永樂十九年舊歷四月的一天深夜，北京城突然風雨大作，夾雜著陣陣驚雷。新修成的奉天、華蓋、謹身三大殿因雷擊起火，化為灰燼。
朱棣心中頓時升起不祥之感。在科學尚不發達的古代，天人合一這一哲學命題，被強調到絕對的地步。地震、災害、雷擊等等自然現象，都被看成是執政者的失誤而帶來的。「上天示警」是一個嚴重的問題。它的嚴重性在於：第一，只有統治者出了問題，老天爺才會震怒。所謂「天怒人怨」，便是這個道理。第二，統治者並不知道自己的失誤在哪裡，這就需要有智慧的人站出來為其指點迷津。鑒於此，朱棣立刻下詔求言。也就是說，他希望朝野明智之士為他找出雷擊三大殿的原因。
很快，禮部主事蕭儀的奏本送到御前。這位六品官員（相當於今天的司局級）認為：三大殿遭受雷擊是因為遷都的緣故。把國都從南京遷來北京，不但諸事不便，就連大明的皇脈也撂在江南。這是大不敬的事。
朱棣看過奏本，震怒異常，他認為蕭儀把遷都與雷擊三大殿聯繫起來，完全是蓄意誹謗。因此他幾乎在第一時間內就作出了決定：命令錦衣衛將蕭儀抓進北鎮撫司大牢，不作任何審訊，就以「謗君之罪」處以極刑。
事情還沒有完，蕭儀的觀點在官員中仍有不少市場。同情他的官員多半是科道言官。科指六科，道指十三道。六科是對應吏、戶、禮、兵、刑、工六部成立的，是稽查六部的監察部門。六科編製是四十人，每科的負責人稱為都給事中，正七品。餘者都稱為給事中，正八品。十三道是對應全國各省，當時全國只有十三個省。十三道御史統歸都察院管轄，御史的官階同給事中差不多。兩個衙門類似於今天的監察部和審計署，級別卻要低得多。比之於今天，科道言官的級別也僅僅是縣處級而已。但科道言官的權力很大，在明代，位居二品的六部尚書遭言官彈劾而受到懲處的不勝枚舉。
明代的官場，有兩種經歷的人陞官比較容易。一是在翰林院呆過，二是當過科道言官。由翰林院而入內閣當輔臣，由言官而晉陞為封疆大吏或方面重臣。
科道言官，一般都從年輕官員中選拔，這些人初涉仕途，尚不致沾染太多的官場惡習，擔任言官敢於彈劾不法權貴，因此歷代皇帝對言官頗為倚重。
但這次恰恰相反，對朱棣的遷都持異議的，多半是言官，而部院大臣都是堅定的遷都派。這是因為朱棣從侄兒建文帝手中奪取皇位後，對建文帝時的朝廷大臣作了一次徹底的清洗。經過二十餘年的篩選過濾，現在的部院大臣，大部分都是「靖難功臣」，他們也都成為南方士族的仇人，因此利益上與朱棣是一致的。
言官們都很年輕，與朱棣的「靖難」無關，因此他們更多的是就事論事，認為皇上「輕去金陵，有傷國體」。朱棣對這些言官非常惱火，但不能像對待蕭儀那樣，一概殺之。他於是心血來潮想出一個辦法，讓這些科道言官與部院大臣一起到午門外跪下對辯。遷都究竟好不好，讓雙方各抒己見。
當其時，正是「清明時節雨紛紛」的時候，午門外的廣場上，言官與大臣分跪兩邊，個個都淋得落湯雞似的，但誰也不覺得尷尬，也不覺得侮辱。他們爭論得面紅耳赤，一天沒有結果。朱棣讓他們第二天再來午門下跪辯論。雨還在不緊不慢地下著，朱棣在城樓上不慍不火地看著。官員們冒雨下跪，不依不饒地爭論著。這場景看起來有點滑稽，然而中國的中世紀的政治，便是在這種滑稽中有條不紊地進行著。
朱元璋於1368年創立大明王朝，雖然定都南京，但似乎從一開始，朱元璋就覺得南京不是很合適。因為它偏安江南，對控制遼闊的北方十分不利。洪武元年，朱元璋下了一個詔書，言道：「江左開基，立四海永清之本；中原圖治，廣一視同仁之心。其以金陵、大梁為南、北京。」大梁即今天的開封。朱元璋出於戰略考慮，提出設南、北兩個都城。還有一說就是襲漢唐的舊制，將長安（今西安）列為都城。朱元璋覺得自己年事已高，完成不了首都北遷的任務，便將希望寄托在懿文太子身上。誰知懿文太子早夭，定都關中的計畫落空。方孝孺的《懿文皇太子輓詩》寫道：「相宅圖方獻，還宮疾遽侵……關中諸父老，猶望翠華臨。」講的就是太子曾去西安做遷都前期籌備工作的事。
