1368年朱元璋在南京稱帝，建立明朝。當年明軍北伐元順帝逃離北京。1370年明軍攻取洮、岷等州，並進克元朝的吐蕃等處宣慰使司都元帥府(脫思麻宣慰司)的治所河州，與此同時，明軍另一路攻下元順帝所據的應昌府，元順帝不久病死，在北元勢力大部被殲滅的情況下，原先一直忠於元朝的西北藏族首領才陸續順應形勢歸附明朝。1370年河州地區的故元吐蕃宣慰使何鎖南普降明，明太祖派人深入烏思藏地區招撫政教首領，1372年薩迦派的故元攝帝師喃加巴藏卜等歸降明朝，並帶領六十多人赴南京朝見了明太祖。哺加巴藏卜被明太祖封為「熾盛佛寶國師」，他還先後兩次向明朝舉薦故元的藏族舊官一百多人，他們都受到明朝的封賞。當時控制烏思藏大部分地區的帕竹政權的第悉(帕竹政權的首領的稱號)是大司徒繹曲堅讚的侄子釋迦堅贊(即《明太祖實錄》所記的「故元灌頂國師章陽沙加」)，元朝曾封他為灌頂國師。河州衛在瞭解烏思藏的情形之後，即向明太祖建議對他給以封賞，於是明太祖下詔仍封給他灌頂國師之號，並遣使賜玉印及綵緞、表裡。而釋迦堅贊就在1373年正月遣使入朝，貢以佛像、佛書、舍利。

　　在爭取到藏族地區大部分僧俗首領的歸附以後，明太祖考慮到「彼方地廣民稠，不立重鎮治之，何以宣佈恩威」，於是對藏族地區的管理機構進行了一些調整和補充。1374年7月，明朝設西安行都指揮使司於河州，升河州衛指揮使韋正為都指揮使，總轄河州、朵甘、烏思藏三衛。後來又升朵甘、烏思藏二衛為行都指揮使司。當年12月熾盛佛寶國師喃加巴藏卜及朵甘行都指揮同知鎖南兀即兒等遣使來朝，又奏舉土官賞竺監藏等五十六人。明太祖遂設朵甘宣慰司一、招討司六、萬戶府四、千戶所十七，以賞竺監藏等分別為指揮同知、宣慰司使、招討司官、萬戶、千戶等，並派員外郎許允德攜詔書及誥、印前往賜之。

　　明朝在確定藏族地區的都指揮使司、衛、所的行政體制後，陸續委任了不少藏族首領擔任都指揮使司和衛所的官職。明歷朝實錄和一些藏文史料中不乏這類關於藏族首領朝貢、受封賞的記載。由此我們可以說至少在明朝的前半期，明朝的都指揮使司、衛所的行政體制是在包括烏思藏在內的廣大藏族地區得到實行的。例如，洪武十二年(1379)二月丙寅，「烏思藏指揮同知監藏巴藏卜、宣慰司官朵兒只令真、前都元帥索南藏卜、賞巴前司徒羅古監藏、仰思多萬戶公哥帕遣鎮撫汝奴藏卜、僧哈麻刺來朝，貢兜羅帽、鐵驪綿等物。」這裡的賞巴前司徒羅古監藏是襄南木林的達那宗巴家族的羅追堅贊，他是著名的薩迦本欽甲哇桑布的第三子，曾被元朝封為司徒，《漢藏史集》說他在任襄南木林的首領時，興建了同曼大城堡。這裡的仰思多萬戶公哥帕即是江孜法王家族的首領貢噶帕，是江孜自居寺創建者熱丹貢桑帕巴的父親。「仰思多」即「年多」，指年楚河上遊地區，為江孜地區的異稱。貢噶帕曾任薩迦朗欽，是江孜宗城堡的興建者。江孜在元代並不是一個萬戶，這裡稱他為仰思多萬戶，顯然是明朝封給他的官職。洪武十八年(1385)正月丙寅，「以西番班竹兒為烏思藏都指揮使」。這裡的班竹兒應是蔡巴家族的班覺桑布，他是著名的《紅史》的作者貢噶多吉的長孫。《西藏王臣記》稱他為「指揮班覺桑布」。同月壬午，「以烏思藏俺不羅衛指揮使古魯監藏為烏思藏衛俺不羅行都指揮使司指揮僉事」。這裡的俺不羅即羊卓，在元代為一個萬戶府，此名是說古魯監藏的官職從衛指揮使提升為都指揮使司指揮僉事，這兩個官職都是正三品。最初，明朝是封蔡巴、羊卓、止貢、嘉瑪等故元萬戶府首領為烏思藏的行都指揮使或都指揮僉事等職，對帕竹政權的家臣中的內鄔宗、桑珠孜宗的宗本則稱為寨官。後來在瞭解帕竹政權的情況後，明朝就開始任命帕竹政權的主要宗本為烏思藏行都指揮使司的官員，並且進一步在內鄔宗和仁蚌宗這兩個最大的宗設立了行都指揮使司。

