明朝嘉靖年間，倭寇在沿海發難，朝廷官兵一時兵力不夠用，於是征發地方的土司官兵參加平倭戰役，支援倭患最嚴重的蘇州一帶。仗打完了，就說到犒勞，偏偏蘇州官員是個慢性子，關於犒勞的具體金額在慢慢計算當中，耽誤了很長時間，各路土司士兵很不滿，吵吵嚷嚷起來，「吳總臣計犒逾時，眾大噪」，眼看著可能發生兵亂。在這個危機關頭，有人推薦松江府專管刑獄的吳時來負責接待這些土司兵將。吳時來不是一般人，七歲的時候就被人稱為神童，長大後中進士，任松江府推官，在軍事組織方面很有一套。

　　吳時來接手這件棘手的事情後，帶兵來到松江，在福田寺外立下營寨，然後宣佈，你們要領賞可以，但如果想在最短時間內領到犒賞，就必須規規矩矩地一個個坐船來領賞。士兵們就按照番號分坐船隻，在吳時來手下的引導下，分批進入吳時來的營寨，按順序領取賞金，「令土官以兵至者，各署部伍，舟人導之入，以次受犒」。而且吳時來做事很公正，賞金分發平均，不給人留下把柄。果然，此事平安結束，沒什麼意外。

　　吳時來的巧妙之處，在於先用相當的兵力來維持秩序，立下營寨，給想鬧事的士兵一個震懾。然後，將領賞的士兵分船裝載，實際上就等於將對方分開成一個個分散的單位，使之沒有聚在一起鬧事的機會。當然，最關鍵的是分配公平，不給對方鬧事的借口。而對於土司官兵中個別堅持鬧事的頭目，吳時來則派人用好言好語接近他們，等到他們放鬆警惕之後，就將他們抓起來繩之以法。

　　吳時來在抗倭戰場上雖然名氣不如戚繼光和俞大猷，但其實還是很有作為的。他在松江抗倭，屢有戰功，「在松御倭，歷有奇績」。公元1554年，倭寇很猖獗，老百姓想進入松江府避難，松江府官員不願意百姓進來，吳時來則打開城門放百姓入城，並妥善安置他們。第二年四月，倭寇大舉攻城，雪上加霜的是，因為大雨，松江府西南面城牆崩塌，「雨甚，城崩西南隅十餘丈」，在這危機時刻，吳時來乾脆命令撤掉防禦工事，自己率領弓弩手守在各個關口，用箭射擊敵軍，其他人擔心沒有工事，倭寇會輕易攻入，吳時來卻說：「不用擔心，這麼大的雨和泥濘，倭寇登不上來。」後來，果然如吳時來所言，倭寇沒能進城，又被吳時來的弓弩手射殺得死傷慘重，狼狽撤退。