菲律賓與中國華南隔海相望，自古就是華人移居的重要目的地。明初鄭和七下西洋後，中國聲威所及，菲律賓的呂宋、蘇祿等國都時段時續地同明廷保持著朝貢貿易，但直到16世紀70年代移居菲律賓的華人才逐漸增多。當時明王朝部分開放海禁，而剛剛殖民菲律賓的西班牙對商品和人員極為渴求。華僑的增多也令晚期明帝國與西班牙在菲律賓產生碰撞。

　　殖民者肆意屠殺旅菲華僑

　　1565年，西班牙殖民者入侵菲律賓，攻佔宿務島，1571年侵佔呂宋，建馬尼拉城。西班牙人對菲律賓統治初期，對前往菲律賓的華人採取拉攏政策，因為菲律賓當時的經貿發展要仰賴華人的努力和貿易。但隨著華人影響的提升，西班牙殖民者與華人的矛盾開始凸顯，並最終導致1603年的大屠殺。

　　1574年，活躍於福建一帶的私人武裝頭領林鳳差點攻佔馬尼拉，讓西班牙殖民者對華人大為恐懼。1593年，菲律賓總督達斯馬裡納斯遠征摩鹿加群島，由於他強迫華僑充當槳手，引發不滿。途中，達斯馬裡納斯所在旗艦上的華僑潘和五等人奮起反抗，將船上包括總督在內的西班牙人幾乎盡數殺死(僅12名士兵死裡逃生)，隨後駕船遠走。這次事件後，馬尼拉當局煽動排華浪潮。在這一背景下，1594年初，一支中國船隊在福建官員帶領下，載著士兵和武器到達馬尼拉，接回3000名華人。

　　1603年，菲律賓島又出現一則傳聞：中國皇帝有意佔領菲律賓以獲取這裡的黃金。這一傳聞源自一名在呂宋生活多年的木匠，他稱呂宋有一機易山，「其上金豆自生」。萬曆皇帝信以為真，下令福建官員前去勘查。西班牙人本就對中國頗為忌憚，何況菲島華僑眾多，因此疑心中國想「開疆裂土」。隨著排華情緒漸濃，西菲當局欲迫害甚至屠殺華僑的意圖越來越明顯。

　　1603年10月3日，不願坐以待斃的華僑爆發大起義，但由於缺少武器和軍事經驗，他們僅堅持了41天。起義很快演變成一場大屠殺。在當局的煽動和蒙騙下，包括土著、日僑在內的各方力量都參與到屠殺中。據統計，至少2萬華僑被殺。

　　馬尼拉憂心明廷報復

　　大量屠殺華僑對菲律賓本土經濟產生致命影響，物資匱乏、經濟蕭條。當局財政狀況嚴重惡化，甚至需要借貸度日。西班牙人憂心中國商船不再到來，會令遙遠的美洲受到波及。更大的恐懼是，他們擔心明朝政府會進行報復。西菲當局緊急加強戰備，但軍隊士氣低落，口糧嚴重不足。殖民者只能心驚肉跳地等待，馬尼拉籠罩在絕望和蕭條氣氛中。1604年6月，一批對前途悲觀的富人離開馬尼拉，舉家遷往墨西哥。

　　西班牙駐菲律賓總督阿庫尼亞一面做些表面工作，如部分發還華僑商人的財產，發動倖存者給國內寫信，企圖證明西班牙殖民者「清白」;一面派特使奎瓦攜帶致廣東、福建兩省巡撫和其他官員的函件，於1603年12月10日乘船前往澳門，並趁機刺探中國有否進攻菲律賓打算的軍事情報。考慮到澳門的葡萄牙人對中國比較瞭解，阿庫尼亞還寫了幾封信，詳述華僑起義事件，並附上致中國官員函件的副本，讓奎瓦分發給澳門的司令官、主教、在政務方面有著較大發言權的耶穌會教士等。

　　奎瓦一行因遭遇風暴於1604年2月折返馬尼拉，2月25日又由150名西班牙士兵和一名神父陪同再赴澳門。但葡萄牙人出於打擊貿易競爭對手的考慮，始終未將函件轉交中國方面。

　　萬曆王朝做出荒唐決定

　　奎瓦等抵達澳門的消息傳到漳州，有經常往來漳州和馬尼拉的中國富商到澳門與其會見，答應把函件轉交中國官員，設法動員華僑繼續貿易。奎瓦在澳門瞭解到，明朝政府已獲悉屠殺事件，但全國平靜，沒有集結艦隻進攻馬尼拉的跡象。獲得這個重要情報後，奎瓦購買了一批軍事物資，於5月回到馬尼拉。

　　奎瓦帶回的消息令西菲當局憂懼大減，但直至1605年5月，西班牙人望眼欲穿的華商船隻仍難覓蹤影，相反卻從澳門傳來消息，中國已經集結一支軍隊，準備前來興師問罪，一時間又使西班牙人驚懼不已。事實上，儘管明朝當局瞭解了事件真相，但它一貫把移民國外的華僑視為賤民，因此僅寫了一份《諭呂宋檄》，於1605年5月底、6月初由中國貿易船隊中一名船主帶到馬尼拉，分交菲律賓總督、馬尼拉最高法院和馬尼拉大主教。檄文未對屠殺行為進一步嚴加追究，只要西班牙殖民當局保證華僑今後生命財產的安全，並宣佈對殖民者「不忍加誅」，「其海外戕殺姑不窮治」，要求西班牙方面「當思皇帝浩蕩之恩，中國仁義之大」。

　　明朝未出兵討伐還有當時現實條件的限制。在西班牙屠殺華人大致同一時期，大明王朝進行了三場大規模戰爭：在西北的寧夏，西南的播州，特別是從萬曆二十年(1592)開始的長達7年與日本在朝鮮進行的戰爭。這三場大戰明朝都取得勝利，但國家軍事和財政能力損耗極大。

　　鄭氏父子曾欲出兵

　　明朝的縱容使得殖民者對菲律賓華僑的欺壓更加有恃無恐，絕境中的華僑不堪其苦。1639年，華僑再次發動起義，並堅持近4個月。這一次，西班牙殖民者徹底殺紅了眼，無數華僑平民包括虔誠的天主教徒死於屠殺。

　　得知菲律賓華僑的悲慘處境後，1657年，堅持抗清的明朝大臣鄭成功致函爪哇島巴達維亞的一名華僑，要求他停止與西菲當局進行貿易。他還提出要率兵攻取菲律賓，以示懲罰。1662年，鄭成功攻下台灣後，派人向菲律賓總督下書，譴責其殺戮掠奪華僑的罪行，嚴令其改邪歸正。

　　面對鄭成功的威脅，西班牙人反而進行了第三次對華僑的集體屠殺。鄭成功聞訊大怒，他一面撫恤逃到台灣的華僑，一面組織籌備軍隊，於是菲律賓島上再度風聲鶴唳，人人自危。當時荷蘭人也威脅著西班牙人在菲律賓的地位，島上菲律賓人反西起義頻發，西班牙殖民者感到回天乏術，隨時準備撤離。

　　但鄭成功尚未出兵就出現內亂，不久鄭成功病逝。他的兒子鄭經接著治理台灣，並派人同西班牙殖民當局交涉。據說鄭經在1670年和1671年兩次準備征討馬尼拉，但因各種因素而未能出兵。