傅斯年的老友程滄波說：忽一日，傅論及當時國民政府五院院長。論孫科，說：「猶吾君之子也。」論於佑老，乃是「老黨人且是讀書人」。論戴季陶，說：「阿彌陀佛。」論到孔祥熙，高聲作義憤狀：「他憑哪一點?」

　　1932年6月19日，傅斯年在《獨立評論》上發表著名的《中國現在要有政府》一文。傅斯年在文中指出，中國已面臨有史以來最大的危機，社會與文化已步趨總崩潰，因為總失業的緣故，國民皆成了叫花子，各路軍閥手下的官兵幾乎全部由叫花子組成，可謂要多少有多少，軍閥自然成了叫花子的頭目，故南北政府被一群流氓苦力與叫花子所平分。「照這樣形勢，雖有一個最好的政府，中國未必不亡;若根本沒有了政府，必成亡種之亡。」因而，傅斯年呼籲「一切不顧亡種滅國的人，幸勿此時興風作浪，這不是可以苟且為之的」。

　　1936年12月12日， 「西安事變」爆發，傅斯年得知後極為震怒，高呼「國家元首豈容為賊所扣乎」?於是極力主張南京國民黨高層立即出動大軍討伐張、楊，同時連續在《中央日報》發表《論張賊叛變》等言辭激烈的檄文予以聲討。傅斯年言稱張學良的老子就是鬍子出身，「張賊天生的是一個犯上作亂的土匪種」。蔣介石「在此時中國是無可比擬的重要，他的安危關係中國國運比任何事都切緊」。再次疾呼盡速派中央軍西進，對西安呈扇形包圍，只要將西安圍住，「張賊學良」除投奔共產黨，將是死路一條。針對有人認為出兵西進，會激怒張學良並危及蔣介石的安全，傅斯年堅稱愈是大軍壓境，張學良愈不敢加害蔣，並預言性地指出，待中央軍包圍西安，張只有束手就範，屈膝投降，而張投降後，「只有蔣能救他一條性命」。

　　1941年珍珠港事件爆發時，重慶國府於12月18日派出的最後一架飛機抵達香港機場，搶救困於香港的政府大員和學界名流。然而孔祥熙的夫人宋靄齡、二小姐孔令俊率領幾十名保鏢竟然阻止他人登機，卻把自己的僕人、洋狗、馬桶、香料和床板等通通運上飛機!陳濟棠、何香凝、許崇智、茅盾、郭沫若、陳寅恪等人均被攔截不能登機而滯留香港。當時皆以為陳寅恪已離開人世，傅斯年因此高呼「殺孔祥熙以謝天下」!