當薩爾滸戰敗以後，萬曆就提拔熊廷弼為遼東經略，當他抵達遼陽檢閱遼東都指揮使司的時候，迎接他的是數千名衣衫襤褸的叫花子兵，他們手中拿著些木棍充數。這些飢寒交迫的士兵在薩爾滸之戰後士氣低落到了極點。熊廷弼上台後短時間內已經把遼東鎮士兵擴充到八萬，並為各將領的親軍配屬了精良的武器和盔甲以及充足的糧秣和被服。

　　和薩爾滸之戰前那支經歷過朝鮮戰爭和歷次西征的遼東邊軍比，此時的遼東鎮軍隊裝備雖好，但是戰鬥經驗仍嫌不足，所以熊廷弼一直避免和建州軍主力決戰。萬曆四十八年六月初，努爾哈赤調兵遣將攻擊瀋陽。熊廷弼立刻讓遼東明軍在其他戰線上全線出擊施加壓力，努爾哈赤最後只集結起了一萬披甲和兩萬無甲旗丁，這大概是建州全軍三成左右的實力。

　　萬曆四十八年六月十四日，建州軍開始越過撫順攻入遼中平原，十五日建州軍前鋒抵達瀋陽近郊。瀋陽參將、加銜副將賀世賢趁建州軍立足未穩，引一千親軍、五千營兵出城急襲。賀世賢挫敗建州軍前鋒，斬首一百五十餘級，並焚燬建州軍的營寨。 擊退建州軍前鋒後，賀世賢引兵趕往奉集堡西北紮營，同遼陽中軍遊擊趙率教形成犄角之勢。六月十七日，賀世賢和趙率教與建州軍左翼野戰，明軍小勝，斬首二百級並打通了堡內外的交通線。

　　再次日，努爾哈赤聽說遼東經略熊廷弼已經離開遼東都司府，親帥遼陽十營兩萬戰兵趕到瀋陽，知事已不可為，遂引軍向東撤退。熊廷弼聞訊後繼續進逼，努爾哈赤就放火焚燒撫順城，全師退出邊牆之外。至此，薩爾滸戰役後明軍的失地幾乎全部被收復。——顯然閻崇年等所謂的清史學家談到後金是說明朝野戰萬萬不如後金，事實表明這就是極大的謊言，偉大的毛主席說過只有消滅敵方有生力量才是真正勝利，顯然要想打敗機動性比農耕民族強的遊牧狩獵民族，實際可行的辦法就是消滅或消耗其有生力量，而非袁崇煥那樣龜縮在城裡。

　　此後，建州軍主力已經退縮集中在薩爾滸城和建州衛(赫圖阿拉)兩地，整個遼東固若金湯，明軍在瀋陽周邊的野戰屢戰屢勝，一掃薩爾滸戰役以來的頹廢，建州女真危如累卵，似乎隨時都會在明軍的封鎖面前被物資匱乏帶來的飢餓所擊敗。無論是蒙古還是遼東都司的百姓，似乎都不認為對建州的剿匪行動會有什麼波折，更不會認為會對他們的生活構成什麼影響。要不是後來東林黨上台後的胡搞，這個政策繼續執行下去，老奴的失敗不過是時間問題。所以明朝是敗在東林黨為代表的文官集團手裡，而後來的清廷通過御用文人大肆貶低萬曆而頌揚敗國的東林黨人，顯然是為了彰顯其武力強大和貶低明朝。