　　到永樂皇帝時，隨著明朝對藏族地區情況的進一步瞭解，明朝對西藏的掌管一方、具有一定實力的高僧的分封也日益增多，其中地位最高、最為著名的有闡化王、護教王、贊善王、輔教王、闡教王等五個王。對於這些王的地位和性質、職權，有待進一步的研究分析。明代，在漢族地區只有皇帝的親屬朱姓男子才有可能被封為王，他們分散在全國各地，被稱為「藩王」，享受豐厚的物質待遇，但是一般不參與地方和國家的行政事務。其他的功臣即使功勞再大，最多也只能封為候爵。對少數民族的政治首領，在他們表示臣服明朝的條件下，可以被封為王，例如塞北的蒙古各部的首領，有一些人擁有強大的政治軍事力量，曾被明朝封給王號。而明朝在藏族地區所封的王則與他們有所不同，這些王是掌管一方的地方首領，但是他們又往往具有佛教僧人的身份。因此，他們的繼承有的是師徒相傳，有的是侄子繼承，也有的是父子傳承。因此他們的地位可以說是在世俗的王和明朝所封佛教首領的法王之間，既有掌管一方地區行政的世俗的王的成分，也與宗教的法王相類似的成分，因此明朝給他們的封號都帶有佛教的內容。

　　永樂四年(1406)三月壬辰，明成祖派遣使者繼詔封烏思藏怕木竹巴吉刺思巴監藏巴裡藏卜(扎巴堅贊)為灌頂國師闡化王，賜螭紐玉印、誥命，仍賜白金五百兩、綺衣三襲、錦綺五十匹、彩絹百匹、茶二百斤。以後帕竹政權的歷任第悉，都擁有闡化王的封號。永樂四年(1406)，明成祖令智光和尚出使烏思藏，靈藏僧人著思巴兒監藏遣使隨智光來朝，被封為灌頂國師。第二年又被封為贊善王，並賜金印、誥命。贊善王的轄地在今天四川德格一帶。永樂四年(1406)，館覺地方的政教首領宗巴斡即南哥巴藏卜遣使入貢，被永樂皇帝封為灌頂國師，並賜以誥命。第二年(1407)，宗巴斡即南哥巴藏卜派遣使者入朝謝封，又被明成祖封為護教王，並賜金印、誥命，仍享有國師稱號。館覺地方即是今天昌都地區的貢覺縣。贊善王和護教王的教派不詳，可能與帕竹噶舉、噶瑪噶舉和薩迦派都有密切關係。永樂十一年(1413)，明成祖封思達藏地方(在今天的西藏日喀則地區境內)薩迦派首領南渴烈思巴(按《薩迦世系史》，他是款氏家族成員，全名為南喀勒貝洛追堅贊貝桑布)為輔教王，並賜誥印、彩幣。此後貢使雙方往來不絕，楊三保、侯顯都曾被派往頒賜，而輔教王轄下的許多僧人也都前來朝貢，有的還留在北京任職。景泰七年(1456)，南渴烈思巴派遣使者來朝貢，上陳自已年老，請求以其子喃葛堅粲巴藏卜代替，得到皇帝允許，賜以誥印、金冊、彩幣、袈裟、法器等。永樂四年(1406)，止貢地方的止貢噶舉首領鎖南藏卜派使者朝貢，成祖封鎖南藏卜為灌頂國師，賜予衣服、錢幣等優厚的賞賜。十一年(1413)，成祖又加封他為灌頂慈慧淨戒大國師，並封其僧人領真巴兒吉監藏為闡教王，賜以印誥、彩幣，命其管理止貢地方。

