日俄戰爭期間，清政府保持中立，而實際上無論是政府官員還是一般百姓，鑒於沙俄對東北的侵佔和不按期撤兵，是傾向日本一邊的。正如吳玉章所說：「人們對沙俄的痛恨，還把同情寄予日本方面，聽到日本方面打了勝仗，大家都很高興。」王芸生也曾說過同樣的話：「中國久受俄人凌虐，故當日俄戰爭期中，一般皆懷兄弟急難之義，雖雲中立，在精神上和物質上均為日本之助。」作為政府官員的袁世凱也是這樣，他表面中立，實則偏向日本，而且還為日本提供一些人員方面的支持，如派吳佩孚與日本情報人員一起，深入東北地區，為日本收集情報等。

　　日俄戰爭期間，清政府保持中立，而實際上無論是政府官員還是一般百姓，鑒於沙俄對東北的侵佔和不按期撤兵，是傾向日本一邊的。正如吳玉章所說：「人們對沙俄的痛恨，還把同情寄予日本方面，聽到日本方面打了勝仗，大家都很高興。」王芸生也曾說過同樣的話：「中國久受俄人凌虐，故當日俄戰爭期中，一般皆懷兄弟急難之義，雖雲中立，在精神上和物質上均為日本之助。」作為政府官員的袁世凱也是這樣，他表面中立，實則偏向日本，而且還為日本提供一些人員方面的支持，如派吳佩孚與日本情報人員一起，深入東北地區，為日本收集情報等。

　　5、中國稅關之新設。凡滿洲陸路輸入外國貨物，須征之某輸入稅，宜於國境地方及內地重要都府新設稅關。

　　6、教育機關之新設。欲圖人民知識之發達，宜於各都市新設學堂，授以外國語及普通教育，漸次進於高等教育。

　　袁世凱的東北政策，實際上是他對東北全面進行改革的方案，包括東北地區由軍府制改為行省制的改革，全面進行政治、軍事、經濟、教育等方面的改革，即全面推行新政，將早期現代化拓展至東北地區，以和內地相一致;還包括開放東北，正確處理和外國的關係等。袁世凱改革東北的方案，對於在東北推行新政，加強對東北的治理、建設，以改變東北的落後面貌，鞏固東北的國防，抵制外國對東北的侵略，均有著極其重要的意義。這個改革方案，是面對沙俄對東北侵佔即將結束而提出來的，因此是非常及時的。袁世凱改革東北的方案，由於沙俄沒有如期撤兵和隨後的日俄戰爭爆發而沒有能夠實現，但它卻是全面改革東北的先聲，對以後的改革產生了重大影響。

　　日俄戰爭爆發後，清政府由於自身的軟弱和無奈，不得不選擇了局外中立。局外中立是袁世凱提出和具體負責實施的。這在當時來說也是出於無奈，不過即便局外中立，也需要一定的實力準備，正如袁世凱所說，「就我現在情事而論，不得不謹守局外，然公法局外之例，以遣兵防邊，不許客兵借境為要義。防之不力，守局立隳，不但人之潰卒，我之土匪，必須認真防堵，而兩大勾兵，逼處堂奧，變幻叵測，亦不得不預籌地步」。他在給清廷提出的局外中立國所負責任要點中有這樣一條：「局外者，不得允戰國借境攻敵，如無力阻止，亦為背局外之責，敵國即可引兵入境，自行抵禦。」袁世凱將北洋新軍開赴戰區，嚴守中立區域，密切注視著戰局的發展變化。不過清政府的中立，是有著原則性的前提條件並向各國嚴正聲明的，即「東三省疆土權力，無論兩國勝負，仍皈中國自主，不得佔據」。

　　這裡還有一個問題需要說明，即清末袁世凱對日本的認識問題。袁世凱在任職於朝鮮12年的主要使命，即秉承李鴻章和清廷的意旨，維護中、朝傳統宗藩關係，抵制日本和其他列強向朝鮮的滲透。袁世凱在完成這一使命時有得有失，但總體上說他對日本是有著一定認識的，對日本的抵制是非常明顯的。1882年，袁世凱參加了平定朝鮮「壬午兵變」的軍事行動。

