李自成遇難湖北通山縣九宮山，在前幾年召開的全國李自成學術討論會上就已被專家們所確認。但是，李自成究竟是怎樣死的，卻一直有爭論。《明史·李自成傳》也無法搞清其殉難經過。近年來，李自成殉難經過有以下幾種說法：

　　自縊說

　　自縊者自盡也，自己上吊而死。其根據是清軍統帥阿濟格向朝廷的奏報，奏報中說：「……自成竄走時，攜隨身步卒僅二十人，為村民所困，不得脫，遂自縊死。」但是後人認為，李自成久經沙場，果敢堅強，絕無自殺之可能。而且阿濟格的說法，並非親眼所見，故真實性甚低。

　　戰死說

　　《通山縣志》中的記載為：「九伯聚眾殺賊首於小源口」;而《程氏宗譜》卻是這樣記載的：「剿闖賊李延於牛跡嶺下」;沒有一個地方明確指出，程九伯的確殺死了李自成，而只是說殺死了李延。那麼李延又究竟是誰?李延和李自成又可能是什麼關係?他們會不會是同一個人呢?然而，在查閱了《米脂縣志》《延安府志》等李自成家鄉的史料後，發現記載李自成乳名和名字說法很多，卻唯獨沒有延字。

　　誤死說

　　誤死即誤傷致死。清初吳偉業《綏寇紀略》中說：李自成率二十騎到九宮山，他讓將士留在山下，自己上山拜謁元帝廟。當地村民「疑以為劫盜」，在李自成跪拜元帝像時，被村民在身後用荷鍤擊傷頭部，李自成當即昏倒「不能起」。這時村民一擁而上，「碎其首」而亡。村民搜其錢物時，發現「金印」，方知道殺錯了人，「大駭，從山後逃去」。

　　搏鬥死說

　　康熙年間費密撰寫的《荒書》中說：「李自成率十八騎，由通山過九宮山嶺」時，山民「聞有賊至，群登山擊石，將十八騎打敗。」李自成一人和山民程九伯赤手搏鬥，程九伯不是對手，被李自成摔倒在地，並騎在程九伯身上，「抽刀欲殺之」。但刀被血漬又滲人泥漿;一時沒拔出。正在這時，程九伯外甥金某，從背後以鏟猛擊李自成頭部，即刻而亡。

　　夾山寺禪隱說

　　觀點：1981年，湖南石門夾山寺發現一座古墓，考古人員發現墓主人奉天玉和尚違背僧規，按俗禮下葬，而葬俗又與本地葬俗不同，最後通過種種物證認為奉天玉和尚很可能便是李自成。但疑點十分明顯：在奉天玉夾山出家的歷史中，奉天玉和尚與當地官員交往密切，而李自成「陝北口音，四十歲多一點，一隻眼睛瞎了」的相貌特徵相當明顯，很容易暴露身份，這顯然與他的身份有些不符。

　　青城歸隱說

　　李自成親族提出的觀點：在青城鎮葦茨灣村李文生家發現了一本抄修於康熙三年(1664年)的《李氏家譜》。經過考察研究，得出全新結論，李自成兵敗後，化裝為和尚投靠其在榆中青城的叔父李斌，晚年的李自成就生活在附近的深山大溝裡，並葬於龍頭堡子山下