自秦開始，中國歷朝的首都，大都建在北方。宋之前，長安、洛陽、開封都曾做過都城。其中以長安的時間最長。南方如金陵、杭州、揚州等處，亦曾做過都城。奇怪的是，在南方建都的王朝，大都短命。而都於北方者，大都國祚長久。這皆因在漫長的歷史中，以農耕文化為主的漢文明，始終受到北方少數民族遊牧文化的衝擊。在冷兵器時代，漢人的溫文爾雅怎抵擋得住「胡人」的鐵馬金戈。建都北方，主要是為了抵禦異族的入侵。
朱元璋滅元之後，卻沒有將元大都也就是今天的北京直接定為首都，仍然選中金陵營造他的皇城。這大概是因為朱元璋出生淮右，而且骨子裡頭視「胡元」為異端，因此對元朝的都城從感情上厭惡。但是，從洪武二年起，他就對定都金陵產生了動搖。
朱元璋的遷都念頭，雖然從沒有打消過，但也從來沒有真正實行過。為解決西北和東北的異族入侵，他不是採取遷都北方就近指揮防禦的辦法，而是改用「封王」制，即把自己的兒子分封到北方各邊，擔負起剿撫夷狄的任務。關於這件事，鄭曉的《今言》有載：
國初都金陵。以西北胡戎之故，列鎮分封，似乎過制……今考廣寧遼王、大寧寧王、宣府谷王、大同代王、寧夏慶王、甘州肅王，皆得專制率師御虜。而長陵時在北平為燕王，尤英武。稍內則西安秦王、太原晉王，亦時時出兵，與諸藩鎮將表裡防守。
北方，包括東北和西北，都有虜患。朱元璋於此分封九個兒子，統兵御虜。天下的軍權，多半都在自己的兒子們手上，所以，生性謹慎的鄭曉也微諷「似乎過制」。這九位親王，都曾經與虜敵交過手。但真正對穩定北方控制強虜起到決定性作用的，還是時為北平燕王的朱棣
朱棣是朱元璋的第四個兒子，在朱元璋的二十六個兒子中，他是最能幹的一個。北京之所以成為明朝的首都，清朝繼之，中華人民共和國又繼之，其發脈者，就是這個朱棣。
朱棣十一歲被封為燕王之後，朱元璋安排他同另外幾個未成年的藩王一道回到老家鳳陽讀了幾年書。他二十一歲就藩，所謂就藩，就是前往分封地居住。朱棣到了北平後，經常率兵從這裡出發，到東北或西北與「戎虜」作戰。多年的沙場生涯，培植了他君臨天下的胸襟。他的父親朱元璋駕崩之後，傳位於太孫朱允炆，是為建文帝。這位年輕人斯文儒雅，但缺乏謀略與膽氣。俗話說「秀才造反，三年不成」，秀才治國，同樣也會弄出紙上談兵的悲劇。因此，朱棣對侄兒登基後的所作所為，不但嗤之以鼻，而且深為不滿。傳說朱允炆即位的第一年冬天，朱棣在北平的燕王府邸大宴賓客，其時天寒地凍，朱棣出一上聯讓人對：「天寒地凍，水無一點不成冰。」在座的姚廣孝應聲而對：「國亂民愁，王不出頭誰是主。」這好比撓癢癢撓到了正處，一直有奪位之心的朱棣聽罷大喜，便暗地裡進行著奪位的準備。
不管怎麼說，朱棣奪位是為「篡」，情形與唐太宗李世民的「玄武門之變」差不多，但朱棣給自己篡位下的定義是「靖難」。那些跟著他從北平打到南京的將佐，個個都變成了靖難功臣。
朱棣奪位成功，改年號為永樂。在其執政期間，做了幾件大事。如派遣太監鄭和下西洋，編纂《永樂大典》等，還有一個最大的政績，便是遷都北京。
北京在唐代之前，一直屬於幽州。趙宋政權期間，遼國佔據燕雲十六州，北京在其內。經宋一朝，北京一直為少數民族的政權所控制。公元938年，也就是遼太宗會同二年，幽州改為南京，亦稱燕京。金與宋共同滅遼後，金佔據燕京，直到金海陵王貞元元年（1153）定都於此，改名中都。元世祖忽必烈先滅金，後滅宋，建立統一的元朝，分裂了數百餘年的國土再度統一。忽必烈再次更名為燕京，到了至元元年（1264）又恢復中都稱號。後來於此擴建皇城，改稱為元大都。
元朝國祚短暫，不到一百年，但對於北京的建設，卻是功不可沒。有一個叫劉秉忠的漢人，既當過和尚，也當過道士，還精通《周易》，因此得到忽必烈的信任。1256年，他受命在灤河上遊修建開平城。他在建城中顯露的才華深得忽必烈賞識。於是在1267年劉秉忠再次被任命為元大都的營繕官，即建城總指揮。1276年，元大都建成。這一年，南宋都城臨安（杭州）陷落，趙宋政權滅亡。
