儘管發生了雷震一案，但胡適並不願和蔣介石公開決裂，仍打算與之「相忍為國」。他把他望七之年回北大的夢想，寄托於蔣介石反攻中國大陸。蔣介石確實在積極準備反攻中國大陸，但最終竹籃打水一場空，因此胡適「望七之年回中國大陸」也成為了永遠無法實現的幻夢。

　　胡適寓居美國期間曾有兩次回台灣，都受到了當局的熱烈歡迎與隆重接待。第一次是在1952年11月19日，蔣經國代表其父「總統」蔣介石，以及教育界、學術界的人士約有一千餘人到機場迎接，幾十位攝影記者擁上前為胡適拍照，許許多多的人爭著同他握手，胡適笑著說：

　　「我今天好像是做新娘子。」

　　當晚蔣介石設宴款待胡適。12月22日上午又請胡適陪同在新竹檢閱部隊。蔣介石一門心思要「反攻大陸」，胡適檢閱後興奮地附和說：「參加檢閱的軍隊六萬多人，由於天氣關係，沒有見到空軍配合參加。受檢閱的部隊裝備是新的，體格強健，精神很好，使我看了很高興。」

　　除了蔣氏父子外，胡適這次回台灣還和其它政要與黨國元老如陳誠、朱家驊、谷正綱、王寵惠、吳稚暉、於右任、程天放等有或多或少的接觸。話題自然都離不開「反共」、「復國」。

　　胡適在台灣一共逗留了兩個月。離開之前的晚上曾晉謁蔣介石，兩人進行了範圍廣泛的長談。第二天(1953年1月17日)乘機赴日本東京轉飛美國，他對代表蔣介石到機場送行的蔣經國說：「總統對我太好了。昨天我們談得很多，請你替我謝謝他。」

　　胡適第二次回台灣是在1954年2月18日，此行主要是為了參加偽「國民大會」第二次會議。在19日舉行的開幕典禮上，胡適擔任臨時主席並致開幕詞。又被選為大會主席團主席之一。對中國國民黨推定蔣介石、陳誠為正副總統候選人，胡適表示他「十二萬分的贊成」，「理由是國家處境艱難，除蔣總統以外，沒有人比蔣總統領導政府更為適當，更能有效完成反攻復國建國的歷史使命。」而陳誠(時任行政院長)「是蔣總統最適當最理想的助手」。3月22日蔣介石當選為「中華民國」第二任總統，胡適對記者發表談話說：

　　「蔣總統的當選連任，表示百分之一百的贊成，今後六年，是國家民族最艱難困苦的階段，只有蔣先生才能克服一切困難，蔣先生肯負此項重大的責任，表示萬分的欽佩和感謝。」

　　隨後不久，蔣介石於7月16日聘請胡適擔任了「光復大陸設計委員會」副主任委員。主任委員由「副總統」陳誠兼任。

　　胡適設想：在台北南港借一塊地，他自己出錢蓋一所小房子，利用「中央研究院」歷史語言研究所的豐富圖書，在有生之年完成《中國思想史》、《中國白話文學史》。蔣介石早就想讓胡適回台灣，聽說胡適有意回台定居，蔣介石表示願意用他的《蘇俄在中國》一書的版稅所得給胡適在南港蓋一所房子，用不著胡適自己出錢。1957年11月4日蔣介石以「總統」身份發佈明令：

　　「代理中央研究院院長朱家驊呈請辭職，應予照準。此令。

　　特任胡適為中央研究院院長。此令。」

　　1958年4月2日胡適從紐約啟程，4月8日抵台北，「副總統」陳誠率高級官員以及文化教育界人士約500多人到機場迎接。4月9日蔣介石在士林官邸以茶點款待胡適。4月10日上午9時「中研院」舉行新任院長就職典禮，胡適正式接受了「中央研究院」的院長職務。他在典禮上講話說：

　　「我已經六十七歲了，照西洋的看法已過了六十六歲。學術界有個普遍的規矩，年滿六十五歲的學者退休之後，可以做他自己喜歡做的事，把研究工作讓生力軍補上。我已過了退休年齡一年有半，應該退休，享我退休的權利，做我自己喜歡做的事：看書、寫文章。但在這個時候，國家艱難，而時代已進入原子能科學時代，國家需要科學，國家需要學術基礎，而我們應為國家努力建立學術科學研究的基礎，何況我們對中央研究院三十年來都有密切的關係。希望各研究所所長，各位研究員同人同我一致向這個目標前進。」

　　就職典禮完畢之後，接著舉行第三次院士會議的開幕式。胡適以院長身份主持，正、副「總統」蔣介石與陳誠均親自蒞會。蔣介石並致訓詞，強調「為早日完成反共抗俄使命」，「希望今後學術研究，亦能配合此一工作來求其發展。」胡適對應道：「我個人認為，我們學術界和中央研究院挑起反共復國的任務，我們做的工作，還是在學術上，我們要提倡學術。」

　　台灣當局為胡適在「中研院」所在地台北南港蓋好了房子，所需費用除蔣介石一本書的稿酬外，「中研院」報請「行政院」批准，由「中研院」追加預算20萬元。建築系一棟平式小洋房，佔地50坪，有書房一間、客廳連餐廳一間、臥室兩間、客房一間，此外還有廚房、配餐室及傭人的小房間。總的面積並不大，但環境很幽靜，適宜胡適讀書做學問。

