1980年12月，在「兩案」（即林彪、江青反革命集團案）審判中，法庭對吳法憲秉承林彪旨意，誣陷、迫害賀龍元帥一事進行了法庭調查。

吳法憲承認，1966年8月28日，在人民大會堂浙江廳聽取他對空軍黨委第十一次全會的情況匯報時，林彪對他說：「你們這個會賀龍插手了。賀龍這個人有野心，到處插手，總參、海軍、空軍、政治學院都插了手……你要警惕和防備他奪你的權。」林彪隨即讓吳法憲把賀龍插手空軍的情況寫個材料送給他。9月3日，吳法憲將寫好的材料送給林彪。

9月2日，林彪還打電話給海軍副司令員李作鵬：「不要只高興羅瑞卿倒了，要注意賀龍，這個人是羅瑞卿的後台。軍委很快要開會解決他的問題，你就他插手海軍的問題盡快寫個材料交給我。」像吳法憲一樣，李作鵬當然也遵旨照辦。

9月5日，毛澤東在中南海遊泳池休息室裡，把林彪送來的誣告信，當面交給了賀龍。信中說：「賀龍有一條黑線在部隊搞奪權活動。」對此，賀龍既痛苦又氣憤。毛澤東對賀龍說：「我對你是瞭解的。我對你還是過去的三條：忠於黨，忠於人民；對敵鬥爭狠；能聯繫群眾。」

林彪為什麼策動吳法憲、李作鵬誣告賀龍呢？表面上看，吳、李是林彪線上的大將。實際上，是因為賀龍對林彪通過吳法憲、李作鵬搞派別活動有了正面衝突。

1965年底，在林彪、葉群的策劃下，羅瑞卿被罷官。林彪欲借口抓「羅瑞卿分子」，搞掉一批不聽他使喚的幹部。於是，吳法憲、李作鵬分頭在空軍、海軍開始行動。1966年7月初，他們反映的問題到了劉少奇、鄧小平案頭。劉、鄧很快指示中央軍委去空軍、海軍調查解決問題。

7月7日，中共中央軍委舉行常委會討論海軍問題時，賀龍說：「搞地下活動是第一位的錯誤。有問題擺到桌面上來，不要搞陰謀嘛！」

7月11日，中央軍委常委討論空軍問題時，賀龍嚴厲地批評吳法憲：「只報喜，不報憂……政治思想工作薄弱……有許多東西是假的。」

與會的老帥們均站在賀龍一邊。林彪自知情況不妙，馬上以退為進：「海空軍的問題要解決，但目前的班子以不動為好。」

賀龍不為所動：「根據劉少奇、鄧小平同志的指示，個別的可做些調整嘛！」

矛頭明確指向了林彪的愛將吳法憲、李作鵬。這無疑觸到了林彪的敏感神經。早在林彪因病「休養」期間，賀龍曾代替林彪主持軍委日常工作。賀龍撇開林彪「突出政治」的做法，與羅瑞卿一起轟轟烈烈搞起了全軍「大比武」，得到了毛澤東的肯定。林彪惟恐代理工作的賀龍佔去他的位置，便將與賀龍想法一致的羅瑞卿搞下了台，讓賀龍瞧瞧顏色。哪知耿直的賀龍根本不吃林彪那一套，看不慣他就要發言反對。

在延安時代，毛澤東曾向賀龍談到過林彪其人。毛澤東說，長征期間，林彪表面上承認他的領導，背地裡卻給中革軍委寫信，要求更換中央領導人；林彪愛出風頭，不能顧大局。林彪得知毛澤東對他的評價後，一直耿耿於懷。林彪還擔心，他在1937年1月寫給賀龍的一張紙條會成為一顆定時炸彈。當年國共合作抗日的時候，蔣介石曾於1937年1月在洛陽召集第二戰區軍官會議，林彪、賀龍等幾位八路軍師長隨同朱德、彭德懷去出席會議。林彪曾給賀龍寫了一張紙條，上面寫道：「蔣介石是有抗戰決心的，我們回部隊後可吹吹風。」

