地下鑽出來的，又不如坐著不動的。「坐著不動的」就是指漢奸。這種國民政府大肆利用漢奸的風潮還未過去，各地漢奸還沉浸在再次被重用的迷夢之中，軍統人員便突然出擊，迅速逮捕了一批漢奸。在江蘇省，1945年9月26日凌晨，南京城內死一般的沉寂，人們還在熟睡之中，身穿便衣的軍統人員便悄悄摸進漢奸的住宅，在這些犯下滔天罪行的惡徒還未明白之時，他們就遭到了逮捕。主要有：梅思平、李聖五、岑德廣、凌霄、郭秀峰、周學昌等。同種方式，第二天又在上海上演。楊揆一、項致莊、張國元、張韜、傅式說、蔡培等一批漢奸落入法網。在山東省，濟南、德州、青島等地，於日軍簽降後39小時，便開始逮捕漢奸。由於事先準備工作秘密進行，外間知之甚少。9月29日凌晨，113人被抓入拘留所。

　　第二，誆騙誘捕。漢奸中的許多人員曾在國民政府任職，甚至有些是居在高位，因此他們與蔣介石政府的很多大員關係密切。在戰後的懲奸風潮中，他們寄希望於昔日的故交，希望這些人能在蔣介石面前為自己求情，獲得諒解，只是將其作為「政治問題」解決。而戰後國民政府利用漢奸的政策也給了某些漢奸以希望，他們認為蔣介石會減輕甚至免除對其懲罰。而軍統人員恰恰利用了漢奸的這種心態，實施誆騙誘捕政策，逮捕了大批漢奸。華北是漢奸的重要聚集地，逐一逮捕難免出現打草驚蛇的狀況，於是戴笠便運用早已自首的漢奸王蔭泰，由他出面，發出請柬，宴請華北政務委員會的諸漢奸52名。在這些漢奸接到請柬之後，有些已經猜出這是「鴻門宴」，但是他們仍不能不赴約，「人為刀俎，我為魚肉」，應該是那些漢奸當時最好的心情寫照，更何況他們還存有一絲僥倖心理呢。被宴請的漢奸們，吃飯時戰戰兢兢，飯沒吃好，就來了一批軍統局特務人員，他們按照名單，將這一批漢奸全部收押。對於一直夢想做「第一夫人」的陳璧君的逮捕，更是煞費苦心。作為汪精衛叛國投敵的鼓動者，能否成功將其逮捕歸案，在人民群眾中有著重要的影響。在汪精衛死後，陳璧君就與褚民誼主要經營廣東之地，他們大部分時間呆在廣州。抗戰勝利後，她故作鎮靜，表示絕不逃跑，「寧服國法」，但這是空頭支票，沒有任何保證。怎樣將其引離廣州，羈押南京，是軍統需要籌劃的一件大事。鑒於陳璧君對蔣介石抱有幻想，戴笠便以此為誘餌，偽造了兩封蔣介石給二人的電報，聲稱「當可從輕議處」。陳璧君對此有些懷疑，但是褚民誼卻十分相信，認為有了救命符。在其鼓動下，陳璧君相信了蔣介石的電報。軍統人員在見到二人後，編造謊言，首先將他們軟禁在廣州，而後又解押南京。陳、褚二人知道上當時，已經成為「甕中之鱉」，為時晚矣。利用這一手段，軍統逮捕了很多大漢奸。

　　第三，以奸懲奸。隨著日本的投降，偽政權紛紛解散，漢奸四處逃竄，對於外面的風吹草動，他們非常警覺。偵查、逮捕這些藏匿的漢奸，對於軍統來說有一定的難度。但是，對於那些曾和這些漢奸共事，已經「自首」的漢奸來說，卻相對容易。他們比較熟悉這些昔日「夥伴」的藏身之地。軍統巧妙地運用了這種資源，利用他們追捕漢奸，頗有成效。原汪偽特務頭子、偽軍委會政治保衛部副總監萬里浪就被委以偵察、逮捕漢奸的重任。為了討好蔣介石，他更是極盡心力，利用他逮捕的漢奸有幾十人，其中最著名的為偽廣東省省長陳春圃。此種逮捕漢奸的方法遭到許多人的非議，但是，它在當時的確起到了重要的作用，很多漢奸因此落網。而且國民政府在利用這些漢奸之後，也把其中的一些人繩之以法，並未使之逍遙法外。萬里浪後來逃出上海，但最終仍在安徽蚌埠為軍統人員抓獲，1946年8月15日於上海槍決。作為權宜之計，這種方式不失為逮捕漢奸的一種方法。

　　第四，國際引渡。這種手段主要是針對陳公博、李勵莊、莫國康、林柏生、陳君慧、周隆庠等人採取的。抗戰勝利後，陳公博等人求得日本侵略者的幫助，乘飛機秘密到達日本，妄圖逃脫國法的制裁。國民政府實施逮捕漢奸的計畫後，曾大肆搜捕「二號人物」陳公博，但是沒有任何線索。就在軍統一籌莫展之際，日本報紙登載陳公博自殺的假消息，正是「此地無銀三百兩」，軍統判斷陳公博定是藏匿日本。中國戰區受降儀式結束後，何應欽以國民政府的名義向日本代表岡村寧次遞交了《中字第二十一號備忘錄》，提出「陳逆公博等皆為中華民國之叛國罪犯，希貴官負責轉致日本政府速予逮捕，並解交南京本總司令部為要」。作為戰敗之國的日本，此時已經無力保護昔日的鷹犬，不得已將之交出。隨後軍統派飛機將他們押解回國，陳公博一干人成了階下囚。

　　第五，大肆搜捕。對於投日巨奸小心翼翼地應付，而對於遍地開花的小漢奸們，軍統則未如此謹慎，因為他們的活動能量相對較小。在抗日戰爭期間，曾有大批軍統人員留在淪陷區，他們主要執行對漢奸的肅殺任務。抗戰勝利後，這些人員由於長期潛伏在日本佔領區，對於各地的助敵者，他們有較為清楚的瞭解，因此，為軍統逮捕小漢奸提供了重要情報。同時，國民政府利用民眾對漢奸的不滿情緒，鼓勵各地民眾告發漢奸。在政府的支持下，曾深受日偽侵略創傷的各地群眾，懷著滿腔怒火，紛紛向司法機關寫信舉報。那些昔日為國民政府不注意的小漢奸們，也引起了軍統的注意，他們也被陸續逮捕，投入監獄。

　　軍統一番忙碌之後，漢奸紛紛落網，或被押進監獄，或被軟禁，等待著司法審判。從1945年9月至12月，軍統在南北各地共捕獲漢奸嫌疑者4291人。這與實際漢奸數額相差甚多，但是一些著名漢奸基本都被逮捕。而且在此後審判漢奸之時，國民政府並未停止對漢奸的逮捕工作，最終大部分漢奸都未能逃脫法網，漢奸逮捕任務基本完滿結束。