　　明朝除在藏族地區設置衛所，委任藏族僧俗首領外，還利用藏傳佛教在藏族地區的深遠影響，大力封授各派宗教首領和人士，推行僧綱制度，通過宗教加強明朝對廣大藏區的影響。在明朝對這些藏傳佛教的宗教首領人士的封授中，以永樂年間封噶瑪噶舉派黑帽系活佛為大寶法王，封薩迦派首領為大乘法王，封格魯派高僧釋迦也失為西天佛子(宣德年間加封為大慈法王)最為重要;其次是封藏傳佛教的高僧為大國師、國師及禪師等。

　　1374年元朝攝帝師喃加巴藏卜向明太祖舉薦元故官六十餘人時，可能也包括噶瑪巴乳必多吉在內，明太祖封他為灌頂國師。1383年噶瑪巴乳必多吉去世，其轉世為五世噶瑪巴得協銀巴(1384—1415)，本名卻貝桑布，西藏娘布地方人，四歲開始跟從噶瑪噶舉派紅帽系二世活佛喀覺旺波學佛，被認定為乳必多吉的轉世。十八歲時受到康區館覺地方首領斡即南哥的尊奉和供養，他在康區一帶巡遊傳法，很有名聲。明成祖在他正式即位的1403年「遣司禮監少監侯顯繼書、幣往烏思藏，征尚師哈立麻。蓋上在藩合邸時，素聞其道行卓異，至是遣人征之」。噶瑪巴得知消息後，於1406年從楚布寺出發。當年7月，噶瑪巴在康區噶瑪寺見到了侯顯等使者，領受詔書，即隨侯顯等人一道前往南京。他們經青海一路於11月抵達河州。然後經陝西、河南、安徽，乘船入長江，於1407年藏歷正月抵達南京，駐錫靈谷寺。噶瑪巴除了率領僧眾在靈谷寺(今南京市中山陵東面)設十二壇城為明太祖夫婦作超度法事十四天外，還在皇宮中設壇為明成祖傳授無量灌頂，講經譯經。噶瑪巴活佛在南京所做的超薦法事和為明成祖傳授灌頂等，自然不僅是一般意義上的佛教活動，當時明成祖剛剛用武力從他的侄子建文皇帝手中奪得皇位，在南京還面對著殘留的建文皇帝的支持者的對抗和譴責，因此他急需利用從西藏招請來的噶瑪巴活佛幫助他樹立精神上的威望和表現他對其父母明太祖夫婦的思念和孝心。因此，明成祖對年輕的噶瑪巴活佛表現了超乎尋常的倚重和尊崇。可能正是出於這樣的考慮，明成祖決心對噶瑪巴給予超過明太祖對藏傳佛教首領加封的慣例的封號。永樂五年三月丁已，明成祖封得銀協巴為「萬行具足十方最勝圓覺妙智慈善普應佑國演教如來大寶法王西天大善自在佛」，命他領天下釋教，賜印、誥及金、銀、鈔、彩幣、織金珠袈裟、金銀器皿、鞍馬，並封其徒孛隆逋瓦桑兒加領真為灌頂圓修淨慧大國師、高日瓦領禪伯為灌頂通悟弘濟大國師、果欒羅葛羅監藏巴裡藏卜為灌頂弘智淨戒大國師，並設盛宴於華蓋殿，宴請噶瑪巴師徒，以示慶祝。噶瑪巴得銀協巴在南京、五台山等地停留達一年多，於永樂六年(1408)四月辭歸，明成祖賜給他白金、彩幣、佛像等物，派中官護送。得銀協巴回到拉薩和楚布寺後，向大昭寺的覺臥佛像獻了無比珍貴的珍珠袈裟，並給前後藏各教派有五名僧人以上的寺院熬茶佈施，拉薩地區的領主內鄔巴把拉薩布達拉山上的廟宇供獻給他作為駐錫之地。他給闡化王扎巴堅贊等人講經說法。可是不久以後，得銀協巴在藏歷木羊年(1415)八月十五日因突然患重病而去世。黑帽系第六世活佛通哇敦丹(1416—1453)繼承了大寶法王的封號，從1426年到1450年的二十多年中，他先後八次遣使向明朝進貢，明朝曾召請他進京，但未能成行。宣德元年(1426年)四月甲申，「賜如來大寶法王等使臣指揮使公哥等金織文綺、襲衣等物有差」。當時通哇敦丹年僅十一歲，可見明朝是承認他自動地繼承了得銀協巴的大寶法王的封號的。

