東渡日本，是黃宗羲生平行事中一段不可忽略的經歷。然而，由於黃宗羲在其傳世的著述中，對其東渡日本的緣由鮮有涉及，因此引起後人爭議，迄今仍懸而未決。
雍、乾間學者，黃宗羲的學術傳人全祖望最早提出黃宗羲東渡日本“乞師說”。南明魯監國政權臨近覆亡之時，曾數次遣使日本，乞師求援，全祖望認為黃氏參與其中一次“乞師”之行：“是年（順治六年），監國由健逃至翁洲，復召公（黃宗羲）副馮公京第乞師日本，抵長崎，不得請，公為賦《式微》之章以感將士”。（《鮚埼亭集》卷十一《梨洲先生神道碑文》）
近世學者梁啟超則持“避仇說”。梁氏考訂黃宗羲東渡日本的時間在順治元年。這一年，南明弘光政權在南京建立，阮大鋮重新得勢，便重修舊怨，大肆報復復社人士發佈《南都防亂公揭》事。由於黃氏在《公揭》上名列第二，所以必然要遭阮之迫害。這就出現“避仇”日本之舉（見《飲冰室文集》之四十《黃梨洲朱舜水乞師日本辨》）。
當代一些學者認為，黃宗羲日本之行確為“乞師”。第一，黃宗羲本人之著述中雖無明確記載是否參與日本“乞師”之行，但從其《避地賦》和《日本乞師記》中仍可找出不少證據。《避地賦》敘述他渡日本的路線、情景和感想。談到由於日本當時“銷兵忘戰”，“粉飾隆平”，“風俗侈汰”，而致使東行毫無成果，不得不“返旆西行”。《日本乞師記》也談到，日本“承平久矣”，“多忘武備，豈肯渡海為人復仇”。這說明黃宗羲日本之行是為乞師復仇，而非“避仇亡命”，只不過是未達到預定的目的。第二，黃宗羲力主“乞師”。魯監國政權“乞師”之舉，當時曾引起異議，兵部尚書余煌指責此乃“為吳三桂乞師之續”，黃氏等人則斥余之見為“書生之見”。他說：“盡忠義士，苦思窮計，俱出於萬不得已，若徒以利害相權如余煌者，真書生之見也。”（《行朝錄》卷八《日本乞師記》）正惟黃宗羲主“乞師”，加以他抗清復明之決心，在廷堂之上錐擊仇人和發佈討阮《公揭》那種遇事敢作敢為的性格，以及從亡國臣的身份，是完全可能應召或主動請求東行乞師的。第三，除經全祖望“始考得之”的史料外，尚有不少明清文獻可證黃氏參與“乞師”。如與黃氏同時代的浙東人周容所撰《浮光杯記》、與黃氏同時代的浙東人周容在為抗清營壘中的密友高宇泰所撰《雪交亭正氣錄》中，所記乞師日本的某些事，與黃氏《日本乞師記》所記略同。此外，還有被史學界公認具有較高史料價值的《海東逸事》（明末遺民翁洲老民）、《魯之春秋》（李聿求），《國朝漢學師承記》（江藩）、《國朝先正事略》（李元度）等均載有黃宗羲與兵部侍郎馮京第“乞師”日本之事。至於黃所遺著述中為何無參與“乞師”的明確記載，學者一般認可黃氏裔孫黃炳垕的揣測：“抑其時忌諱甚嚴，欲使起軍、從亡、乞師諸大案泯沒其跡，以避無妄之災耶？”（《遺獻梨洲公年譜敘》）
另有部分學者則認為，黃宗羲有“避仇”日本之行而決無“乞師”日本之舉。梁啟超曾反駁全祖望的“己丑（順治六年）乞師說”，指出當時魯政權為武將把持，黃氏深感抗清之志難伸，遂於順治六年秋以清廷要“錄其家口“為由憤然出走，潛歸故里，黃氏既已作出這樣的抉擇，何以時隔不足兩月，卻又返向舟山奉使日本？這在情理上講不通。如此輕於去就，觀黃氏一生行事也全然不符。因此全氏所斷言的這一年黃宗羲日本”乞師“是不可信的。不少學者認同梁氏的分析，並指出全氏之考辨有不少難以自圓之處。如全氏據以判定黃之東渡日本時間的”馮京第兩度乞師日本“之說，雖屢見於他的《梨洲先生神道碑文》、《馮京第墓碑》及《浮光杯詩注》等文，但未見他指出立說的史料來源。而且同書與《張蒼水年譜》述及馮京第東渡日本之事，卻僅有順治四年一次，而無順治六年二度乞師之行。因此，在未找到確鑿依據之前，不能輕信全氏”乞師說“。而較為可信的正是黃氏本人所作的《避地賦》。因該賦敘述的是黃宗羲現存遺著中唯一涉及自己東行日本的文字。賦中對”避仇“的時間（被阮大鋮斥為黨人之時）和原因（阮大鋮緝捕《公揭》簽名者），為避黨禍的交待是比較明確的。如賦中所云：”遂狺狺罵為黨人兮，禍復叢夫俊及。……我亦何罪何辜兮，竊獨罹此橫流“。再從該賦寫作的背景來看。此賦大約作於康熙十三四年間（1674—1675年），當時，正值三藩亂起，波及浙江。為避兵禍，黃氏奉母轉徙四方。撫今追昔而作此賦，對入清以來的30餘年間自己的避地生涯作了如實的書寫。昔之避黨禍，此時避干戈，今昔之事相聯繫，正說明當年東行日本”避仇“之事是肯定無疑的。
“乞師”與“避仇”兩說孰是，至今未有定論，另有學者對兩說均持“存疑”態度（如謝國楨之《黃梨洲學譜》和一些日本學者），更是加深了人們的疑惑。看來解此懸案，殊為不易。
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