早期經歷

　　侯君集，豳州三水人，早年人比較浮誇，學弓箭學不會，還號稱自己有勇武。後來加入秦王府，跟隨李世民南征北戰，立下軍功，逐漸被李世民賞識，得以參與各項事務的謀劃。被封為左虞侯、車騎將軍，封全椒縣子。

　　唐武德九年(626年)，李世民與李建成的矛盾激化，李建成拉攏尉遲恭不成，於是派人刺殺，失敗後尉遲恭與侯君集勸諫李世民早點下決心與李建成了斷，
於是李世民發動玄武門事變，率領侯君集等人誅殺李建成及李元吉。李世民即帝位後，封侯君集為左衛將軍、潞國公，賜邑千戶，後又封為右衛大將軍。

　　貞觀四年(630年)，侯君集被遷為兵部尚書，開始參與朝政。李世民打算討伐吐谷渾伏允，任命李靖為西海道行軍大總管，命侯君集與李道宗為李靖的副手。

　　討吐谷渾

　　貞觀九年(635年)三月，李靖攻滅東突厥後，率領侯君集開始討伐吐谷渾，大軍行至鄯州，李靖在侯君集的建議下，挑選精銳，長驅直入。伏允在庫山被擊敗後，輕軍奔走沙漠。李靖與薛萬鈞、李大亮從北，侯君集與李道宗從南分兩路長途奔襲，追擊伏允。當時夏天卻有霜降，山裡有很多積雪，但侯君集等克服自然困難追擊二千多里地，先後於邏真谷、漢哭山、星宿川、柏海等大破伏允軍，斬獲頗豐。侯君集一路追擊到積玉山，見到河水的源頭，才回師與李靖在大非川會合，班師回朝。
(詳見唐擊吐谷渾之戰)

　　貞觀十一年(637年)，侯君集獲封陳州刺史、陳國公。十二年(638年)官拜吏部尚書、光祿大夫。侯君集出身行伍，沒有讀過什麼書，獲得高官厚祿以後開始讀書學習，參與官員的選拔，定制考核題目。侯君集出為武將征伐，入為大夫參與朝政，一時間享有美譽。

　　攻滅高昌

　　貞觀十三年(639年)，高昌王麴文泰斷絕西域與中原的商業往來，於是李世民徵召麴文泰入朝，麴文泰稱病不去，李世民任命侯君集為交河道行軍大總管，契苾何力為蔥山道副大總管。率領大軍前往討伐。麴文泰聽到這個消息後對國人說：「唐國距離高昌有七千餘里，有沙漠兩千里，冬冷夏熱，沒有水草，大軍難以前行。若唐軍強行軍至高昌二十天內糧草必然吃完，那時候與唐軍接戰一定打敗他們，所以沒有什麼好擔心的。」然而侯君集率領大軍行至磧口，麴文泰卻已經病死，其子麴智盛繼承王位。

　　貞

　　《貞觀之治》的侯君集觀十四年(640年)，侯君集等率兵行至柳谷，探馬稟報說麴文泰將要安葬，高昌國人到時候聚集一處，可趁機襲擊。但侯君集卻認為趁其墓葬時偷襲不是問罪之師，而拒絕這麼做。侯君集於是領大軍前進攻略高昌城土。侯君集勸降未成後，侯君集調集攻城器械開始攻城。用推車撞擊女牆，用拋車往城中砸石頭，城牆上和城裡的人被砸的潰爛，很快便將城池打破，擄獲男女七千餘人。侯君集乘勝進兵，包圍高昌國都城。

　　高昌新王麴智盛窮途末路，於是致書給侯君集說是先王對唐天子無禮，而自己剛剛繼位沒有什麼過錯，希望侯君集能手下留情。侯君集回書給麴智盛說如果是真心悔過，就在軍門束手投降。但麴智盛卻指望西突厥能派兵來援，而西突厥欲谷因為害怕唐軍不敢來。此時侯君集又調集工程器械開始攻打，拋車砸出的石頭讓城內人無處躲避，麴智盛無計可施，開城投降。侯君集於是分兵平定高昌各地，高昌國滅亡。

　　侯君集滅高昌後，在未奏請李世民的情況將一些沒有罪的人發配，又私自將高昌國寶物據為己有。手下將士們知道後也開始盜取金銀珠寶，侯君集害怕自己做的醜事被揭發，於是不敢治將士們的罪。班師回朝後司法官將侯君集下獄，但中書郎岑文本以為侯君集是功臣大將，不能輕加屈辱，於是上書李世民請求將侯君集釋放。
而侯君集自以為立下大功卻因為貪財而被囚禁，感到非常不快。