　　被明成祖封為大乘法王的是薩迦派都卻拉章的貢噶扎西(明代漢譯為昆澤思巴)。其祖父為元朝的帝師貢噶堅贊貝桑布(1333-1358年任帝師)，父親為大元卻吉堅贊。大元卻吉堅贊在反對繹曲堅贊徹底失敗，薩迦勢力被迫遷到達倉宗以後於1356年到大都，被元順帝封為「中興釋教大元國師」，並成為皇太子愛猷識理達臘專門供奉的上師。他與帝師喇欽索南洛追等在朝廷繼續控告大司徒繹曲堅贊，但是沒有成功，而於1359年在大都去世。貢噶扎西從幼年時起就開始學佛，在1372年以喇嘛丹巴索南堅贊為師受比丘戒，專心學習各種經論，到前後藏各地朝佛巡禮，講經說法，成為薩迦款氏家族成員在宗教活動方面的一個代表人物，聲名遠揚，引起了明成祖的注意，兩次造使前來召他進京。貢噶扎西當時年事已高(已60歲)，不聽旁人勸阻，決心進京，於永樂十年(1412年)四月由薩迦寺動身，經過十個月的跋涉，於永樂十一年(1413)二月到南京朝見，並多次講論佛法，深受皇帝敬信，被封為「萬行圓融妙法最勝真如慧智弘慈廣濟護國演教正黨大乘法王西天上善金剛普應大光明佛」，賜給管領僧眾、護持釋迦牟尼教法之詔書及金印。此後，他又去了北京、五台山等地，然後再到南京，為明成祖傳授灌頂及經咒、護持等。明成祖賜給他銀質喜金剛像、大威德像、鈴、金剛杵等無數法器，此外還有大藏經、供器、僧帽、袈裟等，以及各種珍寶、金器、銀器、綢緞、大小帳幕、茶葉、牛、馬、騾等無數財寶。他於馬年(1414)正月離開朝廷，十二月回到薩迦寺。貢噶扎西此次進京的另一重要收穫是爭取到明成祖發佈命令讓帕竹政權把薩迦大殿交還給薩迦派掌管，使薩迦眾人努力了幾十年的大事終於有了結果。1413年5月，明成祖派侯顯等人從京城出發進藏，以向烏思藏許多首領傳達旨意，其中帶去了命令帕竹第悉交出薩迦大殿給予原主薩迦派的詔書，12月侯顯等人到達西藏，在頗章孜宣讀詔書，薩迦派舉行了十分隆重的慶典。此事反映出明朝中央對西藏政教勢力之間的爭執有決定處理的權力。