據張清常先生考證，劉秉忠並非純儒，又得蒙古族皇帝信任，所以他敢突破舊制，提出獨特的建城方案，當時民間都知道劉太保（秉忠）設計的章法是哪吒城。哪吒是佛教傳說中的護法神之一，又稱哪吒太子。劉秉忠把元大都設計成長方形。如果從高空俯瞰，會發現元大都形似三頭六臂雙足蹬著風火輪的哪吒形象。
洪武元年（1368）閏七月，元順帝棄元大都逃走。八月徐達攻入城中，改大都為北平府。永樂元年（1403），朱棣改北平府為北京。
朱棣遷都北京，有兩個原因。一個就是前面提到的，北方虜患不絕，建都在北京，便於就近制御。當然，西安、開封都可選擇，但朱棣在北京住了二十多年，對這裡有感情。而且，到了明朝，西北的少數民族如匈奴、回紇等都已式微，而東北地區的契丹、女真、韃靼都仍存在著騷擾中原的能力，對付東北的「虜患」，北京顯然比西安更具有地理優勢；第二，由於「靖難」之役，朱棣在南京殺人太多。建文帝的支持者，多半是江南士族，朱棣對他們大開殺戒，因此結怨於江南。再繼續呆在南京做皇帝，已經失去執政基礎。因此他從取得皇位的那一天起，就有了遷都的打算。
遷都並不是一件簡單的事情，一是北京經過元末的戰火，毀壞嚴重，重建皇城，並非朝夕之事；二是初登皇位，立刻提出遷都，會讓人誤會他「膽怯」，而不敢在南京皇宮內號令天下；第三是出於經濟上的考慮，北京定為首都，所需錢糧，還得仰仗江南，以當時的運輸條件，這也是個不易克服的困難。
不過，朱棣委實不喜歡南京，從永樂七年開始，他讓太子留在南京監國，自己時時跑到北京住下來。當時的情況是南京仍作為首都，而北京則成為行在。實際上，早在永樂四年，朱棣就開始了北京的建都工作。
據傳，明北京城及皇宮的設計者是姚廣孝。這個姚廣孝同元朝的劉秉忠一樣，也是和尚出身。所不同的是，姚廣孝到死也沒有還俗。
姚廣孝在元大都的基礎上，擴建和改建北京城。他沒有保持「哪吒城」，而是按儒家的觀點，把北京建成一座方城。而皇城（紫禁城）則在方城的正中央。
北京城的建設，整整進行了十五年。這期間，為配合遷都，朱棣做了兩件事，一是從江南各地向北京大量移民；二是疏浚運河，打通南北的運輸幹線。據記載，洪武三十年，通過海運由南輸往北方的糧賦只有七萬石，永樂六年，就增至六十五萬石。永樂十二年，由運河輸往北京的糧賦增至五十萬石，另還有四十萬石由海運輸入。到了十六年，由運河輸往北京的糧賦就已高達四百六十萬石。
當北京的財賦供給與人口都不成問題時，朱棣就發出遷都的詔令。北京不再是「行在」而變成了首都，南京則變成了留都。
遷都的正式實施是在永樂十九年（1421）正月。此前，朱棣封賞所有參與都城興建的人員，其中有一個蘇州匠人蒯祥，封為工部侍郎。如果說姚廣孝是明北京城的總設計師，這個蒯祥就是總工程師了，所以功勞很大。
遷都最初的幾年，圍繞該不該遷都的問題，一直爭論不斷。朱棣為了壓制反對派意見，殺過幾個人，包括前面提到的蕭儀。
自從蕭儀死後，朱棣再沒有為遷都的事殺過人了。這是因為那一次雨中跪辯，所有的部院大臣與科道言官都看清了朱棣的決心：遷都不容置疑，哪怕老天爺震怒，再雷劈十座奉天殿，朱棣也決不會把金鑾殿搬回到南京去。
永樂二十二年七月，朱棣死。他的兒子仁宗繼位。次年改元洪熙。仁宗同他的爺爺朱元璋一樣，喜歡南京，登基之後，他決定把首都再搬回南京。但剛有這個想法，他就死了，在位還不到一年。仁宗的兒子宣宗繼位，他是朱棣生前最喜歡的皇太孫。宣宗同朱棣一樣喜歡北京，於是更改父皇的旨意，作出了暫不遷都的決定。這個「暫」字是為了給父皇一個面子，其實宣宗壓根兒就不想遷都。
所以說，某一個地方的興衰，的確與政治家的決策有很大的關係。如內蒙古的呼和浩特市，該城是張居正執政期間，為開放邊境貿易而倡議修建的「板升」城；再說今天的深圳市，如果不是鄧小平倡導的改革，恐怕至今還是保安縣的一個小漁村。北京城的運氣非常好，一是碰到了忽必烈和朱棣這樣兩個皇帝，對它情有獨鍾；二是負責修城的劉秉忠與姚廣孝，都是非常有見地的設計師，沒有他們，北京城不可能有令世界矚目的帝京氣象。當然，仁宗的短命也是北京城作為首都得以存在的重要原因之一。如果他再活十年，北京城會是怎樣的命運，就很難說了。