　　1884年，袁世凱又親自指揮中國軍隊平定了「甲申政變」，粉碎了日本扶持開化黨顛覆政府脫離中國的企圖。正因為如此，甲申事變後中、日兩國談判，日本代表提出要對袁世凱進行嚴懲。袁世凱在任職駐紮朝鮮總理交涉通商事宜大臣期間對朝鮮的積極經營，促使中朝貿易額激增，1885-1893年間竟增長了6倍多，而同一時期的日朝貿易額僅增長2倍。日本人驚呼，「我國商人與中國商人在朝鮮的競爭優勢已失，朝鮮大量的商業利益從我國商人手中轉向中國」。這對野心勃勃要侵佔朝鮮的日本來說是決不甘心的，終於在1894年發動侵朝侵華的中日戰爭，打敗中國，吞併朝鮮。而袁世凱由於對日本侵略的抵制和對中國權益的維護而被日本視為仇敵，日本政府「以執政親中國，疑朝鮮拒日，皆中國駐朝總辦袁世凱所為，殊怨袁」，對袁世凱「憾之刺骨，百般排陷之」。

　　然而，日本是不以佔領朝鮮為滿足的，下一步的目標就是侵佔中國，而侵佔中國首先要佔領中國東北。早在1890年，日本內閣總理山縣有朋就拋出《外交政略論》，提出主權線和利益線的新概念，「何謂主權線，即國家的疆土是也;何謂利益線，即與我國主權線安危相系的相關地區」;「我國利益線的焦點有三，即朝鮮、西伯利亞鐵道和中央亞細亞是也」。侵略中國和朝鮮是日本明治維新以後對外擴張的既定目標，山縣把朝鮮和中國作為日本利益線的焦點，只不過進一步確認日本政府的國策而已。沙俄利用八國聯軍侵華期間單獨出兵中國東北，與日本向這一地區的擴張是相牴觸的，日俄矛盾激化，最終導致日俄戰爭的爆發。

　　日俄戰爭期間，清政府保持中立，而實際上無論是政府官員還是一般百姓，鑒於沙俄對東北的侵佔和不按期撤兵，是傾向日本一邊的。正如吳玉章所說：「人們對沙俄的痛恨，還把同情寄予日本方面，聽到日本方面打了勝仗，大家都很高興。」王芸生也曾說過同樣的話：「中國久受俄人凌虐，故當日俄戰爭期中，一般皆懷兄弟急難之義，雖雲中立，在精神上和物質上均為日本之助。」作為政府官員的袁世凱也是這樣，他表面中立，實則偏向日本，而且還為日本提供一些人員方面的支持，如派吳佩孚與日本情報人員一起，深入東北地區，為日本收集情報等。加上他這一時期在北洋以日本為榜樣，大力推行新政，聘請了一大批日本軍事、警政、教育等方面的人員為教官和教習，對日本表示友好，因此一些日本人把他作為親日派來看待，「那麼就有這樣一個結論，袁世凱被劃入親日派的巨頭之中」。「日本外交官和軍人都把他視為獨一無二的朋友」，「在當今中國沒有比袁更高明的人才，中國政府今後必定歸他掌管，因此，現在如擁護他的立場，他則必定感恩戴德，更加採取親日主義」。而實際上，袁世凱是一個非常講求實際的實用主義者，在1898-1907年間所謂的中日關係「黃金十年」的大環境中，他有親日的傾向是很正常的。但袁世凱決不是一個親日派，當時是一個具有一定民族情感的官僚，日俄戰爭之後他對東北主權的維護和對日本侵略的抵制就是很好的說明。