　　被明朝封為大慈法王的，是明朝初期才創建的藏傳佛教的新興教派格魯派的代表人物釋迦也失，而釋迦也失是代表其師宗喀巴(tsong-kha-ps，格魯派的創始人)入朝覲見的。還在格魯派正式創立之前，宗喀巴的傳法授徒活動就通過帕竹第悉、內鄔宗本等人的介紹和明朝入藏使者的報告引起了明成祖的注意。1403年明成祖派候顯等人入藏召請噶瑪巴得銀協巴進京。1406年明成祖又遣使繼詔封帕竹第悉扎巴堅贊為闡化王。約在此時，明成祖給宗喀巴也送去了邀請的詔書，所以在藏歷第七饒迥土鼠年(1408)六月，宗喀巴給明成祖寫了一封回信，請明朝的使者帶回。在這封回信裡，宗喀巴對收到皇帝賜予的大量禮品表示衷心感謝，對皇帝的邀請則予以婉拒，「余非不知此是大地之大主宰為佛法著想之諭旨，亦非不遵不敬陛下之詔書，但我每與眾人相會，便發生重病，故不能遵照聖旨而行，惟祈陛下如虛空廣大之胸懷，不致不悅，實為幸甚!」明成祖仍然努力召請宗喀巴大師進京一見，永樂十一年二月(1413)，當大乘法王已到京會見後，明成祖命使者侯顯等再次繼詔召請宗喀巴大師，宗喀巴大師對眾使者詳細說明他不能進京的緣由，並給皇帝寫了說明情況的回信，準備了回贈的禮品，請使者們帶回。在這種情況下，很可能是明朝的使者們想到了請宗喀巴派一名弟子代替他入朝的辦法，因此宗喀巴派弟子釋迦也失代表他進京。

　　釋迦也失出身於蔡巴地方首領的家族，於藏歷第六饒迥的木馬年(1354)生於拉薩東北的蔡貢塘。他從幼年時開始學佛，曾拜過許多老師學習佛法，後來以宗喀巴作為自己的根本上師，並隨侍左右，擔任了宗喀巴大師的司茶侍從。當侯顯等使者請宗喀巴派一名殊勝弟子前往並得到宗喀巴同意後，釋迦也失遂同侯顯等同行前往內地。侯顯等人隨即將這一情況向永樂帝奏告。釋迦也失師徒和侯顯等使者們經山南、康區、裡塘，抵達成都附近，受到成都府大小官員和軍士的熱烈歡迎。當他到達成都府城內時，永樂帝派來傳送詔書的使者已在此恭候。詔書中說：「今聞上師你已離西上，不顧途中風雨烈日寒暑，漸次已行數萬里之遙，前來此處，故朕心甚悅，難以言說。現今復遣人於途中贈禮迎接，以示緣起，以表朕心。」1413年11月，釋迦也失等到達北京城附近時，受到九門提督等官員的歡迎。在他們的接送下，釋迦也失抵達有三層外城牆的京城北面外城牆，並下榻於蓮花池旁的海音寺(或法音寺)，這時永樂帝又派人送來聖旨，對釋迦也失「不計數萬里之路，跋山涉水，觸風冒雨，歷盡艱辛前來」。表示十分高興，考慮到上師「遠途而來，身體疲乏」，諭示上師面聖時可免行禮。接著釋迦也失在皇宮中心的大善殿朝見了皇帝。皇帝非常歡喜，為他舉行了盛大的接風宴會，並多次給予賞賜。次年明成祖調集全國五十多萬軍隊，親自率領，出長城攻打蒙古瓦拉部。在取得戰爭的勝利返回北京後，1415年4月，「命尚師釋迦也失為妙覺圓通慧慈普應顯教灌頂弘善西天佛子大國師，賜之誥命」。據藏文史料稱，釋迦也失在京期間，還用醫藥和傳授灌頂的辦法為明成祖治好了重病。此外，還在五台山建了六座寺院，這些寺院按照藏傳佛教格魯派的修行次第修習佛法。1416年釋迦也失帶著在漢地首次刻版印刷的大藏經《甘珠爾》硃砂木刻本的薦新樣本和明成祖親自撰寫贊語的釋迦也失的畫像回到了西藏。這是兩件重要的文物，前者是中國最早的藏文木刻版大藏經，對後來藏區的刻版印刷術和藏族文化的發展具有深刻的影響。這部珍貴的藏文木刻版大藏經至今仍保存在色拉寺中。1416年釋迦也失回到拉薩後向宗喀巴大師供獻了從漢地帶回的大量財物。1419年，宗喀巴大師在臨去世前到了色拉卻頂，並指示釋迦也失在此興建一座大寺院，在釋迦也失主持下，色拉寺在當年動工，費用由內鄔宗本南喀桑布提供大部分，釋迦也失從漢地帶回的財物也起了重要作用。1425年5月釋迦也失再次到北京，在北京居住十餘年，並在這期間宣德皇帝封他為「萬行妙明真如上勝清淨般若弘照普慧輔國顯教至善大慈法王西天正黨如來自在大圓通佛」。最後釋迦也失於1435年在返藏途中去世，享年82歲。他在北京時曾帶領藏族僧人為興建法海寺捐資助緣，留存至今的北京法海寺的石碑上他名列首位。