　　貞觀十七年(643年)，張亮被派往洛陽做都督，侯君集問張亮：「怎麼會遭到排擠?」張亮說：「如果因為公務在外做官就是遭到排擠，那麼誰才是最冤枉的?」侯君集又說：「我平定一個國家，回朝後惹得皇上大怒，怎麼不是排擠?」侯君集說著還挽起袖子說道：「這樣子活不下去，你能造反嗎，要是可以，我和你一起造反。」
張亮將侯君集的話告訴給了李世民，李世民對張亮說：「你和侯君集都是功臣。這些話侯君集只告訴給了你一個人，到時候他死不認賬，你也拿他沒辦法。」於是李世民將這件暫且放下，對待侯君集還是和以前一樣。而後李世民命閻立本畫侯君集等二十四人的畫像置於凌煙閣，侯君集位列第十七名。

　　謀反被殺

　　貞觀十七年(643年)，太子李承乾擔心自己被廢，得知侯君集常有怨恨，而侯君集的女婿賀蘭楚石又在東宮任職，於是多次派他引侯君集入東宮。侯君集覺得李承乾無能，想利用他，於是勸李承乾謀反。侯君集與李承乾謀劃好之後，擔心計畫洩漏，心中不安，常常晚上睡不著，妻子非常奇怪，對侯君集說：「你是國家大臣，每天晚上這樣，一定是有什麼事。如果你做了什麼對不起國家的事，應該自己到皇上面前去領罪，這樣才能保全自己。」但侯君集沒有聽妻子的話。

　　而後李承乾事情敗露被廢，賀蘭楚石又將侯君集與李承乾一起謀劃的事告訴李世民。李世民覺得侯君集有安定國家的大功，不想治侯君集的死罪，但群臣進諫說侯君集的罪天地難容。李世民非常難過，將侯君集處死，臨死前侯君集請求赦免自己的妻子和兒子，好為自己守喪。李世民同意後將其妻子兒子遷至嶺南。

　　軼事典故

　　唐太宗曾讓李靖教侯君集兵法，後來侯君集上奏唐太宗，說李靖將反，因為每到精微之處，李靖則不教授。唐太宗聽後責備李靖，李靖卻回答說：「這是侯君集想要謀反。如今中原安定，我所教他的兵法，足以安制四夷。如今侯君集求學盡臣的兵法，是他將有異志啊。」此時，侯君集尚未有任何反跡，唐太宗似不相信。一次，朝後回尚書省，侯君集騎馬越過省門數步尚未發覺。李靖見到這種情況，便對人說：「侯君集意不在人，必將謀反。」

　　歷史評價

　　魏元忠：「李靖破突厥，侯君集滅高昌，蘇定方開西域，李勣平遼東，雖奉國威靈，亦其才力所致。」

　　劉昫：「侯君集摧凶克敵，效用居多;恃寵矜功，粗率無檢，棄前功而罹後患，貪愚之將明矣。張亮聽公穎之妖言，恃弓長之邪讖，義兒斯畜，惡跡遂彰，雖道裕雲反狀未形，而詭詐之性，於斯驗矣。萬徹籌深行陣，勇冠戎夷，不能保其首領，以至誅戮。夫二三子，非慎始而保終也。」贊曰：「君子立功，守以謙沖。小人得位，足為身害。侯、張凶險，望窺聖代。雄若韓、彭，難逃菹醢。」

　　宋祁：「侯君集位將相私謁太子，張亮養子五百人，薛萬徹與狂豎謀，皆死有餘責，又何咎哉?」

　　蘇洵：「漢之衛、霍、趙充國，唐之李靖、李勣，賢將也。漢之韓信、黥布、彭越，唐之薛萬徹、侯君集、盛彥師，才將也。賢將既不多有，得才者而任之可也。」

　　朱元璋：「侯君集有功於唐，犯法當誅，太宗欲宥之，而執法者不可，卒以見誅。非高祖、太宗忘功臣之勞也，由其恃功驕恣，自冒於法耳。」

　　家族成員

　　高祖父：侯恕(魏北地郡守)

　　曾祖父：侯欣(泰州刺史、奉義縣公)

　　祖父：侯植(驃騎大將軍，肥城縣公)

　　父親：侯定(車騎大將軍、潞國公)

　　墓葬

　　據《三水縣志》記載，侯君集墓在三水縣東北雞阜山巔，現已被毀。