　　日俄戰爭以日勝俄敗而告結束。戰爭一結束，袁世凱就迅速做出反應，立即派軍隊和行政官員接受地面，恢復行使中國主權。他說：「日俄方分期撤兵，清理地面為目下第一要義，而已撤之區，必須以全力保其治安，方免叢生枝節。惟日人新勝甚驕，狡計孔多，又須審慎詳籌，方能有濟。」袁世凱奏調張勳率北洋巡防淮軍10營開進東北，以接收地面。他在奏陳中說：「東三省日本軍隊已撤地方，照約應由中國酌派軍隊，以資治安。現奉天北路日軍次第撤退，業經臣商明盛京將軍趙爾巽，派正任四川建昌鎮總兵張勳，督率所統淮軍馬隊馳往，駐紮昌圖府一帶。」在日本阻止中國軍隊一時還不能進入東北的情況下，「是遣陸軍入其界內，恐一時尚辦不到，日人之作梗如此」。袁世凱主張採取靈活變通的辦法，將軍隊秘密派往。他的辦法是：「擬在陸軍內隨時密□，將弁頭目零星改裝前往，再由關內招募壯丁，只雜入赴東苦工內陸續東行，先成一二營至五六營，編伍訓練，或托名巡警，或托名巡防，如日軍不生阻擾，便可竭加增添，倘其猜疑作梗，再另行籌商。」袁世凱還認為，為保證此項辦法得以實施，必須嚴守秘密，暗自操作，即不必請示清廷，「此為相機試辦之法，只無確切把握，暫不必具折奏明。只不必多用文牘，恐有洩露，重生阻力」。袁世凱採取非常的手段收復東北主權，而且為了減少麻煩，嚴守秘密，不向清廷匯報，只求收復失地的效果，這種行為是無可厚非的。像袁世凱這樣積極收復東北主權，當時在滿漢官員中是不多見的。

　　日俄戰爭之後，1906年11月7日，中日兩國在北京會商，實際上是確認沙俄轉讓給日本在「南滿」的權益。中方的談判代表為：全權代表軍機大臣兼總理外務大臣慶親王奕匡，軍機大臣兼署外務部尚書瞿鴻禨，直隸總督兼北洋大臣袁世凱。隨員為署理外務部右侍郎唐紹儀、商部右參議楊士琦、外務部右丞鄒嘉來、翰林院檢討金邦平、商部主事曹汝霖。談判伊始，奕匡就以年老事冗為詞而離席，在以後的談判中多請病假。瞿鴻則很少發言，中方談判的全權代表實際上為袁世凱。談判的大局是確認日本從俄國轉來的中國「南滿」權益，這是任何人也扭轉不了的。但袁世凱等在談判中，在承認日本獲取權益的同時，極力限制和防止日本在東北權益的擴張。談判伊始，日本代表先發制人，拿出一個十一條大綱作為談判的基礎。這個十一條大綱，除第1條日、俄軍隊撤出後由中國在該地方佈置行政機關以維持地方秩序，第11條「滿韓」交界陸路通商彼此應按照待最優國之例辦理，第6條中國承認俄國轉讓給日本的「南滿」利益外，其餘8條或是對中國主權的干涉，或是對中國權益新的掠奪。

　　對中國主權干涉的如第2條，「妥實保護外國僑寓商民之命產為宗旨，應將東三省向來所施治政即行從事改善」;第4條，「中國政府無論如何措辭，非經日本國應允，不得將東三省地土讓給別國或允其佔領」;第5條，要求中國在東三省16處開埠通商。掠奪中國新權益的有：第3條，中國政府在東三省各地方保護在日俄戰爭中陣亡的日軍將士的墳塋以及立有忠魂碑之地;第7條，鐵路經營權，中國政府應允戰爭期間日本非法修築的由安東至奉天省城、奉天省城至新民屯的鐵路仍由日本政府繼續經營;第8條，森林砍伐權，中國政府將與朝鮮交界的中國鴨綠江沿岸的森林砍伐權讓與日本;第9條，內河航行權，中國政府允許各國船隻在遼河、鴨綠江、松花江以及各該支流任便駛行;第10條，漁業權問題，中國政府允將奉天省沿海漁業權讓日本臣民。

