1950年，蔣介石在台灣自我加冕，恢復了中華民國總統職務。毛人鳳也重新當上了保密局局長。他以為，雖然在南京和重慶的時候，他總要受制於人;如今到了台灣，總算應該苦盡甘來，讓他可以舒舒服服地在情報系統的第一把交椅上終老了。　　只是計畫總趕不上變化，就在他自鳴得意的時候，卻沒有意料到自己正要面對一個實力超強的對手——「太子」蔣經國。

　　敗退台灣後，國民政府面臨著幾乎失控的社會秩序，強大而有效的特務機關對於他們穩定局面十分重要。1950年3月，蔣介石任命蔣經國為「國防部總政治部主任」，兼任特設的「總統府機要室資料組主任」。 蔣經國的官銜雖不高，權力卻超越三軍將領。它既可以命令「台灣保安司令部」等相關部門執行具體命令，又可以通過對情報特務機關人事任免的備案，掌握全島特務名單，說它是台灣情報機關的決策指揮機構也毫不誇張。

　　蔣經國上台之後，面臨的就是台灣情報系統已經存在的兩股勢力：其一是台灣原先最大的情報單位——保安處，它是沿襲日占時期駐軍司令部「特務機關」和抗戰時期的「戰區第二處」的編制而設立的;其二是以大陸過來的「中統」和「軍統」系統為班底的保密局。這兩股勢力的頭子分別為：彭孟緝和毛人鳳。

　　蔣介石和蔣經國都明白，要整合台灣的情報系統，必須先搬掉這兩塊石頭。為了能讓蔣經國盡快上位，蔣介石首先親自出手勸退了中統的陳立夫 ，其後授意蔣經國多次在公開場合宣稱：「軍統、中統兩大特工組織合為一家，嚴加整肅，統一運籌。」

　　看到蔣經國親自出馬，彭孟緝不敢托大了。一方面，彭孟緝只是一個「台灣省保安中將司令」，當時台灣島「將星如雲」，上將、中將一抓一大把，所以毫不起眼;另一方面，彭孟緝一直供職於軍隊，在情報系統沒有什麼家底，當初，蔣介石也是希望對毛人鳳有所制約才將他安插進情報系統的。

　　現在有個更大的官壓陣，他當然就要把位子讓出來。所以，彭孟緝是完全按「太子」眼色行事，不敢有半點出軌。

　　蔣介石和蔣經國都明白，要整合台灣的情報系統，必須先搬掉這兩塊石頭。為了能讓蔣經國盡快上位，蔣介石首先親自出手勸退了中統的陳立夫 ，其後授意蔣經國多次在公開場合宣稱：「軍統、中統兩大特工組織合為一家，嚴加整肅，統一運籌。」

　　看到蔣經國親自出馬，彭孟緝不敢托大了。一方面，彭孟緝只是一個「台灣省保安中將司令」，當時台灣島「將星如雲」，上將、中將一抓一大把，所以毫不起眼;另一方面，彭孟緝一直供職於軍隊，在情報系統沒有什麼家底，當初，蔣介石也是希望對毛人鳳有所制約才將他安插進情報系統的。

　　現在有個更大的官壓陣，他當然就要把位子讓出來。所以，彭孟緝是完全按「太子」眼色行事，不敢有半點出軌。

　　但是毛人鳳卻沉不住氣了。誰願意在春夏辛苦耕耘後，到秋天任他人摘取自己的勞動果實?也許是到了一定年紀，自詡也算是「功臣」了，毛人鳳一反常態，自恃有蔣介石做靠山，居然在國民黨的中常委會上聲稱：「情報工作是很專業的東西，不能讓外行來領導內行。戴老闆生前就說過，軍統是10萬人的大家庭。要管理好可不容易啊!」這些話當然傳到了蔣經國的耳中。

　　但是蔣經國並不急於反攻。此時他信心滿滿，正在編織自己的大好前程。在他看來，毛人鳳再鬧騰，也只是一隻秋後的螞蚱，得意不了幾天。有老爸蔣介石撐腰，將來保密局總歸是自己的囊中之物。可是很快他就發現，毛人鳳對他不僅只是口頭的不滿，更是處心積慮地在挖陷阱，想要讓他身敗名裂。

　　毛人鳳暗中收集了蔣經國的親信毛邦初在美國受賄貪污的消息，報到蔣介石的案頭上。蔣介石雖然沒有如毛人鳳所期待的那樣真的查辦，但還是把蔣經國給結結實實地教訓了一通，弄得蔣經國好長一段時間抬不起頭來。

　　這件事激起了蔣經國的鬥志，他決心要給毛人鳳點厲害看看。這時，毛人鳳的宿敵，國民黨情報老手鄭介民向蔣經國獻了一計：開辦訓練班，召訓新生及復訓保密、內調兩局現有幹部;在此基礎上，將兩局人員混編，以打破兩局長期以來的半敵對狀態，建立現代諜報體制，結束私人割據的局面。

　　這是對諜報系統的根本改革，也是對毛氏的「獨立王國」的根本動搖，非同小可，蔣經國不敢擅自拍板，必須蔣介石點頭。而要蔣介石點頭，並不是一件容易的事。

　　蔣經國還是不露聲色，採取挖牆腳的辦法，來了個釜底抽薪。他將保密局二處處長葉翔之拉攏過來，委以重任。這樣一來，保密局內的眾骨幹也紛紛「跳槽」。眾叛親離後，毛人鳳就只剩個光桿局長。但毛人鳳也不是省油的燈。他得知蔣經國的行動後，一不做二不休，以蔣介石提倡的「整肅紀律」為由，將葉翔之收受賄賂170根金條的罪證搜齊後，準備親自呈報給蔣介石。

　　葉翔之慌了神，哭哭啼啼地找到蔣經國。蔣經國一驚，忙安慰道：「葉處長不用擔心，總統那裡我去說。這樣吧，你來我這裡，擔任大陸工作處處長。」旋即，他親自趕往蔣介石處，稱：「保密局有個高級特工葉翔之，由於家庭生活困難，收了一點禮，毛人鳳便要嚴辦他。我覺得此人是個人才，過去在大陸完成了許多重要任務，又是初犯，且已經退了賄禮，能不能網開一面，讓他戴罪立功?」

　　蔣介石本來就想栽培兒子，今見蔣經國親自說項，更認定葉翔之可以重用，當即便同意蔣經國的請求。不曾料到，蔣經國手握尚方寶劍前腳剛走，毛人鳳隨後便把葉翔之的材料送來了。

　　不料蔣介石看完材料後卻大為生氣：「你們到底怎麼搞的?葉翔之明明是一個好官員，為什麼非要整他?」