燕子磯自古是金陵名勝，就在乾隆「御碑亭」東側不遠的半山腰處，也有一座靜靜佇立的碑亭——燕子磯江灘遇難同胞紀念碑。1937年12月，5萬多解除武裝、在燕子磯江灘等待渡江的中國軍民，被日軍包圍封鎖，逐一射殺。屠殺結束後，附近四座寺廟的幾百名僧侶，面向屍山血水，為亡魂誦經超度。

　　「日夜機槍噠噠聲不絕，俱擊斃我同胞也」

　　1937年12月，南京城破在即，原本寧靜的燕子磯鄉間，擠滿了從城裡逃出的軍民。8年後，一名叫劉守春的警察，向還都南京的國民政府，講述了當時他在燕子磯的見聞。根據《原罪——侵華日軍在南京棲霞暴行錄》一書，劉守春看到，日軍士兵「每見中國青壯年者，擄掠至江邊……用機槍擊斃之，日夜機槍噠噠聲不絕，俱擊斃我同胞也。」他所屬的首都警察，一部退到燕子磯，被「槍殺約有二千餘」。血戰南京的國軍第88師，在淪陷後被打散。年僅19歲的士兵郭國強躲進今天幕燕風光帶景點之一的「三台洞」，一天一夜的槍聲後，郭國強看到，在江灘上已經堆積了兩萬多「中央軍」士兵的屍體。在躲過日軍的盤問後，郭國強逃至八卦洲的下壩村定居下來，直至抗戰勝利。

　　江灘成為刑場。戰後國防部審判戰犯軍事法庭判定，死難同胞「在五萬人」以上。日軍離開後，燕子磯一帶四座古廟的幾百名僧人，發現江灘的屍山血海。所有人一起跪拜，口念《彌陀經》《往生咒》。

　　碑亭「缺一角」警示今人毋忘山河破碎之恥

　　雖然在戰後的遠東國際軍事法庭審判時，中方未提出燕子磯的集體屠殺，但多方證據下，日軍犯下的罪行無可辯駁。1985年8月，南京市人民政府設立了燕子磯江灘遇難同胞紀念碑。

　　這是一處設計為碑亭形式的紀念碑。值得注意的是，這座亭子只有三個角，平面看，是一個等邊三角形。而中國園林中，傳統的亭子要麼是四個角，要麼是五角或六角。「這不是設計者的疏忽，也不是建成後的自然損害；而是在建亭子時有意缺一個角的。」三角亭，象徵著中國版圖少了一角，目的是要人們記住這一喪權辱國的奇恥大辱。保留的三個角，呈握拳狀，象徵著中國人民的意志和力量：中國人民一定會趕走侵略者，在世界上站立起來的！