　　對日本干涉中國主權及對中國權益的掠奪，中國代表除第3條、第6條、第11條外或極力駁斥要求刪去，或給予種種限制。如第2條，中國代表認為有日本干涉內政之意，應刪去;第4條有礙中國主權應刪去;第5條東北開埠通商問題，中國代表修改為由中國自行宣佈為自開商埠，中國自定開埠章程;第8條，關於森林採伐權，中國代表進行限制，修正為：中國政府允許設一合辦木植公司，應行劃定採伐地界至地段廣狹年限多寡;第9條，內河航行權問題，中國代表修正為「在指定開設商埠地方均可照內港行船章程辦理」;第10條，漁業權問題，中國代表認為該地方人民以漁業為生，如讓與日本則使他們無以生計，因此應該刪去。

　　除此之外，中國代表還向日本方面提出了七項要求，即：第一項，要求日本軍隊從速撤離，「應請日本國政府將現駐紮軍隊從速撤退，自日俄定約之日起，除旅大租界外於十二個月內一律全撤」。至於保護鐵路之兵隊，「由中國政府特選精銳分段駐紮巡護」。第二項，退還或賠償侵佔中國的公私財產，「中國政府為尊重主權起見，應請日本國政府將因變亂或軍事，所有日本官民強佔擅管中國各項公私權利產業地方，均即退出交還。若系有意損壞強取擅用公私財產，應有兩國委員會會同查明，分別補還，以昭公允」。第三項，在日本軍隊尚未撤完之時，中國方面得以酌派軍隊駐紮，以彈壓地方，防剿土匪。第四項，所有奉省所屬鐵路之礦產，無論已開未開，均應妥定公允詳細章程，以便彼此遵守。第五項，「所有奉省已開辦商埠暨難允開埠尚未開辦各地方，其劃定租界各辦法，應有中國官員另行妥商釐定」。第六項，恢復中國營口主權，「營口向駐之中國官應立即飭令赴任視事，所有事權一如未經佔據以前完全無缺」。第七項，交收奉天稅捐，「日本國軍官前代收奉天稅捐等項，應即交還該地方官，以備地方善後之需」。

　　由此可見，中國代表並非被動地接受日本方面提出的條件，而是極力維護中國主權和阻止日本對中國的進一步掠奪，並向日本提出我國的正當要求。

　　談判從1906年11月7日起，到12月22日簽約，共持續了一個半月，會議進行了22次，簽訂了《中日會議東三省事宜》正約三款和附約十二款。正約三款實際上是中國政府承認日俄《樸斯茅茨條約》中關於沙俄轉讓給日本在「南滿」的利益，這是中日談判的主旨。附約十二款實際上是中日雙方互相妥協的產物。在中國代表的鬥爭、妥協下，日本新的侵略要求得以部分實現。對照日方第一次會議提出的十一條要求，除第三款、第六款、第十一款為中國政府接受外，其餘的或刪去，或做了修正。日本方面從附約中取得的新權益主要是：第八款，「中國政府允南滿洲鐵路所需各項材料，應豁免一切稅捐釐金」;第十款，即森林砍伐權，「中國政府允許設一中日木植公司，在鴨綠江右岸地方採伐木植，至該地段廣狹年限多寡暨公司如何設立並一切合辦章程，應另訂詳細合同」。日本原十一條方案中的第五條、第七條，經過中方的努力，做了修正：第五條是開埠通商問題，日俄軍隊撤離東北後，東北16處地方由「中國自行開埠通商」;第七條即非法修築的鐵路繼續經營問題，體現在附約第六款中，「中國政府允將由安東縣至奉天省城所築造之行軍鐵路，仍由日本國政府接續經管，改為轉運各國工商貨物。自此路改良竣工之日起，以十五年為期，即至光緒四十九年止，屆期彼此公請一他國公估人，按該路建制各物件估價售與中國。未售以前，准由中國政府運送兵丁餉械，可按東省鐵路章程辦理」。

