皇太極決定打破民族界限，選拔漢族中的優秀人才為國效力。天聰七年七月一日，皇太極命令分隸滿洲各旗所屬漢人壯丁，每十名抽一丁披甲入伍，共有一千五百八十人組成一旗漢兵，由漢官馬光遠統領，旗幟為黑色。這是後金正式組建漢軍的開始。崇德二年七月，皇太極又將一旗漢軍分為左右翼兩旗：以漢官石廷柱為左翼固山額真，馬光遠為右翼固山額真，並按照滿八旗的體例編壯丁為牛錄。

　　崇德四年六月，皇太極再將漢軍兩旗分為四旗，每旗設牛錄十八人，固山額真一人，梅勒章京兩人，甲喇章京四人。四旗共計七千人左右。崇德七年六月，皇太極將漢軍四旗改為八旗，旗色、名稱、官員設置與滿洲八旗相同，所不同的是，漢軍八旗的旗主可以由皇帝隨時撤換任命，而滿洲八旗旗主之位則是世襲。同年八月，孔有德、耿仲明、尚可喜上奏「以所部兵隨漢軍旗下行走」，皇太極欣然同意。其實皇太極早就想將三王麾下數萬漢兵編入八旗，無奈在三王歸附的條件中，自己親口允諾過讓他三人各將所部之兵，自成系統，怎可出爾反爾?如今大勢所趨，三王主動提出編入漢軍八旗，可謂正中皇太極下懷。

　　皇太極創建漢軍八旗，可謂用心良苦：擴大兵源，以漢攻漢，只是表面現象，更深一層的用意在於：削弱滿洲八旗諸王貝勒的權勢，打破他們對軍隊的壟斷，削弱他們手中的權力，從而鞏固皇權。從另一個層面上理解，皇太極顯然意識到了其所統治範圍內滿、蒙、漢之間複雜的民族關係，創建蒙古八旗和漢軍八旗，從法律和制度上確立了一種聯合平等的關係。這樣一來，不僅標誌著以滿族貴族為核心的，與漢、蒙封建地主階級聯合統治的基礎更加廣泛了，而且為清朝二百六十多年的統治打下了牢固的根基。