　　使得格魯派能夠取得更大發展的關鍵人物是根敦嘉措的轉世索南嘉措(1542—1588)。他看到蒙古軍事力量再次進入青藏高原給格魯派帶來的新的發展機會，在1577年應率部到青海的蒙古土默特部首領俺答汗的邀請從拉薩到青海，1578年他們在青海湖南面會見。俺答汗贈給索南嘉措「聖識一切瓦齊爾達喇達賴喇嘛」的尊號，這是「達賴喇嘛」這個名詞最初出現，格魯派立即以俺答汗所贈的這個名號作為從根敦珠巴開始的這個活佛轉世系統的稱號，索南嘉措自然就成為第三世達賴喇嘛。由於索南嘉措和俺答汗的關係，以及他按照明朝的要求勸說俺答汗返回蒙古，他又受到明朝的重視。在索南嘉措1586年到呼和浩特主持俺答汗的葬禮時，明朝派人封他為「朵兒只唱」，並邀請他到北京，但是他1588年在到北京的途中去世。緊接著格魯派和土默特部認定俺答汗的一個重孫雲丹嘉措(1589—1616)為索南嘉措的轉世，成為蒙古人出身的四世達賴喇嘛。雲丹嘉措帶著一些蒙古軍隊和貴族到西藏坐床，對當時遭到新興的第悉藏巴猛烈打擊的格魯派是極大的支持，使格魯派在十分困難的環境中能夠生存下來。雲丹嘉措到西藏後由扎什倫布寺的法台洛桑曲吉堅贊(1570—1662)當他的經師和授比丘戒的堪布，這提高了洛桑曲吉堅贊在格魯派和扎什倫布寺中的地位，以後扎什倫布寺的法台就由他和他的歷輩轉世擔任，形成了格魯派中另一個重要的活佛轉世系統即班禪轉世系統。

　　1616年四世達賴喇嘛去世，第悉藏巴利用戰勝支持格魯派的拉薩地區的首領吉雪巴的餘威，下令禁止達賴喇嘛轉世，沒收哲蚌寺和色拉寺的上地和屬民。格魯派從青海請來蒙古土默特部的軍隊，打敗第悉藏巴的軍隊，加上第悉藏巴彭措南傑去世，新任第悉藏巴噶瑪丹迥旺波只有十六歲，左右親信意見不一，在洛桑曲吉堅讚的請求下，噶瑪丹迥旺波同意准許尋找雲丹嘉措的轉世。這樣五世達賴喇嘛才得以認定並迎請到哲蚌寺坐床。到1630年，蒙古察哈爾部林丹汗受後金壓迫，向西擊敗土默特部，並向青海移動，格魯派再次處於危險之中。在這種情況下，格魯派第巴索南熱丹派人向信奉格魯派不久的在新疆的衛拉特蒙古求救。1636年和碩特部首領固始汗率兵進入青海，並在1637年到1639年攻佔青海和康區。1642年固始汗和格魯派聯合攻打第悉藏巴，打下了日喀則，消滅了第悉藏巴政權，建立起和碩特部和格魯派聯合統治的甘丹頗章政權。