　　對中國代表提出的要求，日本方面也不得不部分接受。如附約第三款，恢復行使中國主權問題，「日本軍隊撤畢，則中國政府可得在各該地方酌派軍隊以維護地方治安。日本軍隊未撤退地方，倘有土匪擾害閭閻，中國地方官亦得以派相當兵隊前往剿捕，但不得進距日本駐兵界限二十華里以內」;第四款，退還佔有中國公私產業問題，「日本國政府允因軍務上所必需，曾經在滿洲地方佔領或佔用之中國公私各產業，在撤兵時悉還中國官民接受其屬，無需備用者，即在撤兵以前亦可交還」;對於中國要求日本撤退護路兵的要求，日本百般狡辯，提出前提條件，附約第二款「如俄國允將護路兵撤退，或中俄兩國另有商訂妥善辦法，日本政府允即一律照辦……」

　　實際上是不撤退其護路兵，這就為其將一部分軍隊留在東北找到了合法的依據。總之，中日關於東三省的談判鬥爭是相當激烈的，以袁世凱為首的中國代表為恢復行使我國在東北的主權，抵制日本的進一步掠奪做出了一定努力。但在當時的歷史條件下，在日本以戰勝國和「示恩」於中國的姿態與中國談判的前提下，雖然中國代表竭盡全力，但僅通過外交談判不可能完全制止日本對中國進一步掠奪。

　　關於中日談判的情況，參與談判的曹汝霖後來回憶說：「後商旅大租借權問題，袁全權說，應將俄國已享之年限扣除，為日本繼承之年限。小村(日本外務大臣小村壽太郎——引者)略有辯論，即同意袁全權的意見……後袁全權提議鐵路附屬地，日本人經商應有範圍，駐兵應有限制。駐兵目的為護路，不能隨時增加。小村謂雖為護路之用，亦有保護僑民之任務，故不能加以限制。袁全權謂保護日本僑民，中國同負責任，何必多派兵……」

　　對於袁世凱在談判會議中極力維護中國主權的主張和行為，日本方面大為不滿。會後，小村對曹汝霖說：「此次我抱有極大希望而來，故會議時極力讓步，我以為袁宮保必有遠大見識眼光，對於中日會議後，本想與他作進一步討論兩國聯合對抗俄國之事，不意袁宮保過於保守，會議時咬文嚼字，斤斤計較，徒費光陰，不從大處著想。」

　　從日本人的反應來看，袁世凱在談判中確實為維護中國權益使之少受侵奪做了努力。曹汝霖的回憶，與《清光緒朝中日交涉史料》、《清季外交史料》所載會議記錄是一致的，因此是可信的。

　　儘管袁世凱在中日談判中極力維護中國權益，使之少受損失，將日本的權益限制在一定的範圍之內，但日本從來是不講信用的，條約對其的約束力是有限的。尤其是日本以打敗俄國後以「示恩」於中國自居，對中國步步進逼。不久日本又與俄國和解，日、俄協調一致，共謀侵奪我東北權益，引發東北危機、中華民族危機。關於東北危機的情形，如後來徐世昌等在考察東北的上奏中所說：「東三省比歲以來，疊遭變故，創巨痛深，為二百餘年所未有。」「自日、俄戰定，兩強勢力分佈南北，一以哈爾濱為中心，一以旅順大連灣為根據，囊括席捲，視同固有。名為中國領土，實則幾無我國容足之地。且其開拓展佈，有進無退。恐不數年間，而西則蔓延蒙古，南則逼處京畿，均在意計之內。蓋根本既定，則以高屋建瓴之勢，破竹而下，固地理形勝有以使之然也。事實至此，猶不亟圖挽回之術，則此後大局益將無可措手。」