此時，林彪覺得對他知根知底的賀龍已成為他陰謀篡權的障礙，因此積極策動吳、李誣告賀龍。同時，「志同道合」的夫人葉群也策動了中央軍委辦公廳警衛處長宋治國誣告賀龍。

9月5日、6日接連兩天，葉群在人民大會堂西大廳，拉著宋治國竊竊私語。此後，宋治國將一張小桌放在了西大廳一個少人注意的角落，並找來紙和筆，伏案作起文章來。宋治國寫完四封揭發信後，親自送往葉群辦公室。

葉群接信後很高興，且故意當著辦公室秘書的面問宋治國：「你寫的這些材料是否都可靠？是，我們送上去；不是呢，就不送了。」宋治國當然明白葉群的意思，忙說：「當然可靠，我寫的都是事實，我負完全的責任。」葉群為將事情搞成鐵案，又讓辦公室的秘書專門寫了份《關於宋治國寫材料情況的證明》。

宋治國的「材料」寫道：「羅瑞卿家裡辦公桌的玻璃板底下壓著一張照片，其中有賀（龍）、薛明、羅（瑞卿）、郝治平四人合影，天天看，但沒有主席的照片……我覺得賀（龍）與羅（瑞卿）、彭（真）、楊（尚昆）反黨分子來往很為密切，他們經常密談……他對警衛人員的教育不是以政治掛帥，而是業務掛帥，如教育人家如何將槍法練好，並要求每個警衛人員要練得百發百中……聽說體委自動銷毀了120部電台，此事甚為可疑。」

葉群之所以這麼做，除了與林彪保持共同行動之外，還與賀龍夫人薛明在1943年延安整風時揭發過葉群有關。葉群抗戰初期在南京國民黨電台當過播音員，參加過國民黨CC系舉辦的演講比賽，並與CC系的外圍組織有過來往。這段歷史被薛明揭發後，葉群一直記恨在心。

而1967年2月14日，武漢市財貿幹部外語教員晏章炎的一封誣告信，讓林彪等人如獲至寶。信中說：「1933年，（在湘鄂西的）賀龍主動要求投降。蔣（介石）派熊貢卿去後，賀龍要求當軍長，蔣介石只同意讓他當師長，賀龍嫌官小沒有談成。怕事情暴露，為了滅口把熊貢卿殺了。」

6月13日，林彪、葉群派人到武漢進行了調查。調查人員發現了1934年3月17日湘鄂西中央分局就此事給黨中央的專門報告。報告中說：「去年12月蔣介石曾派一代表熊貢卿來遊說賀龍同志，企圖收編，熊先派梁素佛來，賀龍同志首先發覺和揭露來人之陰謀，認為這是侮辱中央分局……我們為要得到蔣介石對中央蘇區及四方面軍之破壞工作的消息，遂允熊來，據熊說蔣已派四個人（有兩個是浙江人）到四方面軍去，中央蘇區亦建立多年工作，此等人均做上層收買工作，我們乃將熊事公開，舉行群眾審判槍斃之。」

儘管該報告與晏章炎的說法完全相反，但在調查人員的授意下，晏章炎又寫了一份與上次內容完全相同的所謂「揭發」材料。這個晏章炎就是當年經辦此事的國民黨南昌行營第二廳廳長晏勳甫的兒子。

7月12日，該材料以賀龍「通敵未遂」上報中共中央。9月7日，葉群在一次中共中央日常工作會議上提出：賀龍在湘鄂西同國民黨大員秘密接頭，企圖投敵，問題嚴重，要立案審查。康生、江青、陳伯達、謝富治等人發言支持。9月13日，賀龍被正式批准立案審查。

另外，1968年3月，國務院參事室參事李仲公將兩封據稱是賀龍早年的「親筆信」交給了參事室，並提出要向周總理報告，和周總理本人單獨談。事情的起因是：3月20日，駐國務院參事室軍代表王炳輝召集參事室造反隊負責人開會，佈置發動參事們揭發所謂「黨內最大的一小撮走資派」的歷史問題。在3月25日的參事全體會議上，王炳輝進行了動員。之後，就有了李仲公提交的材料。參事室接到材料後，感覺此事非同小可，當即向總理聯絡員鄭凱做了電話匯報，鄭要求將原信馬上送到總理辦公室。