　　1795年乾隆皇帝退位，以太上皇的身份接受出家戒和比丘戒，命畫工畫了他身著袈裟的藏式唐卡，派專人送到拉薩。1798年八世達賴喇嘛在布達拉宮的三界殊勝寢殿(薩松南傑殿)內專門建造佛龕供奉乾隆皇帝的僧裝畫像，像前還供有「當今皇帝萬歲萬萬歲」的牌位，後來認定十世、十一世、十二世達賴喇嘛的金瓶掣簽儀式即是在這裡舉行的。

　　明成祖不但封藏傳佛教領袖為大寶法王、大乘法王等，而且對他們的弟子也封給大國師、國師的名號。從明成祖到景泰帝、成化帝，明朝封了許多藏族僧人為大國師、國師等，並賜給封誥和印章，明朝所封授的大國師、國師等職，不僅僅是一個名號，而且還有品級。一般大國師為秩四品，國師為五品，禪師為六品，他們在京城，還給以俸祿，所以當時留居北京的藏傳佛教僧人很多，其開支全由光祿寺供應。宣德十年(1435)明宣宗去世，明英宗即位，年方九歲。當時明朝為節約開支，曾下令減少在京居留的藏族僧人。據統計當時在北京各寺院中僅官府認為應當減去的藏族僧人即達1100多人。明英宗掌政後仍然大量封授藏族僧人，在憲宗成化、孝宗弘治、武宗正德年間更達到高峰，憲宗成化末年有時一次升職授職的藏族僧人達數十人之多，明武宗還專門在西華門內修建了一座「豹房」，同藏族僧人一起誦經、研習經典，以致於有記載說明武宗通曉梵(藏)語，他還自封為大慶法王，自已給自己頒發了一枚「定為天字一號」的「大慶法王西天覺道圓明自在大定慧佛」的金印。正德十年(1515)明武宗派太監劉允到西藏繼送番供等物，迎請「活佛」。劉允這次出使，動員大批人力財力，嚴重擾亂地方，耗費巨大，結果卻完全失敗。到明世宗嘉靖時，由於明世宗崇信道教，排斥藏傳佛教，藏族僧人在北京的活動才進入低潮。

　　帕竹政權在明代保持著對西藏主要地區的控制權，但是薩迦派還控制著後藏的一些地區(吉隆、拉孜等)。大司徒繹曲堅贊曾對帕竹政權規定了許多制度，如帕竹第悉必須是朗氏家族的出家僧人，並且要擔任過澤當寺的法台，各個宗的宗本由有功的家臣擔任，而且實行輪換，以保證政權的統一。第三任第悉京俄扎巴繹曲生於1356年，1371年擔任丹薩替寺法座，本來是不應當擔任第悉的，但是1373年第二任第悉釋迦堅贊去世後，帕竹議事會全體成員懇請他兼任帕竹第悉。他同意在其異母弟索南扎巴成年前兼任這兩個職務，因此被稱為「喇本」(即同時擔任帕竹第悉和丹薩替寺京俄的人)。1381年，他扶植索南扎巴任帕竹第悉，自己仍任丹薩替寺京俄。第四任第悉索南扎巴時，由於帕竹內部出現一些紛爭，他辭去第悉職務，到丹薩替寺就任京俄。到1405年，他又辭去京俄職務，遁世修行，第五任第悉闡化王扎巴堅贊時，對一些制度作了改變，特別是宗本實行家族世襲，使仁蚌巴、瓊結巴、內鄔巴、扎喀哇等家族成為具有固定領地的封建領主。與此同時，扎巴堅贊還釐定條例，規定帕竹各級官員按品級的高低，穿戴不同的服飾，制定官員集會的禮儀，強化封建統治集團內部的等級制度，以此來維護封建統治秩序。1432年扎巴堅贊去世後，帕竹朗氏家族開始發生分化和內爭，第六任第悉扎巴迥乃的父親桑結堅贊企圖取代兒子的第悉職位，在1434年引起一場大動亂，一些貴族世家乘機掌握了實權。扎巴迥乃在擔任第悉後還俗娶妻，破壞了繹曲堅贊關於帕竹第悉只能由僧人擔任的規定。從此以後，帕竹政權的歷任第悉由娶妻生子的在家俗人擔任，帕竹第悉成為父子世襲的職位。貴族中權勢最突出的仁蚌巴家族，以後藏仁蚌為基地，通過與帕竹家族的聯姻，操縱帕竹政權，並引起多次的內戰。後來帕竹朗氏家族分為乃東的一支和貢噶的一支。所以明代中後期西藏地方勢力的混戰和爭鬥持續不斷。直到第悉藏巴在日喀則興起，建立一個時間很短的第悉藏巴政權。

