古巴飛彈危機期間的美國參聯會成員，右二為因抗命行為而被放逐當大使的海軍作戰部長安德森。 

　　1962年的古巴飛彈危機令美國和蘇聯陷入核戰爭邊緣，幾十年來，有關這一事件經過的描述眾多，以至於很多人都對它耳熟能詳。不過，最近一些新檔案的披露，讓我們瞭解到很多意想不到的內幕，比如10月16日解密的五角大樓文件顯示，在古巴飛彈危機期間，甚至外界所認為的危機結束（10月28日）之後，美國軍方高級將領一直沒有放棄施壓總統甘迺迪出兵古巴。
　　
　　檔案顯示，1962年11月2日，參謀長聯席會議（簡稱參聯會）主席馬克斯韋爾·泰勒上將撰寫了一份備忘錄給甘迺迪，表明在沒有戰術核武器投入使用的情況下，美軍入侵古巴的計畫「恰當、可行」。如果古巴人選擇「蠻幹」，即使用核武器打擊入侵部隊，美軍將立即動用具有壓倒優勢的核力量打擊其「軍事目標」，這些「軍事目標」主要集中在古巴西部。
　　
　　泰勒的備忘錄表明，即使蘇聯領導人赫魯曉夫數天前已宣佈從古巴撤走彈道飛彈，美軍高級將領仍在敦促發起入侵行動。美國軍方當時估計，入侵行動的頭10天，美軍會有約1.85萬人的傷亡，如果接著爆發核戰，傷亡難以評估。美國聯合戰略調查委員會質疑蘇聯是否會為保衛古巴而捲入一場全面戰爭，認為蘇軍無法成功發起一場突襲，而且蘇聯在美洲不具有切身利益。不過，甘迺迪最終沒有採納入侵方案。 

美國《基督教科學箴言報》10月16日也披露稱，危機之初，五角大樓的參聯會堅決認為，對古巴發起一場先發制人的外科手術式打擊是回應蘇聯做法的唯一方式。國防部長麥克納馬拉則提出，由美國海軍對古巴實施「隔離」。參聯會對此很不滿。甘迺迪總統的弟弟羅伯特在回憶錄中說，參聯會成員一致要求立即採取軍事行動，他們強有力地提出自己的觀點，強調封鎖是無效的。尤其是空軍參謀長柯蒂斯·李梅上將同甘迺迪激烈爭辯，堅稱軍事攻擊絕對必要。李梅在危機結束後曾說，和平解決是「我國歷史上最大的失敗」。回憶錄中還提到，國務院準備了一份緊急方案，入侵和佔領古巴之後，在該國建立一個文官政府。
　　
　　報道還稱，羅伯特在同蘇聯人談判時警告說，如果他哥哥什麼都不做，五角大樓的那些人會採取行動———有可能是一場軍事政變。在古巴飛彈危機過後，麥克納馬拉對甘迺迪總統說：「我們需要替換李梅和喬治·安德森上將（海軍作戰部長），這兩人都抗命不遵，我們需要就此發出明確的信息。」甘迺迪告訴麥克納馬拉，出於政治考慮，他只能公開懲罰其中一個人。麥克納馬拉選了安德森，稍後，甘迺迪提名他為駐葡萄牙大使。有分析稱，麥克納馬拉視安德森的舉動為叛變，很多人認為，如果不是遭到放逐，安德森原本有望升任參聯會主席。
　　
　　此外，據美國《外交政策》網站報道，1962年11月22日蘇聯部長會議副主席米高揚同古巴領導人卡斯特羅的緊張會談細節最近首次公開，有關內容顯示，由於那場危機，古巴原本會成為拉美首個核國家。報道稱，10月28日，赫魯曉夫宣佈從古巴撤走中程核飛彈，2天後，甘迺迪宣佈解除對古巴周邊的「隔離」。但美國人不知道的是，蘇聯在古巴還有約100枚戰術核武器，包括6枚伊爾-28轟炸機使用的核彈。蘇聯檔案顯示，蘇方原打算訓練古巴人使用這些核武器。
　　
　　但當時卡斯特羅對於蘇聯繞過他與美國秘密達成妥協感到憤怒，他也不贊同協議中所規定的在古巴的任何核查。於是，蘇聯方面派出了米高揚，他於11月2日抵達古巴，接下來20天內與卡斯特羅進行了艱難會談。通過會談，米高揚意識到，如果危險的戰術核武器留在古巴，可能造成很大風險。卡斯特羅11月20日向古巴駐聯合國代表發出的一個指令提到，「我們擁有戰術核武器，我們應該保留那些武器」。
　　
　　11月22日的最後會談讓卡斯特羅很失望。米高揚稱，蘇聯並不是因美國的壓力才撤走所有武器，而是因為伊爾-28轟炸機已經落伍，它的最佳用途只是充當靶機。卡斯特羅情緒變得激動，他反駁說：「那你們為什麼還要把它們送到這邊來？」最後，卡斯特羅再三表示希望米高揚將戰術核彈頭留在古巴，但米高揚拒絕了。《外交政策》評論稱，如果古巴甘願充當蘇聯的小卒，或許能保留戰術核武器，但古巴人表現出了過強的獨立性。
　　
　　另據德國聯邦情報局最新解密的文件，1962年古巴飛彈危機高潮期間，古巴領導人卡斯特羅曾招募兩名前納粹黨衛軍軍官，來幫助訓練古巴軍隊。不僅如此，卡斯特羅還試圖招募前納粹國防軍傘兵和技術人員，他還與德國極右翼中間人聯繫，想購買比利時製造的武器。