　　胡適在台灣也有不如意甚至很煩心的時候：他捲入了「自由中國」事件。

　　《自由中國》雜誌是自由主義知識分子的喉舌，反映的是自由主義知識分子的意願，表達的是自由主義知識分子的呼聲，鼓吹的是自由主義知識分子的政治綱領。而胡適是中國自由主義知識分子的主要代表人物，是中國自由主義知識分子的靈魂與領袖，所以由他來闡明刊物宗旨和做發行人，自然是順理成章的事情。以後胡適主動辭去《自由中國》雜誌發行人，這一職務改由他的好友雷震(字儆寰)擔任。

　　這一派自由主義知識分子，他們的反共立場是十分明確的，毫不含糊的;同時這些人又十分崇拜美國的所謂民主制度，認為「反共」事業在中國大陸遭到失敗的重要原因，在於蔣介石未能實行美國式的民主。雷震就對時政多有批評，他主張國民黨應從失敗中吸取教訓，實行黨政分開和軍隊國家化，開放言禁。這樣就觸犯了蔣介石的大忌。1960年9月雷震因《自由中國》案被台灣當局逮捕，並判處有期徒刑12年。

　　雷震一案不能不牽涉到胡適。加之胡適不贊成蔣介石連任第三屆「總統」，希望他做一個「無智、無能、無為」的「三無」元首，引起了蔣介石的不快。蔣介石重判雷震，也許含有「殺雞給猴看」的意味在內。

　　當時胡適正在美國西雅圖出席「中美學術合作會議」，10月7日晚(美國時間)雷案宣判之後，美國各報8日早晨迅速刊登報道，胡適接連兩天都不敢見人，公共場所也不敢去。10日那一天他是躲在鄉下朋友家裡度過的。

　　儘管發生了雷震一案，但胡適並不願和蔣介石公開決裂，仍打算與之「相忍為國」。他把他望七之年回北大的夢想，寄托於蔣介石反攻中國大陸。蔣介石確實在積極準備反攻中國大陸，但最終竹籃打水一場空，因此胡適「望七之年回中國大陸」也成為了永遠無法實現的幻夢。

　　胡適為雷震鳴冤叫屈，多方營救未果，致使心情一度十分鬱悶。回到台北後，11月18日上午11點半即在張群的陪同下拜謁蔣介石，這次的氣氛比之往常似乎顯得有些不大融洽。胡適在扼要匯報了「中美學術合作會議」的情況後，快到吃午飯的時間了，便對蔣介石說不知道總統還有什麼問題要問問他。

　　蔣介石說：「請你談談政治形勢罷。」

　　胡適問：「國內的?還是世界的?」

　　蔣介石說：「整個世界的。」

　　胡適只好講了講聯合國大會和美國大選。「說完了，──我忍不住說：我本來對岳軍先生說過，我見總統，不談雷案。但現在談到國際形勢，我不能不指出……」

　　胡適將他胸中憋悶已久的話倒了出來，告訴蔣介石說當局對這件事情的處置有欠明智，已經在台灣島內外產生了很不好的影響，輿論普遍認為政府畏懼並摧殘反對黨，台灣沒有言論自由，仍是戒嚴區……這樣嚴重的不利後果當局恐怕還沒有「深知」。

　　蔣介石說：「我對雷震能十分容忍。如果他的背後沒有匪諜，我決不會辦他。……我也曉得這案子會在國外發生不利的反響，但一個國家有他的自由，有他的自主權，我們不能不照法律辦。」

　　胡適趕緊聲明：「關於雷案與匪諜的關係，是法庭的問題。我所以很早就盼望此案能移交司法審判，正是為了全世界無人肯信軍法審判的結果。……這樣重大的案子，只開了八個半鐘點的庭，就宣告終結了，就定期八日宣判了!這是什麼審判?我在國外，實在見不得人，實在抬不起頭來。」

　　蔣介石皮笑肉不笑，說：「胡先生同我向來是感情很好的。但是這一兩年來，胡先生好像只相信雷儆寰，不相信我們政府。」

　　「這話太重了，我當不起。」胡適誠惶誠恐，只得當面重申1949年他剛到美國時說過的一句話：「我願意用我道義力量來支持蔣介石先生的政府」。並對蔣介石鄭重表示：「我在十一年前說的這句話，我至今沒有改變。」

　　蔣介石這下滿意了。氣氛終於有了緩和。胡適藉機又向蔣介石進言：「十年前總統曾對我說，如果我組織一個政黨，總統不反對，並且可以支持我。……我今天盼望的是：總統和國民黨的其它領袖能不能把那十年前對我的雅量，分一點來對待今日要組織一個新黨的人?」蔣介石未置可否。

　　時間已經很晚了，胡適起身告辭。蔣介石親自送他到接待室門口，兩人才握手相別。

　　他把他望七之年回北大的夢想，寄托於蔣介石反攻中國大陸。蔣介石確實在積極準備反攻中國大陸，但最終竹籃打水一場空，因此胡適「望七之年回中國大陸」也成為了永遠無法實現的幻夢。

　　1962年2月24日胡適在台北因心臟病猝然去世。蔣介石親往殯儀館祭弔，並手書輓聯盛讚胡適：

　　新文化中舊道德的楷模

　　舊倫理中新思想的師表