　　明代西藏歷史中的另一件大事是格魯派的產生和發展。格魯派的創始人宗喀巴(1357—1419)是青海湟中縣人，7歲出家，16歲時到拉薩學佛。他拜數十位各派高僧為師，學通佛法，後來自己招收弟子，宣傳自己的佛教主張。他得到帕竹政權的闡化王扎巴堅贊和內鄔宗宗本南喀桑布的支持，在1409年正月在拉薩發起正月祈願大法會，並在同年興建甘丹寺。由此建立起格魯派。格魯派宣佈在教理上繼承了阿底峽和仲敦巴所傳的噶當派的教法，因此許多噶當派的寺院轉為格魯派，所以發展很快。宗喀巴在世時其弟子扎西貝丹建哲蚌寺(1416年)，釋迦也失建色拉寺(1419年)，與甘丹寺合稱為拉薩三大寺，這是格魯派早期的基礎。1419年宗喀巴去世時，格魯派還沒有採用活佛轉世的辦法來解決領袖人物的繼承問題，是由他弟子賈曹傑、克珠傑等相繼繼承他的法座，稱為甘丹赤巴。此後不久，新興的格魯派就受到仁蚌巴家族的限制和打擊，處於低潮。這期間有宗喀巴晚年時的一個弟子根敦珠巴(1391—1374)在日喀則新建扎什倫布寺，成為格魯派在後藏地區的中心。根敦珠巴去世時扎什倫布寺的法台仍是由其弟子繼承。但是同時有一些人認為在達那地方出生的根敦嘉措(1475—1542)是根敦珠巴的轉世，並把根敦嘉措迎請到扎什倫布寺居住。由於當時格魯派中還沒有實行活佛轉世的制度，所以根敦嘉措的地位一直難以確定。後來根敦嘉措受到扎什倫布寺法台意希孜莫的排斥，離開扎什倫布寺到哲蚌寺學佛。根敦嘉措在前藏各地活動，逐漸有了名望，他又在山南興建了曲科傑寺。1512年意希孜莫請他返回扎什倫布寺，讓他擔任扎什倫布寺的法台，這可以說是格魯派中活佛轉世對師徒相傳取得了優勢。這時仁蚌巴下令禁止格魯派僧人參加拉薩正月的祈願大法會，哲蚌寺僧眾請求根敦嘉措返回，1517年根敦嘉措出任哲蚌寺法台，1518年由他主持拉薩正月祈願大法會，爭回了格魯派僧人參加祈願大法會的權力。1525年他又兼任色拉寺法台。從此根敦嘉措的歷輩轉世都要擔任哲蚌寺和色拉寺的法台，這就使他的轉世系統的影響和實際地位超過了甘丹赤巴，成為格魯派的實際的領袖。內鄔宗宗本還把哲蚌寺的別墅送給他，改名為甘丹頗章。