雍正跟年羹堯的私交非常好,並且給予了年特殊的榮寵。雍正認為有年羹堯這樣的封疆大吏是自己的幸運,如果有十來個像他這樣的人的話,國家就不愁治理不好了。平定青海的叛亂後,雍正極為興奮,不顧有失至尊的體統,說年羹堯是自己的"恩人"。雍正還要求世世代代都要牢記年羹堯的豐功偉績,否則便不是他的子孫臣民。
雍正曾經對年羹堯說:"朕不做一個出色的皇帝,就對不起你如此地待朕;你如果不作英武超群的大臣,就不能回報朕對你的知遇之恩。但願我們兩個能給後人做千古榜樣。"
然而,此時的年羹堯,志得意滿,完全處於一種被奉承被恩寵的自我陶醉中,進而做出了許多超越本分的事情,最終招致雍正的警覺和忌恨,以致家破人亡。
雍正二年十月,年羹堯第二次進京覲見雍正。在赴京途中,他令都統范時捷、直隸總督李維鈞等跪在道旁迎送。到北京以後,迎接他的王公以下官員也都跪在路邊,年羹堯安然坐在馬上,看都不看一眼。王公大臣下馬向他問候,他也只是點點頭而已。甚至他在雍正面前,態度竟也十分驕橫,要求雍正獎賞軍功,整治阿靈阿等人。這大大刺傷了雍正的自尊心。
年羹堯回任後,即接到了雍正的諭旨,上面有一段論述功臣保全名節的話:"作為人臣,建立功業很容易,但是守住這份功勞難;守住功勞容易,畢生持之以恆難。歷史上有很多例子,功臣卻倚功造過,結果導致帝王反恩為仇,這在人的性情中常有。"在這個朱諭中,雍正改變了過去嘉獎稱讚的語調,警告年要慎重自持。此後年羹堯的處境便急轉直下。
兩年以後,雍正暗示下的朝廷議政大臣向雍正提交了年羹堯的九十二款大罪,請求立正典刑。雍正說,其中應服極刑及立斬的就有三十多條,但念及年羹堯功勳卓著、名噪一時,"年大將軍"的威名舉國皆知,如果對其加以刑誅,恐怕天下人心不服,自己也難免要背上心狠手辣、殺戮功臣的惡名,於是表示開恩,賜其獄中自裁。年羹堯父兄族中有官職的全部革職,嫡親子孫發遣邊地充軍,家產抄沒入官。叱吒一時的年大將軍以身敗名裂、家破人亡告終。