抗戰中期，賀耀祖曾在蔣介石的國民黨軍事委員會委員長侍從室擔任要職，就在他擔任侍從室第一處主任時，曾發生過一件蔣介石錯批兩份報告的事情，險些造成一起不小的冤案。

　　蔣介石平日裡經常向部屬吹噓自己有超人的記憶力，每次侍從室呈送來的報告和文件，看完之後往往要等他休息夠了再作批示。有一次，蔣介石上午看完報告，午睡後立即批了兩份交賀耀祖辦理，賀接過一看頓時傻了眼。原來，一份是請示懲辦一個官員的報告，一份是侍從室一位親隨人員請批婚假的報告。誰知這個自詡記憶力驚人的蔣介石，竟來了個張冠李戴、陰陽顛倒：在請示懲處意見上批道「准假一星期」，而在請示婚假的報告上卻批了 「執行槍決」幾個字。賀耀祖再仔細一看報告內容，那個該懲處的人，按國民黨的刑法也不至於判處死罪。

　　但是，賀耀祖深知蔣介石是個剛愎自用、聽不進反對意見的人，如果馬上去找他，只會自討沒趣，甚至招來麻煩。可照著批示去辦吧，白己良心上又有點過不去。於是只好找了個理由失將請假結婚的人暫時送到軍法處關押起來，以便日後相機行事。

　　過了幾天，蔣介石傳賀耀祖交辦公事，賀耀祖一看蔣此刻心情高興，便把兩份報告呈上，請他過目，並小心翼翼地闡述了自己的看法。蔣介石看到自己錯得實在太離譜，怕惹出笑話，影響自己的威信，於是立即下令釋放那位未入洞房先進了牢房的親隨;而那個該判罪的官員也因此免了死刑。

　　蔣介石批閱公文還留下了一些趣聞。抗戰勝利後，有部屬呈上《抗戰勝利之建軍計畫》一文。蔣先生看到這洋洋數萬言、內容冗長的文章，在附件上提筆批道：「我非字紙簍。」

　　又有一次，某部長要送文呈蔣先生，因時間緊，來不及在公文上簽名，只蓋上自己私章。私章是用「鐘鼎文」刻寫的，其形狀好像一條魚，蔣先生端詳半天，竟認不出是什麼名字。於是，他只好在圖章上寫了這麼一句：「我非考古家」以引起注意。