現在看來，周總理當時可能受到這兩封信的影響。1967年1月11日，周總理秘密安排賀龍夫婦、其子賀鵬飛和警衛參謀楊青成住進了西花廳。9天後，賀龍一行被送到了北京西山國務院管理局屬下的一處招待所。臨行前，周總理與李富春一起同賀龍談了一次話。周總理講道：「林彪說你在背後散佈他歷史上有問題，說你在總參、海軍、空軍、裝甲兵、通信兵到處伸手，不宣傳毛澤東思想。」

賀龍當時很生氣，幾次想說話，但周總理為保護他，根本不給他說話的機會。總理最後說：「毛主席不是保你嘛，我也是保你的。給你找個地方，先休息一下，等秋天我去接你回來。」「秋天接你回來」是周總理對賀龍的承諾。按周總理的性格，他不會忘記對戰友的諾言。而周總理為何食言呢？這可以在總理後來的言行中找到端倪。

1971年「九一三事件」後，周恩來總理下令重新調查李仲公提交的「賀龍求降信」的真偽。經過艱難的調查取證，1974年9月23日得出結論：「求降信」所用紙墨是1940年以後出產的，也就是說，李仲公1968年春交出的兩封信是偽造的。當時調查人員曾建議「處理」李仲公，周總理說：「把調查結果告訴他，就能把他嚇死。算了，他已經八十多了。」

1975年6月9日，即賀龍去世六週年那天。周總理一見到薛明就大聲說：「我對不起賀龍同志，對不起你們！我沒有保護好賀龍同志！」說完，熱淚長流。

可以說周總理是受了李仲公的蒙蔽，而李仲公這個人為什麼要陷害賀龍呢？這裡面有歷史和現實兩方面原因。歷史上，1927年3月，叛變革命前的蔣介石曾經派時任其秘書長的李仲公到武漢「拉攏」賀龍，而賀龍先是佯裝有興趣與蔣聯絡，待李真的透露底牌時，卻將李仲公抓了起來，甚至要把他槍斃。但蔣介石當時並沒公開反共，考慮到各方關係，賀龍將李轉押給了國民革命軍第八軍總指揮唐生智。唐生智將李放掉了。現實上，新中國剛成立的時候，李仲公曾跑到中南海找相熟的周總理伸手要官，想當貴州省人民政府主席。周恩來對他說，你有想法可以提出來，但中央要統籌考慮。得不到肯定答覆後，李仲公耍起賴來，糾纏不休。總理忽然想起，他聽賀龍說起過李仲公。於是，打電話將賀龍叫到了中南海總理辦公室。

賀龍一進門，周恩來便指著李仲公說：「賀鬍子，你認識他嗎？」賀龍聽說此人正在跑官，一見李仲公已明白了七八分，當即接口說：「認識麼，老朋友了。」賀龍看周總理一眼又說：「李先生，那年在武漢，我送你到唐生智那裡，後來你怎麼就走了呢？」李仲公尷尬難言，「嗯啊哪」地起身告辭。

後來，李仲公只被聘為國務院參事室參事，但他對賀龍一直耿耿於懷。「文化大革命」中，有人號召揭發賀龍，他便自行偽造了賀龍向蔣介石的乞降信，誣陷賀龍。

1969年4月的九大，林彪作為「毛澤東同志的親密戰友和接班人」寫入了黨綱。一天，賀龍用手指著毛澤東和林彪的合影照說：「現在已經不是這個人（指林彪）的問題，而是這個人（毛澤東）的問題了。只要毛主席說一句『賀龍沒有問題』，事情就完結了。我相信，毛主席總有一天會說這個話的。」

可惜，兩個月後的6月9日，賀龍被迫害致死，含恨離開了這個世界。直到1974年9月29日，中共中央才專門發佈文件，為蒙冤去世的賀龍恢復了名譽。