十三世達賴喇嘛是乾隆皇帝建立金瓶掣簽制度以來,繼九世達賴之後,在清代又一個未經金瓶掣簽而確定為轉世靈童的達賴喇嘛;而其免予掣簽,與九世達賴一樣,是經過皇帝批准的。十二世達賴喇嘛逝世以後,西藏地方政府經過組織力量尋訪,於光緒二年在拉薩東南的朗頓村,找到羅桑塔開甲錯,認為是轉世靈童。於是請奏皇帝對靈童羅桑塔開甲錯免予金瓶掣簽。光緒皇帝接奏後降旨:"羅桑塔開甲錯即作為達賴喇嘛之呼畢勒罕,毋庸掣瓶。"由此,確定了十三世達賴喇嘛。
光緒三年十一月,靈童羅桑塔開甲錯被從塔波地區迎至拉薩,按照慣例在日光殿,舉行了轉世靈童拜接聖旨的儀式。宣讀完畢,達賴喇嘛轉世靈童為謝皇恩,向東方行三跪九叩大禮,向兩位大臣贈哈達、茶葉等禮物。接著舉行了盛大的宗教儀式,以示慶賀。
光緒四年一月,八世班禪在蔡公堂為十三世達賴喇嘛靈童剪髮剃度,取法名土登嘉措。噶廈請駐藏大臣轉奏皇帝:"達賴喇嘛坐床大典,擬於明年(藏歷土兔年)舉行,請予恩准,並請准按慣例使用金冊金印,乘用黃轎。"對此,光緒降旨,賞給黃哈達一方、佛一尊、鈴杵一分、念珠一串,並賞給他的父親工噶仁青官銜。""准許達賴喇嘛鈐用金印及黃轎、黃車、黃鞍、黃韁以及黃布城。"