朱翊鈞在位前十年，由於年幼，由母親李太后代為聽政，太后則將一切軍政大事交由張居正主持裁決，實行了一條鞭法等一系列改革措施，使社會經濟很大的發展，是為「萬曆中興」。

　　萬曆怠政

　　但張居正死後，萬曆十四年(1586年)十一月朱翊鈞開始沉於酒色之中(一說是染上鴉片煙癮)。後因立太子之事與內閣爭執長達十餘年，最後索性三十年不出宮門，不理朝政，不郊、不廟、不朝、不見、不批、不講，1589年，朱翊鈞不再出現，內閣出現了「人滯於官」、「曹署多空」的現象;萬曆二十五年，右副都御史謝傑批評神宗荒於政事，親政後政不如初：「陛下孝親、尊祖、好學、勤政、敬天、愛民、節用、聽言、親親、賢賢，皆不克如初矣。」以至於朱翊鈞在位中期以後方入中樞的廷臣不知皇帝長相如何，於慎行、趙志皋、張位、沉一貫等4位國家重臣，雖然對政事憂心如焚，卻無計可施，僅能以數太陽影子長短來打發值班的時間。萬曆四十年(1612年)，南京各道御史上疏：「台省空虛，諸務廢墮，上深居二十餘年，未嘗一接見大臣，天下將有陸沉之憂。」。首輔葉向高卻說皇帝一日可接見福王兩次。萬曆四十五年(1617年)十一月，「部、寺大僚十缺六、七，風憲重地空署數年，六科止存四人，十三道止存五人」。囚犯們關在監獄裡，有長達二十年之久還沒有問過一句話的，他們在獄中用磚頭砸自己，輾轉在血泊中呼冤。臨江知府錢若賡被朱翊鈞投入詔獄達三十七年之久，終不得釋，其子錢敬忠上疏：臣父三十七年之中……氣血盡衰……膿血淋漓，四肢臃腫，瘡毒滿身，更患腳瘤，步立俱廢。耳既無聞，目既無見，手不能運，足不能行，喉中尚稍有氣，謂之未死，實與死一間耳。首輔李廷機有病，連續上了一百二十次辭呈，都得不到消息，最後他不辭而去。萬曆四十年(1612年)，吏部尚書孫丕揚，「拜疏自去」。四十一年(1613年)，吏部尚書趙煥也「拜疏自去」。吳亮嗣於萬曆末年的奏疏中說：「皇上每晚必飲，每飲必醉，每醉必怒。酒醉之後，左右近侍一言稍違，即斃杖下。」

　　萬曆三大征

　　雖然朱翊鈞在內政行為可謂荒唐，但是軍事上，由於朝臣的精諫，仍保持幹練的本貌。他遣兵調將，平定播州(遵義)楊應龍之亂的播州之役、平寧夏哱拜之亂的寧夏之役、抵抗日本豐臣秀吉侵略朝鮮以及東北大片地區(奴兒干都司)的朝鮮之役，維護了明朝的統一狀態，並粉碎了日本侵略朝鮮的野心。此三場戰爭合稱萬曆三大征。不過雖然軍事得到維持，朱翊鈞派宦官以勘礦、採礦為名去江南搜刮民脂民膏，百姓怨聲載道，又使明朝政治腐敗到極點。

　　礦稅之害

　　神宗親政以後，開始展現其貪婪本性，「數年以來，御用不給。今日取之光祿，明日取之太僕，浮梁之磁，南海之珠，玩好之奇，器用之巧，日新月異」萬曆二十四年(1596年)，明神宗派出宦官充任礦監稅使，掠奪商民，一旦被認為地下有礦苗，房屋就要全部拆除，以便開礦，開礦時挖掘不到時，附近的商家會被指控「盜礦」，必須繳出全部「盜礦」的賠款。礦監所到之處，民窮財盡，「鞭笞官吏，剽劫行旅，商民恨刺骨」「其黨直入民家，姦淫婦女，或掠入稅監署中，士民公憤」，而「帝不問」，成為明代一大惡政。首輔朱賡沉痛地說：「今日政權不由內閣，盡移於司禮。」大學士沉鯉在《請罷礦稅疏》中，亦指出礦稅「皆有司加派於民，以包賠之也」。戶科給事中田大益曾忍無可忍地批評他：「以金錢珠玉為命脈。」萬曆二十五(1597年)至三十三年(1605年)礦稅使進內庫銀將近三百萬兩，「半以助浮費，半以市珠寶」，更多的財物流入了宦官的腰包，「從萬曆二十五年到萬曆三十四年的十年時間裡，礦監稅使向皇室內庫共進奉白銀五百六十餘萬兩，黃金一萬二千萬餘兩，平均每年進奉白銀五十餘萬兩，黃金一千多兩」，可謂「驅率狼虎，飛而食人，使天下之人，剝膚而吸髓，重足而累息，以致天災地坼，山崩川竭」。萬曆二十三年，御史馬經綸直言指斥神宗「好貨成癖」

　　需要說明的是，上述的說法主要來源於當時的文官系統，礦稅，海稅，茶稅，這些工商稅的利益受害者。當聽從了文官建議的崇禎取消商業稅並以農業稅代替以後，爆發了大規模的農民起義。

　　女真掘起

　　此時東北女真族努爾哈赤興起，成為日後中原帝國的隱患。1619年，遼東經略楊鎬四路進攻後金，在薩爾滸大敗，死四萬餘人，開原、鐵嶺淪陷，北京震動。朱翊鈞用熊廷弼守遼東，屯兵築城，才將遼東局勢扭轉。不過朱翊鈞的三十年「斷頭政治」，對人事任免等大事皆置之不理，且僅在必要時才處理政務，使大部分行政部門運作陷於停滯。論者認為這種情況使明朝行政陷於癱瘓。