1965年10月29日，一架日本航空公司的班機在台灣松山機場降落。機場上聚集著在台灣的政要和各界名流達1000餘人，他們在等待著一個「特別」人物的到來。

　　飛機落地後，機艙門打開，只見孫科面露笑容走下飛機，頻頻頷首向歡迎人群致意。這是孫科在去美國十幾年之後，重又投入到國民黨的懷抱。

　　在蔣經國的陪同下，孫科一行驅車前往陽明山賓館。稍事休息後，孫科夫婦及公子孫治平夫婦前往台北市中心的飯店，出席馬超俊、梁寒操、鄭彥棻等為其舉行的洗塵之宴。

　　當晚的宴會上，孫科對《中央日報》記者發表談話，說:「這次自美返回，是為參加國父百年誕辰紀念，瞭解島內進步情形，並會晤闊別多年的親友故舊。」

　　孫科返台，名義上是參加「國父百年誕辰」紀念，但這不過是個借口，實際上他已準備長期落戶台灣，但對外似乎不便明說。他希望自己能風光地、體面地受到款待，畢竟他在美國已經孤獨了許久，所以心理上不希望在返回台灣時被冷落。

　　10月30日，孫科由蔣經國、鄭彥棻陪同，自台北乘坐專機，飛抵台灣南部晉見蔣介石，並由此拉開了他回台非常之行的序幕。

　　蔣介石設午宴款待孫科，席間兩人都極力迴避過去不愉快的往事。他們坐在一起，只是敘敘家常，不時偶露笑聲。午後，孫科乘機返回台北。

　　從這天開始，孫科進入了他人生的又一「高峰」期。一直到12月底，孫科是台島最為忙碌的人物，出鏡的頻率甚高，不是參加宴會，就是請他講演、參觀、揭幕、剪綵、接見，他應接不暇。也許是多年的守望，也許是似曾相識的感受，75歲高齡的孫科精神抖擻，一一應對。

　　孫科沒有想到的是，國民黨敗退台灣，他本人辭去副總統遠赴海外十幾年後，他又一次成了蔣介石手中的一枚棋子。

　　時光飛逝，當年的故舊，不少已撒手人寰。上了年紀的人更容易懷舊，孫科當年沒能參加逝友的葬禮，如今回台了，不能不去他們的墓上看一看，掬一把土，寄托哀思。孫科相繼去了陳誠、於右任的墓前致祭，並到公墓弔唁了許世英、吳忠信、蔣夢麟、朱家驊、洪蘭友、俞鴻鈞、傅秉常、錢新之等老友。其後，他又參加了居正夫婦靈骨安葬禮，祭拜了哥倫比亞老同學胡適博士。觸景生情，孫科頗為傷感，不斷歎息著歲月無情，人生苦短。

　　這時的孫科，就像明星演出一樣，馬不停蹄地趕場子，忙得不亦樂乎。那一陣，孫科恨不能分身有術，許多單位不得已，只好合在一起恭請他。

　　1966年11月12日這一天，是孫科返台一系列活動的高潮。上午，他參加了各界舉行的「慶祝國父百年誕辰紀念大會」。下午4時，「國立中山博物院」大廈舉行落成典禮，孫科主持「國父」銅像揭幕後致辭:「在南京中山陵的國父白大理石像，是1928年聘請法國名雕塑家塑造的，現在這座銅像模型大小一樣，稍微低一點，現在大家對國父都有『高山仰止，景行行止』的感想，個人謹向國人與鑄造國父銅像，籌建博物院的有關人士致謝。」

　　12月16日中午，中國國民黨第一次全國代表大會的在台代表李宗黃、張知本、黃季陸等聚餐，歡迎同為代表的孫科。算一算時間，那已是41年前的事了，如今老友重逢，頗為動情，若不是他們命大，恐怕只能在另一個世界相會了。

　　在近兩個月的忙碌之後，孫科總算歸於平靜，可以安坐在家中。

　　在蔣介石提名下，孫科接任了「考試院」院長一職。消息傳出，反應不一，有人認為以他的學識與資望，未免大材小用;有人覺得他淡出政壇多年，重又回到台灣做官，有點「鬼迷心竅」。孫科對於外界的批評，少加辯白。孫科接「考試院」，按理可入住院長官舍，那是位於「考試院」斜對面一座寬大雅靜的平房。可他卻將其改為「考試院」圖書館，供屬下充作進修場所，自己則與家人仍住在舊房。

　　孫科晚年，可謂是精神領導「考試院」達7年之久。他只把握政策，至於具體工作，則放手由部屬去做。「考試院」在他的領導下，的確做了不少事，行政部門和人事單位主官對他非常尊重，「兩院」協調密切，凡事也就迎刃而解。

　　1973年9月13日下午5時，孫科突發心臟病，在台北榮民總醫院結束了他的一生，終年83歲。